Il attendit pendant quelques jours la fin des inondations sur le Bas-Pô, avant de mettre sa colonne en mouvement. Mais la cour de Naples, faible autant qu'elle était violente, avait passé de la fureur à l'abattement. En apprenant nos dernières victoires dans la Haute-Italie, elle avait fait partir le prince de Belmonte-Pignatelli pour se soumettre au vainqueur. Bonaparte renvoya pour la paix au directoire, mais crut devoir accorder un armistice. Il ne lui convenait pas de s'enfoncer jusqu'à Naples avec quelques mille hommes, et surtout dans l'attente de l'arrivée des Autrichiens. Il lui suffisait pour le moment de désarmer cette puissance, d'ôter son appui à Rome, et de la brouiller avec la coalition. On ne pouvait pas, comme aux autres petits princes qu'on avait sous la main, lui imposer des contributions, mais elle s'engageait à ouvrir tous ses ports aux Français, à retirer à l'Angleterre cinq vaisseaux et beaucoup de frégates qu'elle lui fournissait, enfin à priver l'armée autrichienne des deux mille quatre cents cavaliers qui servaient dans ses rangs. Ce corps de cavalerie devait rester séquestré sous la main de Bonaparte, qui était maître de le faire prisonnier à la première violation de l'armistice. Bonaparte savait très bien que de pareilles conditions ne plairaient pas au gouvernement, mais dans le moment il lui importait d'avoir du repos sur ses derrières, et il n'exigeait que ce qu'il croyait pouvoir obtenir. Le roi de Naples soumis, le pape ne pouvait pas résister; alors l'expédition sur la droite du Pô se réduisait, comme il le voulait, à une expédition de quelques jours, et il revenait à l'Adige.
Il signa cet armistice, et partit ensuite pour passer le Pô et se mettre à la tête des deux colonnes qu'il dirigeait sur l'État de l'Église, celle de Vaubois qui arrivait des Alpes pour le renfoncer, et celle d'Augereau qui rétrogradait du Mincio sur le Pô. Il attachait beaucoup d'importance à la situation de Gênes, parce qu'elle était placée sur l'une des deux routes qui conduisaient en France, et parce que son sénat avait toujours montré de l'énergie. Il sentait qu'il aurait fallu demander l'exclusion de vingt familles feudataires de l'Autriche et de Naples, pour y assurer la domination de la France; mais il n'avait pas d'ordres à cet égard, et d'ailleurs il craignait de révolutionner. Il se contenta donc d'écrire une lettre au sénat, dans laquelle il demandait que le gouverneur de Novi, qui avait protégé les brigands, fût puni d'une manière exemplaire, et que le ministre autrichien fût chassé de Gênes; il voulait ensuite une explication catégorique. «Pouvez-vous, disait il, ou ne pouvez-vous pas délivrer votre territoire des assassins qui l'infestent? Si vous ne pouvez pas prendre des mesures, j'en prendrai pour vous; je ferai brûler les villes et les villages où se commettra un assassinat; je ferai brûler les maisons qui donneront asile aux assassins, et punir exemplairement les magistrats qui les souffriront. Il faut que le meurtre d'un Français porte malheur aux communes entières qui ne l'auraient pas empêché.» Comme il connaissait les lenteurs diplomatiques, il envoya son aide-de-camp Murat, pour porter sa lettre, et la lire lui-même au sénat. «Il faut, écrivait-il au ministre Faypoult, un genre de communication qui électrise ces messieurs.» Il fit partir en même temps Lannes avec douze cents hommes, pour aller châtier les fiefs impériaux. Le château d'Augustin Spinola, le principal instigateur de la révolte, fut brûlé. Les Barbets saisis les armes à la main furent impitoyablement fusillés. Le sénat de Gênes épouvanté destitua le gouverneur de Novi, congédia le ministre Gérola, et promit de faire garder les routes par ses propres troupes. Il envoya à Paris M. Vincent Spinola, pour s'entendre avec le directoire sur tous les objets en litige, sur l'indemnité due pour la frégate la Modeste, sur l'expulsion des familles feudataires, et sur le rappel des familles exilées.
Bonaparte s'achemina ensuite sur Modène, où il arriva le 1er messidor (19 juin), tandis qu'Augereau entrait à Bologne le même jour.
