Tartossakin bolshevikit olivat murhanneet useita kymmeniä sekä virolaisia että baltilaisia, joista osa oli heitetty yhteishautoihin, osa upotettu Emajoen jäiden alle; mutta suurin osa ruumiita, juuri ennen taistelun alkua tai sen aikana vankiloissa surmattujen, virui murhapaikalla. Hyökkäävien virolaisten ripeä toiminta ja peloton uljuus pelastivat varmasta kuolemasta muut vangit, joiden lukumäärän sanotaan olleen useita satoja.
Lähinnä seuraavienkin päivien taistelut tapahtuivat pääasiallisesti Tarton tienoilla ja Tarton omistamisesta. Vihollisen raivoisan hyökkäyksen painosta virolaiset paikoitellen peräytyivät. Tilanteen vaarallisuus Tarton ympärillä käy selvästi ilmi armeijan päällikön kahdesta sähkösanomasta tammikuun 16 p:ltä. Toinen on 2:selle divisioonalle:
»Suojelkaa Tarttoa. Ei saa luovuttaa. 17 p:n aamuna lähetän täältä avuksi hyvän eskadroonan.»
Toinen on 1:selle divisioonalle:
»Jos suinkin mahdollista, lähettäkää kaikki panssarijunat Tarttoon.»
Tarton menetys olisi ollut virolaisille arvaamaton tappio, jonka moraalinen vaikutus olisi voinut muodostua sangen tuhoisaksi. Muutamien päivien kuluttua tilanne kuitenkin helpottui, rintama työnnettiin Tarton eteläpuolelle, ja vihollisen takaa-ajoa voitiin jatkaa edelleen.
Tammikuun 15 p:nä eversti Laidoner antoi 1:sen divisioonan komentajalle seuraavansisältöisen käskyn:
»Majuri Ekströmin pataljoonan tai kaikkein vähintään 2 komppanian konekiväärien kera tulee tammikuun 15 p:n iltana olla Kundan satamassa valmiina nousemaan sinne tuleviin laivoihin ja lähtemään mukaan.»
Ensimmäisen Suomalaisen Vapaajoukon kunniakkain vaihe oli alkamassa. Suurella riemulla sekä upseerit että sotilaat ottivat vastaan tiedon uudesta taistelukaudesta. Ei kyllä tiedetty matkan määrää, mutta arvattiin, että se oli Narva. Vastassa olevien punaisten joukkojen lukumäärästä ja varustuksista ei kellään ollut varmoja tietoja, mutta niitä ei kaivattukaan. Jokaiselle oli pääasia, että päästiin taas taisteluun.
Virolaiset 5:s, 1:nen ja 4:s rykmentti olivat jo edenneet linjalle Räsa—Aidunömme—Varja. Oli kuitenkin odotettavissa, että vihollinen ryhtyisi ankaraan vastarintaan viimeistään Vaivaran luona olevissa, venäläisten maailmansodan aikana rakentamissa, lujissa asemissa. Jotta bolshevikien vastarinta saataisiin murretuksi suuremmitta tappioitta ja heidän paluutiensä Venäjälle estetyksi, piti nyt virolaisten kuljetusalusten sotalaivojen suojaamina viedä vihollisrintaman ja Narvan välille luja desanttijoukko, johon suomalaisten komppanioiden lisäksi kuului kapteeni Pauluksen 250-miehinen pataljoona 10 kevyen konekiväärin kera.