Saksalaisten sotilaiden ja virolaisen väestön välit eivät koko miehitysaikana muodostuneet kovin kireiksi. Maan väestöllä ei ollut mitään syytä vihata Saksan sotilaita, jotka taas puolestaan käyttäytyivät aina miehitysajan loppupuolelle saakka moitteettomasti. Mutta sitä vihamielisemmäksi virolaisten suhde kävi kiihkosaksalaisten baltilaisten aatelisten ja pappien tuhoisan vaikutuksen alaiseen miehitysjoukkojen johtoon.
Jo heti alussa sotilasjohto ryhtyi vihollisuuksiin. Ne virolaiset rykmentit, suojeluskunnat ja kansanmiliisi, jotka olivat miehitysjoukkojen saapuessa saaneet pitää aseensa, hajotettiin jo muutaman päivän kuluttua. Niiden aseet ja varustukset takavarikoitiin. Samalla lopetettiin siihen saakka vielä ainakin jossakin määrin työskennelleen Viron väliaikaisen hallituksen toiminta.
Seuraava askel oli se, että v. 1917 yleisillä vaaleilla valitut maakuntien sekä kaupunki- ja maalaiskuntien itsehallintoelimet lakkautettiin. Ennenkin vallankumousta valituista kaupunkien valtuustoista saivat vain ne aloittaa toimintansa, joissa — kuten Tartossa ja Viljandissa — oli baltilainen enemmistö. Siellä, missä — kuten Tallinnassa, Rakveressa, Vörussa ja Haapsalussa — virolaisilla oli enemmistö, nimitettiin kaupungin asioita johtavan saksalaisen upseerin rinnalle baltilainen pormestari ja enemmistöltään baltilainen »Beirat». Niihin nimitetyt virolaiset pysyttelivät enimmäkseen erossa kaikesta toiminnasta. Maaseudulla kunnallishallitus alistettiin baltilaisten kartanonomistajien johtoon. Ritariston kokous — Ritterschaft und Landschaft — julistettiin maan ainoaksi lailliseksi edustajaksi. Kuitenkin kutsuttiin virolaisiakin sotilasviranomaisten kokoon käskemiin tilapäisiin kokouksiin, joissa pohdittiin maan yleisiä asioita. Yliopiston, oppi- ja kansakoulujen, tuomioistuinten ja virastojen saksalaistaminen alkoi hiukan myöhemmin. M.m. vain ne koulut saivat aloittaa toimintansa, joissa saksa oli opetuskielenä, tai joissa sitä opetettiin erikoisen paljon. Kansakouluihin määrättiin saksankielen tunteja, useita tunteja viikossa alimmillekin luokille.
Saksalaisten miehitysjoukkojen johto puolusti häikäilemätöntä menettelyään sillä, että kun se saapui maahan, ei siellä ollut minkäänlaista järjestystä eikä sivistystoimintaa, jotka bolshevikit olivat hävittäneet. Sillä oli niin ollen oikeus toimia harkintansa mukaan, asettaa sellaisia tuomioistuimia ja hallintoelimiä kuin he hyväksi näkivät. Se tahtoi aikaansaada järjestyksen maassa ja oli siitä syystä oikeutettu käyttämään siihen tarpeellisiksi näkemiään keinoja.
Pahin sorto kohdistui luonnollisesti virolaiseen sanomalehdistöön. Heti valtauskauden alussa oli lakkautettu useimmat virolaiset sanomalehdet, jotka olivat bolshevikiajan päätyttyä ehtineet julkaista vasta muutamia numeroita. Virolaisista vain »Tallinna Teataja» ja Tarton »Postimees» saivat luvan toistaiseksi ilmestyä. Mutta kaiken aikaa niiden asema oli äärimmäisen tukala. Sensoreina toimi kiihkeimpiä virolaisvihaajia baltilaisten joukosta. Puhumattakaan siitä, että sananvapaus oli äärimmäisen rajoitettu, tahdottiin virolaisia lehtiä pakottaa julkaisemaan baltilaisten kirjoituksia m.m. Itämeren maiden kysymyksestä ja vihanilmauksia länsivaltoja vastaan — joilta yksin virolaiset enää saattoivat toivoa pelastusta, ja joita kohtaan he sen vuoksi tunsivat suurta myötätuntoa — omina mielipiteinään saamatta mainita kirjoitusten todellista alkuperää. »Tallinna Teatajan» toimitus kieltäytyi suostumasta tällaiseen ehtoon, ja lehti lakkasi ilmestymästä. »Postimees» julkaisi erään näistä kirjoituksista, jonka ensin baltilaiset ja sitten niiden mukaan Saksan sanomalehdet referoivat muka virolaisten omana ja yleisenä mielenilmauksena tulevaisuuden toiveistaan. Tallinnaa varten perustettiin »Tallinna Teatajan» lakattua lahjottujen virolaisten avulla toimitettu »Tallinna Päewaleht»,joka nöyrästi totteli saksalaisten ja baltilaisten käskyjä esiytyen samalla muka virolaisten äänenkannattajana. Kansa pysytteli kuitenkin siitä erillään ja antoi sille sattuvan lisänimen »Juudaksen lehti».
