Cette victoire causa une grande joie à tous les amis sincères de la république, qui n'avaient pu s'empêcher de reconnaître dans ce mouvement l'influence du royalisme; elle rendit à la convention menacée, c'est-à-dire à la révolution et à ses auteurs, l'autorité dont ils avaient besoin pour l'établissement des institutions nouvelles. Cependant l'avis unanime fut de ne point user sévèrement de la victoire. Un reproche était tout prêt contre la convention; on allait dire qu'elle n'avait combattu qu'au profit du terrorisme, et pour le rétablir. Il importait qu'on ne pût pas lui imputer le projet de verser du sang. D'ailleurs les sectionnaires prouvaient qu'ils étaient de médiocres conspirateurs, et qu'ils étaient loin d'avoir l'énergie des patriotes; ils s'étaient hâtés de rentrer dans leurs maisons, satisfaits d'en être quittes à si bon marché, et tout fiers d'avoir bravé un instant ces canons qui avaient si souvent rompu les lignes de Brunswick et de Cobourg. Pourvu qu'on les laissât s'applaudir chez eux de leur courage, ils n'étaient plus guère dangereux. En conséquence, la convention se contenta de destituer l'état-major de la garde nationale, de dissoudre les compagnies de grenadiers et de chasseurs, qui étaient les mieux organisées et qui renfermaient presque tous les jeunes gens à cadenettes, de mettre à l'avenir la garde nationale sous les ordres du général commandant l'armée de l'intérieur, d'ordonner le désarmement de la section Lepelletier et de celle du Théâtre-Français, et de former trois commissions pour juger les chefs de la rébellion, qui, du reste, avaient presque tous disparu.
Les compagnies de grenadiers et de chasseurs se laissèrent dissoudre; les deux sections Lepelletier et du Théâtre-Français remirent leurs armes sans résistance; chacun se soumit. Les comités, entrant dans ces vues de clémence, laissèrent s'évader tous les coupables, ou souffrirent qu'ils restassent dans Paris, où ils se cachaient à peine. Les commissions ne prononcèrent que des jugemens par contumace. Un seul des chefs fut arrêté: c'était le jeune Lafond. Il avait inspiré quelque intérêt par son courage; on voulait le sauver, mais il s'obstina à déclarer sa qualité d'émigré, à avouer sa rébellion, et on ne put lui faire grâce. La tolérance fut telle, que l'un des membres de la commission formée à la section Lepelletier, M. de Castellane, rencontrant la nuit une patrouille qui lui criait qui vive! répondit: Castellane, contumace! Les suites du 13 vendémiaire ne furent donc point sanglantes, et la capitale n'en fut nullement attristée. Les coupables se retiraient ou se promenaient librement, et les salons n'étaient occupés que du récit des exploits qu'ils osaient avouer. Sans punir ceux qui l'avaient attaquée, la convention se contentait de récompenser ceux qui l'avaient défendue; elle déclara qu'ils avaient bien mérité de la patrie; elle leur vota des secours, et fit un accueil brillant à Barras et à Bonaparte. Barras, déjà célèbre depuis le 9 thermidor, le devint beaucoup plus encore par la journée de vendémiaire; on lui attribua le salut de la convention. Cependant il ne craignit pas de faire part d'une portion de sa gloire à son jeune lieutenant. «C'est le général Bonaparte, dit-il, dont les dispositions promptes et savantes ont sauvé cette enceinte.» On applaudit ces paroles. Le commandement de l'armée de l'intérieur fut confirmé à Barras, et le commandement en second à Bonaparte.
Les intrigans royalistes éprouvèrent un singulier mécompte en voyant l'issue de l'insurrection du 13. Ils se hâtèrent d'écrire à Vérone qu'ils avaient été trompés par tout le monde; que l'argent avait manqué; que là où il fallait de l'or, on avait à peine du vieux linge; que les députés monarchiens, ceux desquels ils avaient des promesses, les avaient trompés, et avaient joué un jeu infâme; que c'était une race jacobinaire à laquelle il ne fallait pas se fier; que malheureusement on n'avait pas assez compromis et engagé ceux qui voulaient servir la cause; que les royalistes de Paris à collet noir, à collet vert et à cadenettes, qui étalaient leurs fanfaronnades aux foyers des spectacles, étaient allés, au premier coup de fusil, se cacher sous le lit des femmes qui les souffraient.