L'enthousiasme des Modénois fut extrême. Ils vinrent à sa rencontre, et lui envoyèrent une députation pour le complimenter. Les principaux d'entre eux l'entourèrent de sollicitations, et le supplièrent de les affranchir du joug de leur duc, qui avait emporté leurs dépouilles à Venise. Comme la régence laissée par le duc s'était montrée fidèle aux conditions de l'armistice, et que Bonaparte n'avait aucune raison pour exercer les droits de conquête sur le duché, il ne pouvait satisfaire les Modénois; c'était d'ailleurs une question que la politique conseillait d'ajourner. Il se contenta de donner des espérances, et conseilla le calme. Il partit pour Bologne. Le fort d'Urbin était sur sa route, et c'était la première place appartenant au pape. Il la fit sommer; le château se rendit. Il renfermait soixante pièces de canon de gros calibre, et quelques cents hommes. Bonaparte fit acheminer cette grosse artillerie sur Mantoue, pour y être employée au siége. Il arriva à Bologne, où l'avait précédé la division Augereau. La joie des habitans fut des plus vives. Bologne est une ville de cinquante mille ames, magnifiquement bâtie, célèbre par ses artistes, ses savans et son université. L'amour pour la France et la haine pour le Saint-Siége y étaient extrêmes. Ici Bonaparte ne craignait pas de laisser éclater les sentimens de liberté, car il était dans les possessions d'un ennemi déclaré, le pape, et il lui était permis d'exercer le droit de conquête. Les deux légations de Ferrare et de Bologne l'entourèrent de leurs députés: il leur accorda une indépendance provisoire, en promettant de la faire reconnaître à la paix.
Le Vatican était dans l'alarme, et il envoya sur-le-champ un négociateur pour intercéder en sa faveur. L'ambassadeur d'Espagne, d'Azara, connu par son esprit et par son goût pour la France, et ministre d'une puissance amie, fut choisi. Il avait déjà négocié pour le duc de Parme. Il arriva à Bologne, et vint mettre la tiare aux pieds de la république victorieuse. Fidèle à son plan, Bonaparte, qui ne voulait rien abattre ni rien édifier encore, exigea d'abord que les légations de Bologne et de Ferrare restassent indépendantes, que la ville d'Ancône reçût garnison française, que le pape donnât 21 millions, des blés, des bestiaux, et cent tableaux ou statues: ces conditions furent acceptées. Bonaparte s'entretint beaucoup avec le ministre d'Azara, et le laissa plein d'enthousiasme. Il écrivit une lettre au célèbre astronome Oriani, au nom de la république, et demanda à le voir. Ce savant modeste fut interdit en présence du jeune vainqueur, et ne lui rendit hommage que par son embarras. Bonaparte ne négligeait rien pour honorer l'Italie, pour réveiller son orgueil et son patriotisme. Ce n'était point un conquérant barbare qui venait la ravager, c'était un héros de la liberté venant ranimer le flambeau du génie dans l'antique patrie de la civilisation. Il laissa Monge, Bertholet et les frères Thouin, que le directoire lui avait envoyés, pour choisir les objets destinés aux musées de Paris.
Le 8 messidor (26 juin), il passa l'Apennin avec la division Vaubois, et entra en Toscane. Le duc, épouvanté, lui envoya son ministre Manfredini. Bonaparte le rassura sur ses intentions, qu'il laissa secrètes. Pendant ce temps, sa colonne se porta à marches forcées sur Livourne, où elle entra à l'improviste, et s'empara de la factorerie anglaise. Le gouverneur Spannochi fut saisi, enfermé dans une chaise de poste, et envoyé au grand-duc avec une lettre, dans laquelle on expliquait les motifs de cet acte d'hostilité commis chez une puissance amie. On disait au grand-duc que son gouverneur avait manqué à toutes les lois de la neutralité, en opprimant le commerce français, en donnant asile aux émigrés et à tous les ennemis de la république; et on ajoutait que, par respect pour son autorité, on lui laissait à lui-même le soin de punir un ministre infidèle. Cet acte de vigueur prouvait à tous les états neutres que le général français ferait la police chez eux, s'ils ne savaient l'y faire. On n'avait pas pu saisir tous les vaisseaux des Anglais, mais leur commerce fit de grandes pertes. Bonaparte laissa garnison à Livourne, et désigna des commissaires pour se faire livrer tout ce qui appartenait aux Anglais, aux Autrichiens et aux Russes. Il se rendit ensuite de sa personne à Florence, où le grand-duc lui fit une réception magnifique. Après y avoir séjourné quelques jours, il repassa le Pô pour revenir à son quartier-général de Roverbella, près Mantoue. Ainsi, une vingtaine de jours, et une division échelonnée sur la droite du Pô, lui avaient suffi pour imposer aux puissances de l'Italie, et pour s'assurer du calme pendant les nouvelles luttes qu'il avait encore à soutenir contre la puissance autrichienne.
Tandis que l'armée d'Italie remplissait avec tant de gloire la tâche qui lui était imposée dans le plan général de campagne, les armées d'Allemagne n'avaient pas pu encore se mettre en mouvement. La difficulté d'organiser leurs magasins et de se procurer les chevaux les avait jusqu'ici retenues dans l'inaction. De son côté, l'Autriche, qui aurait eu le plus grand intérêt à prendre brusquement l'initiative, avait mis une inconcevable lenteur à faire ses préparatifs, et ne s'était mise en mesure de commencer les hostilités que pour le milieu de prairial (commencement de juin). Ses armées étaient sur un pied formidable, et de beaucoup supérieures aux nôtres. Mais nos succès en Italie l'avaient obligée à détacher Wurmser avec trente mille hommes de ses meilleures troupes du Rhin, pour aller recueillir et réorganiser les débris de Beaulieu. Ainsi, outre ses conquêtes, l'armée d'Italie rendait l'important service de dégager les armées d'Allemagne. Le conseil aulique, qui avait résolu de prendre l'offensive, et de porter le théâtre de la guerre au sein de nos provinces, ne songea plus dès lors qu'à garder la défensive et à s'opposer à notre invasion. Il aurait même voulu laisser subsister l'armistice; mais il était dénoncé, et les hostilités devaient commencer le 12 prairial (31 mai).
