Le gouvernement le plus près de sa ruine était le gouvernement papal. Ce n'était pas faute de se défendre; il faisait aussi des arrestations; mais un vieux pape dont l'orgueil était abattu, de vieux cardinaux inhabiles, pouvaient difficilement soutenir un état chancelant de toutes parts. Déjà, par les suggestions des Cisalpins, la Marche d'Ancône s'était révoltée, et s'était constituée en république anconitaine. De là, les démocrates soufflaient la révolte dans tout l'état romain. Ils n'y comptaient pas un grand nombre de partisans, mais ils étaient assez secondés par le mécontentement public. Le gouvernement papal avait perdu son éclat imposant aux yeux du peuple, depuis que les contributions imposées à Tolentino l'avaient obligé de donner jusqu'aux meubles précieux et aux pierreries du Saint-Siége. Les taxes nouvelles, la création d'un papier-monnaie qui perdait plus de deux tiers de sa valeur, l'aliénation du cinquième des biens du clergé, avaient mécontenté toutes les classes, jusqu'aux ecclésiastiques eux-mêmes. Les grands de Rome, qui avaient reçu quelques-unes des lumières répandues en Europe pendant le dix-huitième siècle, murmuraient assez hautement contre un gouvernement faible, inepte, et disaient qu'il était temps que le gouvernement temporel des états romains passât de célibataires ignorans, incapables, étrangers à la connaissance des choses humaines, aux véritables citoyens versés dans la pratique et l'habitude du monde. Ainsi les dispositions du peuple romain étaient peu favorables au pape. Cependant les démocrates étaient peu nombreux; ils inspiraient des préventions sous le rapport de la religion, dont on les croyait ennemis. Les artistes français qui étaient à Rome les excitaient beaucoup; mais Joseph Bonaparte tâchait de les contenir, en leur disant qu'ils n'avaient pas assez de force pour tenter un mouvement décisif, qu'ils se perdraient et compromettraient inutilement la France; que, du reste, elle ne les soutiendrait pas, et les laisserait exposés aux suites de leur imprudence.
Le 6 nivôse (26 décembre 1797), ils vinrent l'avertir qu'il y aurait un mouvement. Il les congédia, en les engageant à rester tranquilles; mais ils n'en crurent pas le ministre français. Le système de tous les entrepreneurs de révolution était qu'il fallait oser, et engager la France malgré elle. En effet, ils se réunirent le 8 nivôse (28 décembre), pour tenter un mouvement. Dispersés par les dragons du pape, ils se réfugièrent dans la juridiction de l'ambassadeur français, et sous les arcades du palais Corsini, qu'il habitait. Joseph accourut avec quelques militaires français, et le général Duphot, jeune officier très distingué de l'armée d'Italie. Il voulait s'interposer entre les troupes papales et les insurgés, pour éviter un massacre. Mais les troupes papales, sans respect pour l'ambassadeur, firent feu, et tuèrent à ses côtés l'infortuné Duphot. Ce jeune homme allait épouser une belle-soeur de Joseph. Sa mort produisit une commotion extraordinaire. Plusieurs ambassadeurs étrangers coururent chez Joseph, particulièrement le ministre d'Espagne, d'Azara. Le gouvernement romain, seul, demeura quatorze heures sans envoyer chez le ministre de France, quoique celui-ci n'eût cessé de lui écrire pendant la journée. Joseph, indigné, demanda sur-le-champ ses passeports; on les lui donna, et il partit aussitôt pour la Toscane.
Cet événement produisit une vive sensation. Il était visible que le gouvernement romain aurait pu prévenir cette scène, car elle était prévue à Rome deux jours d'avance, mais qu'il avait voulu la laisser éclater, pour infliger aux démocrates une correction sévère, et que dans le tumulte il n'avait pas su prendre ses précautions, de manière à prévenir une violation du droit des gens et un attentat contre la légation française. Aussitôt une grande indignation se manifesta dans la Cisalpine, et parmi tous les patriotes italiens, contre le gouvernement romain. L'armée d'Italie demandait à grands cris à marcher sur Rome.
Le directoire était fort embarrassé: il voyait dans le pape le chef spirituel du parti ennemi de la révolution. Détruire le pontife de cette vieille et tyrannique religion chrétienne le tentait fort, malgré le danger de blesser les puissances et de provoquer leur intervention. Cependant, quels que fussent les inconvéniens d'une détermination hostile, les passions révolutionnaires l'emportèrent ici, et le directoire ordonna au général Berthier, qui commandait en Italie, de marcher sur Rome. Il espérait que le pape n'étant le parent ni l'allié d'aucune cour, sa chute ne provoquerait aucune intervention puissante.
