Dans ce moment, les comités, avertis de ce qui venait de se passer, étaient dans la plus grande agitation. On voulait arrêter Menou, et le juger sur-le-champ. Cependant cela ne remédiait à rien; il fallait suppléer à ce qu'il n'avait pas fait. Mais quarante membres, discutant des mesures d'exécution, étaient peu propres à s'entendre et à agir avec la vigueur et la précision nécessaires. Trois représentans, chargés de diriger la force armée, n'étaient pas non plus une autorité assez énergique. On songea à nommer un chef comme dans toutes les occasions décisives; et dans cet instant, qui rappelait tous les dangers de thermidor, on songea au député Barras, qui, en sa qualité de général de brigade, avait reçu le commandement dans cette journée fameuse, et s'en était acquitté avec toute l'énergie désirable. Le député Barras avait une grande taille, une voix forte; il ne pouvait pas faire de longs discours, mais il excellait à improviser quelques phrases énergiques et véhémentes, qui donnaient de lui l'idée d'un homme résolu et dévoué. On le nomma général de l'armée de l'intérieur, et on lui donna comme adjoints les trois représentans chargés avant lui de diriger la force armée. Une circonstance rendait ce choix fort heureux. Barras avait auprès de lui un officier très capable de commander, et il n'aurait pas eu la petitesse d'esprit de vouloir écarter un homme plus habile que lui. Tous les députés, envoyés en mission à l'armée d'Italie, connaissaient le jeune officier d'artillerie qui avait décidé la prise de Toulon, et fait tomber Saorgio et les lignes de la Roya. Ce jeune officier, devenu général de brigade, avait été destitué par Aubry, et se trouvait à Paris en non-activité, réduit presque à l'indigence. Il avait été introduit chez madame Tallien, qui l'accueillit avec sa bonté accoutumée, et qui même sollicitait pour lui. Sa taille était grêle et peu élevée, ses joues caves et livides; mais ses beaux traits, ses yeux fixes et perçans, son langage ferme et original, attiraient l'attention. Souvent il parlait d'un théâtre de guerre décisif, où la république trouverait des victoires et la paix: c'était l'Italie. Il y revenait constamment. Aussi, lorsque les lignes de l'Apennin furent perdues sous Kellermann, on l'appela au comité pour lui demander son avis. On lui confia dès lors la rédaction des dépêches, et il demeura attaché à la direction des opérations militaires. Barras songea à lui le 12 vendémiaire dans la nuit; il le demanda pour commandant en second, ce qui fut accordé.
Les deux choix, soumis à la convention dans la nuit même, furent approuvés sur-le-champ. Barras confia le soin des dispositions militaires au jeune général, qui à l'instant se chargea de tout, et se mit à donner des ordres avec une extrême activité. La générale avait continué de battre dans tous les quartiers. Des émissaires étaient allés de tous côtés vanter la résistance et le succès de la section Lepelletier, exagérer ses dangers, persuader que ces dangers étaient communs à toutes les sections, les piquer d'honneur, les exciter à égaler les grenadiers du quartier Saint-Thomas. On était accouru de toutes parts, et un comité central et militaire s'était formé enfin dans la section Lepelletier, sous la présidence du journaliste Richer-Serizy. Le projet d'une insurrection était arrêté: les bataillons se formaient, tous les hommes irrésolus étaient entraînés, et la bourgeoisie tout entière de Paris, égarée par un faux point d'honneur, allait jouer un rôle qui convenait peu à ses habitudes et à ses intérêts.
