Catherine ne l’entendait pas ainsi. Dès son arrivée, elle avait stipulé qu’elle prendrait l’habit de Carme et qu’elle ne se mettrait pas en clôture parmi des moniales. Elle répondit donc à la Prieure qu’elle s’estimait indigne de se placer sous son obédience. C’était une défaite polie, car, selon le Père François, « sa raison véritable c’était que sa grande âme ne s’accommodait pas à l’idée de vivre avec des femmes ».
Trois jours après, la prise d’habit eut lieu en une cérémonie où assistaient le prince, la princesse, leur famille et l’élite de la noblesse locale. « On la revêtit de la bure de l’Ordre avec le scapulaire et le capuce de couleur tannée. On compléta le costume par le manteau blanc qu’on crut devoir lui accorder parce que c’était ainsi que le prophète Élie lui était apparu. » Elle garda aussi les pieds nus, la tête découverte et les cheveux ras, comme elle l’avait désiré.
Vêtue de la sorte, elle resta chez les Carmélites jusqu’à l’époque où elle se rendit à Madrid avec l’intention de quêter l’argent dont elle avait besoin pour sa fondation de la Roda. Ce séjour dut se prolonger, car il est rapporté que, l’année suivante, elle prononça les trois vœux dans ce monastère. Le biographe fait remarquer que « ce n’étaient pas des vœux solennels mais des vœux simples, les seuls qu’elle pût faire, ne voulant point vivre en clôture ».
En somme, elle devint une Oblate du Carmel, logée provisoirement chez les religieuses mais n’en suivant point la règle puisqu’elle gardait la faculté d’aller et de venir avec la permission de son directeur.
Pendant son séjour à Pastrana, Catherine partagea son temps entre le palais du prince, l’église des Carmes et le monastère des religieuses. Autant qu’il lui fut possible, elle ne changea rien à son genre de vie : du pain et de l’eau pour sa subsistance, le sommeil par terre sans couverture, le cilice perpétuel et les disciplines fréquentes.
Les Carmélites admiraient sa vaillance. Mais ce qui les étonnait le plus c’était l’odeur délicieuse que leur nouvelle compagne répandait autour d’elle et qui se dégageait de ses vêtements comme de tout son corps.
Au début, on ne pouvait croire que ce parfum fût d’origine surnaturelle. Quelques-unes la soupçonnèrent de posséder une essence aromatique dont elle se frottait en cachette. Pour s’éclaircir de ce doute, elles la firent changer de tunique.
Quoiqu’elle fût tout imprégnée de sueur et de crasse, la bure continua d’embaumer ; or, si elle avait été aspergée d’une essence subreptice, celle-ci une fois évaporée, elle n’aurait certes plus senti que le vieux suint.
Non contentes de cette expérience, les Carmélites sous différents prétextes obtinrent que Catherine se dépouillât de tous ses vêtements pour vérifier si elle n’y dissimulait point quelque sachet. Elles ne trouvèrent rien. Il leur fallut donc admettre que nulle cause naturelle n’expliquait ce mystérieux parfum.