Lemaître, leur chef, venait d'être arrêté avec d'autres instigateurs de la section Lepelletier. On avait saisi chez lui une quantité de papiers: les royalistes craignaient que ces papiers ne trahissent le secret du complot, et surtout que Lemaître ne parlât lui-même. Cependant ils ne perdirent pas courage; leurs affidés continuèrent d'agir auprès des sectionnaires. L'espèce d'impunité dont ceux-ci jouissaient les avait enhardis. Puisque la convention, quoique victorieuse, n'osait pas les frapper, elle reconnaissait donc que l'opinion était pour eux; elle n'était donc pas sûre de la justice de sa cause, puisqu'elle hésitait. Quoique vaincus, ils étaient plus fiers et plus hauts qu'elle, et ils reparurent dans les assemblées électorales, pour y faire des élections conformes à leurs voeux. Les assemblées devaient se former le 20 vendémiaire, et durer jusqu'au 30; le nouveau corps législatif devait être réuni le 5 brumaire. A Paris, les agens royalistes firent nommer le conventionnel Saladin, qu'ils avaient déjà gagné. Dans quelques départemens, ils provoquèrent des rixes; on vit des assemblées électorales faire scission, et se partager en deux.
Ces menées, ce retour de hardiesse contribuèrent à irriter beaucoup les patriotes qui avaient vu, dans la journée du 13, se réaliser tous leurs pronostics; ils étaient fiers à la fois d'avoir deviné juste, et d'avoir vaincu par leur courage le danger qu'ils avaient si bien prévu. Ils voulaient que la victoire ne fût pas inutile pour eux, qu'elle amenât des sévérités contre leurs adversaires, et des réparations pour leurs amis détenus dans les prisons; ils firent des pétitions, dans lesquelles ils demandaient l'élargissement des détenus, la destitution des officiers nommés par Aubry, le rétablissement dans leurs grades de ceux qui avaient été destitués, le jugement des députés enfermés, et leur réintégration sur les listes électorales, s'ils étaient innocens. La Montagne, appuyée par les tribunes toutes remplies de patriotes, applaudissait à ces demandes, et réclamait avec énergie leur adoption. Tallien, qui s'était rapproché d'elle, et qui était le chef civil du parti dominant, comme Barras en était le chef militaire, Tallien tâchait de la contenir; il fit écarter la dernière demande relative à la réintégration sur les listes des députés détenus, comme contraire aux décrets des 5 et 13 fructidor. Ces décrets, en effet, déclaraient inéligibles les députés actuellement suspendus de leurs fonctions. Cependant la Montagne n'était pas plus facile à contenir que les sectionnaires; et les derniers jours de cette assemblée, qui n'avait plus qu'une décade à siéger, semblaient ne pouvoir pas se passer sans orage.
Les nouvelles des frontières contribuaient aussi à augmenter l'agitation, en excitant les défiances des patriotes et les espérances inextinguibles des royalistes. On a vu que Jourdan avait passé le Rhin à Dusseldorf, et s'était avancé sur la Sieg; que Pichegru était entré dans Manheim, et avait jeté une division au-delà du Rhin. Des événemens aussi heureux n'avaient inspiré aucune grande pensée à ce Pichegru tant vanté, et il avait prouvé ici ou sa perfidie ou son incapacité. D'après les analogies ordinaires, c'est à son incapacité qu'il faudrait attribuer ses fautes; car, même avec le désir de trahir, on ne refuse jamais l'occasion de grandes victoires; elles servent toujours à se mettre à plus haut prix. Cependant des contemporains dignes de foi ont pensé qu'il fallait attribuer ses fausses manoeuvres à sa trahison; il est ainsi le seul général connu dans l'histoire qui se soit fait battre volontairement. Ce n'est pas un corps seulement qu'il devait jeter au-delà de Manheim, mais toute son armée, pour s'emparer d'Heidelberg, qui est le point essentiel où se croisent les routes pour aller du Haut-Rhin dans les vallées du Necker et du Mein. C'était s'emparer ainsi du point par lequel Wurmser aurait pu se joindre à Clerfayt; c'était séparer pour jamais ces deux généraux; c'était s'assurer la position par laquelle on pouvait se joindre à Jourdan, et former avec lui une masse qui aurait accablé successivement Clerfayt et Wurmser. Clerfayt, sentant le danger, quitta les bords du Mein pour courir à Heidelberg; mais son lieutenant Kwasdanovich, aidé de Wurmser, était parvenu à déloger d'Heidelberg la division que Pichegru y avait laissée. Pichegru était renfermé dans Manheim; et Clerfayt, ne craignant plus pour ses communications avec Wurmser, avait marché aussitôt sur Jourdan. Celui-ci, serré entre le Rhin et la ligne de neutralité, ne pouvant pas y vivre comme en pays ennemi, et n'ayant aucun service organisé pour tirer ses ressources des Pays-Bas, se trouvait, dès qu'il ne pouvait ni marcher en avant, ni se réunir à Pichegru, dans une position des plus critiques. Clerfayt d'ailleurs, ne respectant pas la neutralité, s'était placé de manière à tourner sa gauche et à le jeter dans le Rhin. Jourdan ne pouvait donc pas tenir là. Il fut résolu par les représentans, et de l'avis de tous les généraux, qu'il se replierait sur Mayence pour en faire le blocus sur la rive droite. Mais cette position ne valait pas mieux que la précédente; elle le laissait dans la même pénurie; elle l'exposait aux coups de Clerfayt dans une situation désavantageuse; elle le mettait dans le cas de perdre sa route vers Dusseldorf; en conséquence on finit par décider qu'il battrait en retraite pour regagner le Bas-Rhin, ce qu'il fit en bon ordre, et sans être inquiété par Clerfayt, qui, nourrissant un grand projet, revint sur le Mein pour s'approcher de Mayence.