La joie fut grande chez tous les républicains et les partisans de la philosophie. Berthier arriva le 22 pluviôse (10 février 1798) en vue de l'ancienne capitale du monde, que les armées républicaines n'avaient pas encore visitée. Nos soldats s'arrêtèrent un instant, pour contempler la vieille et magnifique cité. Le ministre d'Azara, le médiateur ordinaire de toutes les puissances italiennes auprès de la France, accourut au quartier-général, pour négocier une convention. Le château Saint-Ange fut livré aux Français, à la condition, naturelle entre peuples civilisés, de respecter le culte, les établissemens publics, les personnes et les propriétés. Le pape fut laissé au Vatican, et Berthier, introduit par la porte du Peuple, fut conduit au Capitole, comme les anciens triomphateurs romains. Les démocrates, au comble de leurs voeux, se réunirent au Campo-Vaccino, où se voient les vestiges de l'ancien Forum, et, entourés d'un peuple insensé, prêt à applaudir à tous les évènemens nouveaux, proclamèrent la république romaine. Un notaire rédigea un acte par lequel le peuple, qui s'intitulait peuple romain, déclarait rentrer dans sa souveraineté et se constituer en république. Le pape avait été laissé seul au Vatican. On alla lui demander l'abdication de sa souveraineté temporelle, car on n'entendait pas se mêler de son autorité spirituelle. Il répondit, du reste, avec dignité, qu'il ne pouvait se dépouiller d'une propriété qui n'était point à lui, mais à la succession des apôtres, et qui n'était qu'en dépôt dans ses mains. Cette théologie toucha peu nos généraux républicains. Le pape, traité avec les égards dus à son âge, fut extrait du Vatican pendant la nuit, et conduit en Toscane, où il reçut asile dans un couvent. Le peuple de Rome parut peu regretter ce souverain qui avait cependant régné plus de vingt années.
Malheureusement des excès, non contre les personnes, mais contre les propriétés, souillèrent l'entrée des Français dans l'ancienne capitale du monde. Il n'y avait plus à la tête de l'armée ce chef sévère et inflexible, qui, moins par vertu que par horreur du désordre, avait poursuivi si sévèrement les pillards. Bonaparte seul aurait pu imposer un frein à l'avidité dans une contrée aussi riche. Berthier venait de partir pour Paris; Masséna lui avait succédé. Ce héros auquel la France devra une éternelle reconnaissance pour l'avoir sauvée à Zurich d'une ruine inévitable, fut accusé d'avoir donné le premier exemple. Il fut bientôt imité. On se mit à dépouiller les palais, les couvens, les riches collections. Des juifs à la suite de l'armée achetaient à vil prix les magnifiques objets que leur livraient les déprédateurs. Le gaspillage fut révoltant. Il faut le dire: ce n'étaient pas les officiers subalternes ni les soldats qui se livraient à ces désordres, c'étaient les officiers supérieurs. Tous les objets qu'on enlevait, et sur lesquels on avait les droits de la conquête, auraient dû être déposés dans une caisse, et vendus au profit de l'armée, qui n'avait pas reçu de solde depuis cinq mois. Elle sortait de la Cisalpine, où le défaut d'organisation financière avait empêché d'acquitter le subside convenu par notre traité. Les soldats et les officiers subalternes étaient dans le plus horrible dénûment; ils étaient indignés de voir leurs chefs se gorger de dépouilles, et compromettre la gloire du nom français, sans aucun profit pour l'armée. Il y eut une révolte contre Masséna: les officiers se réunirent dans une église, et déclarèrent qu'ils ne voulaient pas servir sous lui. Une partie du peuple, qui était mal disposée pour les Français, se préparait à saisir le moment de cette mésintelligence pour tenter un mouvement. Masséna fit sortir l'armée de Rome, en laissant une garnison dans le château Saint-Ange. Le danger fit cesser la sédition; mais les officiers persistèrent à demeurer réunis, et à demander la poursuite des pillards et le rappel de Masséna.
On voit qu'à la difficulté de modérer la marche des nouvelles républiques, de choisir et de diriger nos agens, se joignait celle de contenir les armées, et tout cela à des distances immenses pour les communications administratives. Le directoire rappela Masséna et envoya une commission à Rome, composée de quatre personnages probes et éclairés, pour organiser la nouvelle république: c'étaient Daunou, Monge, Florent et Faypoult. Ce dernier, administrateur habile et honnête, était chargé de tout ce qui était relatif aux finances. L'armée d'Italie fut divisée en deux; on appela armée de Rome celle qui venait de détrôner le pape.