Il n'était plus temps de songer à marcher sur la section Lepelletier pour étouffer l'insurrection dans sa naissance. La convention avait environ cinq mille hommes de troupes de ligne. Si toutes les sections déployaient le même zèle, elles pouvaient réunir quarante mille hommes, bien armés et bien organisés; et ce n'était pas avec cinq mille hommes que la convention pouvait marcher contre quarante mille, à travers les rues d'une grande capitale. On pouvait tout au plus espérer de défendre la convention, et d'en faire un camp bien retranché. C'est à quoi songea le général Bonaparte. Les sections étaient sans canons; elles les avaient toutes déposés lors du 4 prairial; et les plus ardentes aujourd'hui furent alors les premières à donner cet exemple, pour assurer le désarmement du faubourg Saint-Antoine. C'était un grand avantage pour la convention. Le parc entier se trouvait au camp des Sablons. Bonaparte ordonna sur-le-champ au chef d'escadron Murat d'aller le chercher à la tête de trois cents chevaux. Ce chef d'escadron arriva au moment même où un bataillon de la section Lepelletier venait pour s'emparer du parc; il devança ce bataillon, fit atteler les pièces, et les amena aux Tuileries. Bonaparte s'occupa ensuite d'armer toutes les issues. Il avait cinq mille soldats de ligne, une troupe de patriotes qui, depuis la veille, s'était élevée à environ quinze cents, quelques gendarmes des tribunaux, désarmés en prairial et réarmés dans cette occasion, enfin la légion de police et quelques invalides, le tout faisant à peu près huit mille hommes. Il distribua son artillerie et ses troupes dans des rues cul-de-sac Dauphin, l'Échelle, Rohan, Saint-Nicaise, au Pont-Neuf, Pont-Royal, Pont-Louis XVI, sur les places Louis XV et Vendôme, sur tous les points enfin où la convention était accessible. Il plaça son corps de cavalerie et une partie de son infanterie en réserve au Carrousel et dans le jardin des Tuileries. Il ordonna que tous les vivres qui étaient dans Paris fussent transportés aux Tuileries, qu'il y fût établi un dépôt de munitions et une ambulance pour les blessés; il envoya un détachement s'emparer du dépôt de Meudon, et en occuper les hauteurs, pour s'y retirer avec la convention en cas d'échec; il fit intercepter la route de Saint-Germain, pour empêcher qu'on n'amenât des canons aux révoltés, et transporter des caisses d'armes au faubourg Saint-Antoine, pour armer la section des Quinze-Vingts, qui avait seule voté pour les décrets, et dont Fréron était allé réveiller le zèle. Ces dispositions étaient achevées dans la matinée du 13. Ordre fut donné aux troupes républicaines d'attendre l'agression et de ne pas la provoquer.
Dans cet intervalle de temps, le comité d'insurrection établi à la section Lepelletier avait fait aussi ses dispositions. Il avait mis les comités de gouvernement hors la loi, et créé une espèce de tribunal pour juger ceux qui résisteraient à la souveraineté des sections. Plusieurs généraux étaient venus lui offrir leurs services: un Vendéen connu sous le nom de comte de Maulevrier, et un jeune émigré, appelé Lafond, sortirent de leur retraite pour diriger le mouvement. Les généraux Duhoux et Danican, qui avaient commandé les armées républicaines en Vendée, s'étaient joints à eux. Danican était un esprit inquiet, plus propre à déclamer dans un club qu'à commander une armée; il avait été ami de Hoche, qui le gourmandait souvent pour ses inconséquences. Destitué, il était à Paris, fort mécontent du gouvernement, et prêt à entrer dans les plus mauvais projets; il fut fait général en chef des sections. Le parti étant pris de se battre, tous les citoyens se trouvant engagés malgré eux, on forma une espèce de plan. Les sections du faubourg Saint-Germain, sous les ordres du comte de Maulevrier, devaient partir de l'Odéon pour attaquer les Tuileries par les ponts; les sections de la rive droite devaient attaquer par la rue Saint-Honoré et par toutes les rues transversales qui aboutissent de la rue Saint-Honoré aux Tuileries. Un détachement, sous les ordres du jeune Lafond, devait s'emparer du Pont-Neuf, afin de mettre en communication les deux divisions de l'armée sectionnaire. On plaça en tête des colonnes les jeunes gens qui avaient servi dans les armées, et qui étaient les plus capables de braver le feu. Sur les quarante mille hommes de la garde nationale, vingt ou vingt-sept mille hommes au plus étaient présens sous les armes. Il y avait une manoeuvre beaucoup plus sûre que celle de se présenter en colonnes profondes au feu des batteries; c'était de faire des barricades dans les rues, d'enfermer ainsi l'assemblée et ses troupes dans les Tuileries, de s'emparer des maisons environnantes, de diriger de là un feu meurtrier, de tuer un à un les défenseurs de la convention, et de les réduire bientôt ainsi par la faim et les balles. Mais les sectionnaires ne songeaient qu'à un coup de main, et croyaient, par une seule charge, arriver jusqu'au palais et s'en faire ouvrir les portes.