A cette nouvelle de la marche rétrograde de l'armée de Sambre-et-Meuse, se joignaient des bruits fâcheux sur l'armée d'Italie. Schérer y était arrivé avec deux belles divisions des Pyrénées orientales, devenues disponibles par la paix avec l'Espagne: néanmoins on disait que ce général ne se croyait pas sûr de sa position, et qu'il demandait en matériel et en approvisionnemens des secours qu'on ne pouvait lui fournir, et sans lesquels il menaçait de faire un mouvement rétrograde. Enfin on parlait d'une seconde expédition anglaise qui portait le comte d'Artois et de nouvelles troupes de débarquement.
Ces nouvelles, qui sans doute n'avaient rien de menaçant pour l'existence de la république, qui était toujours maîtresse du cours du Rhin, qui avait deux armées de plus à envoyer, l'une en Italie, l'autre en Vendée, qui venait d'apprendre par l'évènement de Quiberon à compter sur Hoche, et à ne pas craindre les expéditions des émigrés; ces nouvelles n'en contribuèrent pas moins à réveiller les royalistes terrifiés par vendémiaire, et à irriter les patriotes peu satisfaits de la manière dont on avait usé de la victoire. La découverte de la correspondance de Lemaître produisit surtout le plus fâcheux effet. On y vit tout entier le complot que l'on soupçonnait depuis long-temps; on y acquit la certitude de l'existence d'une agence secrète établie à Paris, communiquant avec Vérone, avec la Vendée, avec toutes les provinces de la France, y excitant des mouvemens contre-révolutionnaires, et ayant des intelligences avec plusieurs membres de la convention et des comités. La vanterie même de ces misérables agens, qui se flattaient d'avoir gagné tantôt des généraux, tantôt des députés, qui disaient avoir eu des liaisons avec les monarchiens et les thermidoriens, contribua à exciter davantage les soupçons, et à les faire planer sur la tête des députés du côté droit.
Déjà on désignait Rovère et Saladin, et on s'était procuré contre eux des preuves convaincantes. Ce dernier avait publié une brochure contre les décrets des 5 et 13 fructidor, et venait d'en être récompensé par les suffrages des électeurs parisiens. On signalait encore comme complices secrets de l'agence royaliste, Lesage (d'Eure-et-Loir), La Rivière, Boissy-d'Anglas et Lanjuinais. Leur silence dans les journées des 11, 12 et 13 vendémiaire les avait fort compromis. Les journaux contre-révolutionnaires, en les louant avec affectation, contribuaient à les compromettre davantage encore. Ces mêmes journaux, qui louaient si fort les soixante-treize, accablaient d'outrages les thermidoriens. Il était difficile qu'une rupture ne s'ensuivît pas. Les soixante-treize et les thermidoriens continuaient toujours de se réunir chez un ami commun, mais il y avait entre eux de l'humeur et peu de confiance. Vers les derniers jours de la session, on parla, dans cette réunion, des nouvelles élections, des intrigues du royalisme pour les corrompre, et du silence de Boissy, Lanjuinais, La Rivière et Lesage, pendant les scènes de vendémiaire. Legendre, avec sa pétulance ordinaire, reprocha ce silence aux quatre députés qui étaient présents. Ceux-ci essayèrent de se justifier. Lanjuinais laissa échapper le mot fort étrange de massacre du 13 vendémiaire, et prouva ainsi ou un grand désordre d'idées ou des sentimens bien peu républicains. Tallien, à ce mot, entra dans une violente colère, et voulut sortir, en disant qu'il ne pouvait pas rester plus long-temps avec des royalistes, et qu'il allait les dénoncer à la convention. On l'entoura, on le calma, et on tâcha de pallier le mot de Lanjuinais. Néanmoins on se sépara tout-à-fait brouillé.
Cependant l'agitation allait croissant dans Paris, les méfiances s'augmentaient de toutes parts, les soupçons de royalisme s'étendaient sur tout le monde. Tallien demanda que la convention se formât en comité secret, et il dénonça formellement Lesage, La Rivière, Boissy-d'Anglas et Lanjuinais. Ses preuves n'étaient pas suffisantes, elles ne reposaient que sur des inductions plus ou moins probables, et l'accusation ne fut point appuyée. Louvet quoique attaché aux thermidoriens, n'appuya pas cependant l'accusation contre les quatre députés, qui étaient ses amis; mais il accusa Rovère et Saladin, et peignit à grands traits leur conduite. Il retraça leurs variations du plus fougueux terrorisme au plus fougueux royalisme, et fit décréter leur arrestation. On arrêta aussi Lhomond, compromis par Lemaître, et Aubry, auteur de la réaction militaire.