Baltilaiset paroonit tahtoivat saada Viron hinnalla millä hyvänsä liitetyksi Saksaan. He ryhtyivät siinä tarkoituksessa keräämään allekirjoituksia saksalaisten miehitysjoukkojen johdolle jätettävään adressiin, jossa pyydettiin Viron liittämistä Saksan keisarikuntaan. Nimikirjoituksia kerättiin sangen häikäilemättömästi. Mutta tulos jäi kuitenkin verrattain vähäiseksi: vain jotkut virolaiset olivat allekirjoittaneet adressin.
Adressissa lausutun toivomuksen johdosta saksalaisten miehitysjoukkojen komentaja päätti kutsua Tallinnaan koolle jonkinlaisen kansan edustajiston käsittelemään kysymystä maan kohtalosta. Tämä »Landesversammlung» kokoutui huhtikuun 9 p:nä, jolloin siihen kuului: 16 suurtilallista, 16 kunnanvanhinta, 5 pappia ja 10 kaupunkien edustajaa. Virolaisia oli vain kunnanvanhinten joukossa. Sittenkuin virolaisille edustajille oli selitetty, että kysymys oli vain Venäjästä irtautumisesta ja he olivat ilmoittaneet äänestävänsä yksityisinä henkilöinä ketään edustamatta, tehtiin seuraava päätös:
»Täten julkaistaan täydellinen, valtio-oikeudellinen päätös Viron julistautumisesta vapaaksi Venäjästä Venäjän hallituksen marraskuun 3 p:nä 1917 julistaman kansojen itsemääräämisoikeuden perusteella ja vastaten Liivinmaan ja Viron ritariston edustajien tammikuun 28 p:nä 1918 Tukholmassa Venäjän lähettiläälle antamaa riippumattomuusjulistusta.»
Sittenkuin tähän oli päästy, saivat baltilaiset sotilasjohdon kutsumaan koolle n.s. Liivinmaan, Viron, Saarenmaan ja Riian kaupungin yhtyneen maaneuvoston Riikaan päättämään Itämeren maiden tulevaisuudesta. Jo tämän kokouksen kokoonpano osoittaa, mihin sillä pyrittiin. Siihen kuului virallisen ilmoituksen mukaan aatelisia 3 (baltilaisia), kartanonomistajia 13 (baltilaisia), kuntien edustajia 13 (9 virolaista ja 4 lättiläistä), kaupunkien edustajia 20 (13 baltilaista, 5 lättiläistä ja 2 virolaista), pappeja 7 (4 baltilaista, 2 virolaista ja 1 lättiläinen), Tarton yliopistosta 1 (baltilainen) ja Petserinmaalta 1 (lättiläinen). Siis 34 baltilaista, 13 virolaista ja 11 lättiläistä.
Maaneuvosto kokoutui Riiassa huhtikuun 12 p:nä. Virolaiset selittivät jyrkästi, että heillä ei ollut oikeutta päättää Viron kansan kohtalosta suuntaan eikä toiseen, koska kansa ei ollut valtuuttanut heitä siihen, vaan heidät olevain mahtikäskyllä määrätty saapumaan kokoukseen. Jos tahdottiin tietää Viron kansan mielipide sen tulevaisuutta koskevissa kysymyksissä, oli kutsuttava koolle Viron maapäivät, jotka olivat ainoa laillinen Viron kansan edustaja. Samalla he jättivät kirjallisen selityksen toimintansa perusteista. Turhaan baltilaiset koettivat pyynnöillä ja uhkauksilla saada heitä muuttamaan kantaansa. He jättivät kokouksen. Joskin maaneuvosto heidän lähdettyään päätti liittää Itämeren maat ja Viron saaret, jotka juhlallisesti ilmoitettiin irtautuneiksi Venäjästä, Baltian herttuakuntana, jolla oli oleva oma hallituksensa, ja joka personaaliunioonissa oli Preussin yhteydessä, Saksan valtakuntaan, niin se ei millään tavalla velvoittanut Viron kansaa.