Dans la matinée même, la section Poissonnière arrêta les chevaux de l'artillerie et les armes, dirigées vers la section des Quinze-Vingts; celle du Mont-Blanc enleva les subsistances destinées aux Tuileries; un détachement de la section Lepelletier s'empara de la trésorerie. Le jeune Lafond, à la tête de plusieurs compagnies, se porta vers le Pont-Neuf, tandis que d'autres bataillons venaient par la rue Dauphine. Le général Carteaux était chargé de garder ce pont avec quatre cents hommes et quatre pièces de canon. Ne voulant pas engager le combat, il se retira sur le quai du Louvre. Les bataillons des sections vinrent partout se ranger à quelques pas des postes de la convention, et assez près pour s'entretenir avec les sentinelles.
Les troupes de la convention auraient eu un grand avantage à prendre l'initiative, et probablement, en faisant une attaque brusque, elles auraient mis le désordre parmi les assaillans; mais il avait été recommandé aux généraux d'attendre l'agression. En conséquence, malgré les actes d'hostilité déjà commis, malgré l'enlèvement des chevaux de l'artillerie, malgré la saisie des subsistances destinées à la convention, et des armes envoyées aux Quinze-Vingts, malgré la mort d'un hussard d'ordonnance, tué dans la rue Saint-Honoré, on persista encore à ne pas attaquer.
La matinée s'était écoulée en préparatifs de la part des sections, en attente de la part de l'armée conventionnelle, lorsque Danican, avant de commencer le combat, crut devoir envoyer un parlementaire aux comités pour leur offrir des conditions. Barras et Bonaparte parcouraient les postes, lorsque le parlementaire leur fut amené les yeux bandés, comme dans une place de guerre. Ils le firent conduire devant les comités. Le parlementaire s'exprima d'une manière fort menaçante, et offrit la paix, à condition qu'on désarmerait les patriotes, et que les décrets des 5 et 13 fructidor seraient rapportés. De telles conditions n'étaient pas acceptables, et d'ailleurs il n'y en avait point à écouter. Cependant les comités, tout en délibérant de ne pas répondre, résolurent de nommer vingt-quatre députés pour aller fraterniser avec les sections, moyen qui avait souvent réussi, car la parole touche beaucoup lorsqu'on est prêt à en venir aux mains, et on se prête volontiers à un arrangement qui dispense de s'égorger. Cependant Danican, ne recevant pas de réponse, ordonna l'attaque. On entendit des coups de feu; Bonaparte fit apporter huit cents fusils et gibernes dans une des salles de la convention, pour en armer les représentans eux-mêmes, qui serviraient, en cas de besoin, comme un corps de réserve. Cette précaution fit sentir toute l'étendue du péril. Chaque député courut prendre sa place, et, suivant l'usage dans les momens de danger, l'assemblée attendit dans le plus profond silence le résultat de ce combat, le premier combat en règle qu'elle eût encore livré contre les factions révoltées.
