Cependant son mal progressait. Pendant l’été de 1916, il se sentit à bout d’énergie. Il écrivait le 3 juillet :
« Nous continuons de recevoir des malades et, cette fois, la maison est au complet. Il devient ennuyeux que je doive garder le lit car il y a des choses qui restent en souffrance. Aussi je suis décidé à me retirer et à laisser place à quelqu’un de valide. Mais cela ne me sourit pas du tout de reprendre la vie d’inactivité… Mon Dieu, je ne comprends pas du tout vos vues mais j’accepte et j’obéis. Donnez-moi la force, ayez pitié de moi !… »
Son départ était fixé au 18 août. Il avait fait ses adieux aux malades qui lui témoignèrent le grand chagrin qu’ils éprouvaient de le perdre.
Il comptait prendre un train du matin et rien dans son état ne faisait soupçonner une aggravation subite de son état. Mais, dans la nuit il fut pris d’un vomissement de sang si prolongé qu’il se rendit compte du danger qu’il courait. « Cette fois-ci, je crois que c’est la fin », dit-il à sa sœur qui se trouvait près de lui. Grâce à des soins empressés, l’hémoptysie fut enrayée. Mais ce n’était qu’un répit.
Son biographe va nous dire sa fin :
« Vers minuit, quand il fut calmé, il nous dit : « Demain matin, il faudra prévenir M. le curé. » On le rassura ; tout danger immédiat semblait écarté. De nouveau seul avec sa sœur, il lui fit quelques recommandations, à voix basse ou par signes, puis resta immobile et silencieux jusqu’au matin, suçant de petits morceaux de glace. M. le curé vint le voir (l’aumônier avait dû partir quelques jours avant), mais lui refusa l’extrême-onction ; il n’était pas en danger. Après avoir été assoupi toute la journée, il fut très agité la nuit suivante, voulant que rien de ce qu’avaient conseillé les médecins ne fût négligé : comme si une ardente volonté de vivre avait succédé à la première secousse. Le lendemain fut meilleur ; il remerciait gracieusement chacun de l’empressement amical qu’on lui témoignait ; il ne voulait même pas qu’on éloignât les hommes de la maison par crainte du bruit, mais ils aimaient trop Peyrot pour n’être pas parfaitement silencieux. Quelques-uns d’entre eux, qui lui étaient plus spécialement dévoués, demandaient comme une grâce la faveur de le veiller.
« Le dimanche, il allait bien. Il était très gai, comme s’il voulait laisser les siens sur cette impression de belle humeur. Il riait de si bon cœur qu’il lui fallait de temps en temps reprendre son sérieux pour ne pas tousser. L’inquiétude se dissipait ; ce serait long, sans doute ; ce n’est plus un mois de vacances qu’il faudrait, il prendrait tout le temps nécessaire, sans se soucier de la maison. Comme on avait laissé la porte entr’ouverte, les malades, qui ne l’avaient pas vu depuis trois jours, en passant, demandaient affectueusement de ses nouvelles. Après l’angoisse des derniers jours, c’était une détente.
« Cette dernière nuit, son ami D. devait la passer près de lui. Ils bavardèrent encore, Louis toujours plein de flamme pour son projet de colonie du travail. Au matin, il eut une légère quinte de toux puis une seconde. A peine le temps de serrer la main de son ami, il perdit connaissance. C’était cette fois une hémorragie interne. Il eut à peine vingt minutes d’agonie. »
Louis Peyrot avait vingt-huit ans lorsqu’il mourut ; il avait si bien utilisé sa maladie pour l’amour de Notre-Seigneur Jésus-Christ qu’en recevant la Lumière éternelle, il pouvait s’écrier avec le serviteur de l’évangile : Domine, quinque talenta tradidisti mihi ; ecce enim quinque alia superlucratus sum.