Déjà nous avons donné une idée du théâtre de la guerre. Le Rhin et le Danube sortis, l'un des grandes Alpes, l'autre des Alpes de Souabe, après s'être rapprochés dans les environs du lac de Constance, se séparent pour aller, le premier vers le nord, le second vers l'orient de l'Europe. Deux vallées transversales et presque parallèles, celles du Mein et du Necker, forment en quelque sorte deux débouchés, pour aller, à travers le massif des Alpes de Souabe, dans la vallée du Danube, ou pour venir de la vallée du Danube dans celle du Rhin.
Ce théâtre de guerre, et le plan d'opérations qu'il comporte, n'étaient point connus alors comme ils le sont aujourd'hui grâces à de grands exemples. Carnot, qui dirigeait nos plans, s'était fait une théorie d'après la célèbre campagne de 1794, qui lui avait valu tant de gloire en Europe. A cette époque, le centre de l'ennemi, retranché dans la forêt de Mormale, ne pouvant être entamé, on avait filé sur ses ailes, et en les débordant, on l'avait obligé à la retraite. Cet exemple s'était gravé dans la mémoire de Carnot. Doué d'un esprit novateur, mais systématique, il avait imaginé une théorie d'après cette campagne, et il était persuadé qu'il fallait toujours agir à la fois sur les deux ailes d'une armée, et chercher constamment à les déborder. Les militaires ont regardé cette idée comme un progrès véritable et comme déjà bien préférable au système des cordons, tendant à attaquer l'ennemi sur tous les points, mais elle s'était changée dans l'esprit de Carnot en un système arrêté et dangereux. Les circonstances qui s'offraient ici l'engageaient encore davantage à suivre ce système. L'armée de Sambre-et-Meuse et celle de Rhin-et-Moselle étaient placées toutes deux sur le Rhin, à deux points très distans l'un de l'autre: deux vallées partaient de ces points pour déboucher sur le Danube. C'étaient là des motifs bien suffisans pour Carnot de former les Français en deux colonnes, dont l'une remontant par le Mein, l'autre par le Necker, tendraient ainsi à déborder les ailes des armées impériales, et à les obliger de rétrograder sur le Danube. Il prescrivit donc aux généraux Jourdan et Moreau de partir, le premier de Dusseldorf, le second de Strasbourg, pour s'avancer isolément en Allemagne. Comme l'ont remarqué un grand capitaine et un grand critique, et comme les faits l'ont prouvé depuis, se former en deux corps, c'était sur-le-champ donner à l'ennemi la faculté et l'idée de se concentrer, et d'accabler avec la masse entière de ses forces l'un ou l'autre de ces deux corps. Clerfayt avait fait à peu près cette manoeuvre dans la campagne précédente, en repoussant d'abord Jourdan sur le Bas-Rhin, et en venant ensuite se jeter sur les lignes de Mayence. Le général ennemi ne fût-il pas un homme supérieur, on le forçait par là à suivre ce plan, et on lui suggérait la pensée que le génie aurait dû lui inspirer.
L'invasion fut donc concertée sur ce plan vicieux. Les moyens d'exécution étaient aussi mal conçus que le plan lui-même. La ligne qui séparait les armées, remontait le Rhin de Dusseldorf jusqu'à Bingen, décrivait un arc de Bingen à Manheim, par le pied des Vosges, et rejoignait le Rhin jusqu'à Bâle. Carnot voulait que l'armée de Jourdan, débouchant par Dusseldorf et la tête du pont de Neuwied, se portât au nombre de quarante mille hommes sur la rive droite, pour y attirer l'ennemi; que le reste de cette armée, forte de vingt-cinq mille hommes, partant de Mayence sous les ordres de Marceau, remontât le Rhin, et, filant par les derrières de Moreau, allât passer clandestinement le fleuve aux environs de Strasbourg. Les généraux Jourdan et Moreau se réunirent pour faire sentir au directoire les inconvéniens de ce projet. Jourdan, réduit à quarante mille hommes sur le Bas-Rhin, pouvait être accablé et détruit, pendant que le reste de son armée perdrait un temps incalculable à remonter depuis Mayence jusqu'à Strasbourg. Il était bien plus naturel de faire exécuter le passage vers Strasbourg, par l'extrême droite de Moreau. Cette manière de procéder permettait tout autant de secret que l'autre, et ne faisait pas perdre un temps précieux aux armées. Cette modification fut admise. Jourdan, profitant des deux têtes de pont qu'il avait à Dusseldorf et à Neuwied, dut passer le premier pour attirer l'ennemi à lui, et détourner ainsi l'attention du Haut-Rhin, où Moreau avait un passage de vive force à exécuter.