Il était quatre heures et demie; Bonaparte, accompagné de Barras, monte à cheval dans la cour des Tuileries, et court au poste du cul-de-sac Dauphin, faisant face à l'église Saint-Roch. Les bataillons sectionnaires remplissaient la rue Saint-Honoré, et venaient aboutir jusqu'à l'entrée du cul-de-sac. Un de leurs meilleurs bataillons s'était posté sur les degrés de l'église Saint-Roch, et il était placé là d'une manière avantageuse pour tirailler sur les canonnière conventionnels. Bonaparte, qui savait apprécier la puissance des premiers coups, fait sur-le-champ avancer ses pièces, et ordonne une première décharge. Les sectionnaires répondent par un feu de mousqueterie très-vif; mais Bonaparte, les couvrant de mitraille, les oblige à se replier sur les degrés de l'église Saint-Roch; il débouche sur-le-champ dans la rue Saint-Honoré, et lance sur l'église même une troupe de patriotes qui se battaient à ses côtés avec la plus grande valeur, et qui avaient de cruelles injures à venger. Les sectionnaires, après une vive résistance, sont délogés. Bonaparte, tournant aussitôt ses pièces à droite et à gauche, fait tirer dans toute la longueur de la rue Saint-Honoré. Les assaillans fuient aussitôt de toutes parts, et se retirent dans le plus grand désordre. Bonaparte laisse alors à un officier le soin de continuer le feu et d'achever la défaite; il remonte vers le Carrousel, et court aux autres postes. Partout il fait tirer à mitraille, et voit partout fuir ces malheureux sectionnaires imprudemment exposés en colonnes profondes aux effets de l'artillerie. Les sectionnaires, quoique ayant en tête de leurs colonnes des hommes fort braves, fuient en toute hâte vers le quartier-général des Filles-Saint-Thomas. Danican et les chefs reconnaissent alors la faute qu'ils ont faite en marchant sur les pièces, au lieu de se barricader et de se loger dans les maisons voisines des Tuileries. Cependant ils ne perdent pas courage, et se décident à un nouvel effort. Ils imaginent de se joindre aux colonnes qui viennent du faubourg Saint-Germain, pour faire une attaque commune sur les ponts. En effet, ils rallient six à huit mille hommes, les dirigent vers le Pont-Neuf, où était posté Lafond avec sa troupe, et se réunissent aux bataillons venant de la rue Dauphine, sous le commandement du comte Maulevrier. Tous ensemble s'avancent en colonne serrée, du Pont-Neuf sur le Pont-Royal, en suivant le quai Voltaire. Bonaparte, présent partout où le danger l'exige, est accouru sur les lieux. Il place plusieurs batteries sur le quai des Tuileries, qui est parallèle au quai Voltaire; il fait avancer les canons placés à la tête du Pont-Royal, et les fait pointer de manière à enfiler le quai par lequel arrivent les assaillans. Ces mesures prises, il laisse approcher les sectionnaires; puis tout-à-coup il ordonne le feu. La mitraille part du pont, et prend les sectionnaires de front; elle part en même temps du quai des Tuileries, et les prend en écharpe; elle porte la terreur et la mort dans leurs rangs. Le jeune Lafond, plein de bravoure, rallie autour de lui ses hommes les plus fermes, et marche de nouveau sur le pont, pour s'emparer des pièces. Un feu redoublé emporte sa colonne. Il veut en vain la ramener une dernière fois, elle fuit et se disperse sous les coups d'une artillerie bien dirigée.
A six heures, le combat, commencé à quatre heures et demie, était achevé. Bonaparte alors, qui avait mis une impitoyable énergie dans l'action, et qui avait tiré sur la population de la capitale comme sur des bataillons autrichiens, ordonne de charger les canons à poudre, pour achever de chasser la révolte devant lui. Quelques sectionnaires s'étaient retranchés à la place Vendôme, dans l'église Saint-Roch et dans le Palais-Royal; il fait déboucher ses troupes par toutes les issues de la rue Saint-Honoré, et détache un corps qui, partant de la place Louis XV, traverse la rue Royale et longe les boulevarts. Il balaie ainsi la place Vendôme, dégage l'église Saint-Roch, investit le Palais-Royal, et le bloque pour éviter un combat de nuit.
Le lendemain matin, quelques coups de fusil suffirent pour faire évacuer le Palais-Royal et la section Lepelletier, où les rebelles avaient formé le projet de se retrancher. Bonaparte fit enlever quelques barricades formées près de la barrière des Sergens, et arrêter un détachement qui venait de Saint-Germain amener des canons aux sectionnaires. La tranquillité fut entièrement rétablie dans la journée du 14. Les morts furent enlevés sur-le-champ pour faire disparaître toutes les traces de ce combat. Il y avait eu, de part et d'autre, trois à quatre cents morts ou blessés.