Il s'agissait de motiver auprès des puissances la nouvelle révolution. L'Espagne, dont on aurait pu redouter la piété, mais qui était sous l'influence française, ne dit cependant rien. Mais l'intérêt est plus intraitable que le zèle religieux. Aussi les deux cours les plus mécontentes furent celles de Vienne et de Naples. Celle de Vienne voyait avec peine s'étendre l'influence française en Italie. Pour ne pas ajouter à ses griefs, on ne voulut point confondre la république nouvelle avec la Cisalpine: elle fut constituée à part. Les réunir toutes deux aurait trop réveillé l'idée de l'unité italienne, et fait croire au projet de démocratiser toute l'Italie. Quoique l'empereur n'eût point de ministre à Paris, on lui envoya Bernadotte pour lui donner des explications et résider à Vienne. Quant à la cour de Naples, sa fureur était extrême de voir la révolution à ses portes. Elle n'exigeait rien moins que deux ou trois des provinces romaines pour s'apaiser. Elle voulait surtout le duché de Bénévent et le territoire de Ponte-Corvo, qui étaient tout-à-fait à sa convenance. On lui envoya Garat pour s'entendre avec elle: on destina Trouvé à la Cisalpine.
La révolution faisait donc des progrès inévitables, et beaucoup plus rapides que ne l'aurait voulu le directoire. Nous avons déjà nommé un pays où elle menaçait de s'introduire, c'est la Suisse. Il semble que la Suisse, cette antique patrie de la liberté, des moeurs simples et pastorales, n'avait rien à recevoir de la France, et seule n'avait pas de révolution à subir; cependant, de ce que les treize cantons étaient gouvernés avec des formes républicaines, il n'en résultait pas que l'équité régnât dans les rapports de ces petites républiques entre elles, et surtout dans leurs rapports avec leurs sujets. La féodalité, qui n'est que la hiérarchie militaire, existait entre ces républiques, et il y avait des peuples dépendans d'autres peuples, comme un vassal de son suzerain, et gémissant sous un joug de fer. L'Argovie, le canton de Vaud, dépendaient de l'aristocratie de Berne; le Bas-Valais du Haut-Valais; les bailliages italiens, c'est-à-dire les vallées pendant du côté de l'Italie, de divers cantons. Il y avait en outre une foule de communes dépendantes de certaines villes. Le canton de Saint-Gall était gouverné féodalement par un couvent. Presque tous les pays sujets ne l'étaient devenus qu'à des conditions contenues dans des chartes mises en oubli, et qu'il était défendu de remettre en lumière. Les campagnes relevaient presque partout des villes, et étaient soumises aux plus révoltans monopoles; nulle part la tyrannie des corps de métier n'était aussi grande. Dans tous les gouvernemens, l'aristocratie s'était lentement emparée de l'universalité des pouvoirs. A Berne, le premier de ces petits états, quelques familles s'étaient emparées de l'autorité et en avaient à jamais exclu toutes les autres: elles avaient leur livre d'or, où étaient inscrites toutes les familles gouvernantes. Souvent les moeurs adoucissent les lois, mais il n'en était rien ici. Ces aristocraties se vengeaient avec la vivacité d'humeur propre aux petits états. Berne, Zurich, Genève, avaient déployé souvent, et très récemment, l'appareil des supplices. Dans toute l'Europe il y avait des Suisses, bannis forcément de leur pays, ou qui s'étaient soustraits par l'exil aux vengeances aristocratiques. Du reste, mal unis, mal attachés les uns aux autres, les treize cantons n'avaient plus aucune force; ils étaient réduits à l'impuissance de défendre leur liberté. Par ce penchant de mauvais frères, si commun dans les états fédératifs, presque tous avaient recours dans leurs démêlés aux puissances voisines, et avaient des traités particuliers, les uns avec l'Autriche, les autres avec le Piémont, les autres avec la France. La Suisse n'était donc plus qu'un beau souvenir et un admirable sol; politiquement, elle ne présentait qu'une chaîne de petites et humiliantes tyrannies.
On conçoit dès lors quel effet avait dû produire dans son sein l'exemple de la révolution française. On s'était agité à Zurich, à Bâle, à Genève. Dans cette dernière ville, surtout, les troubles avaient été sanglans. Dans toute la partie française, et particulièrement dans le pays de Vaud, les idées révolutionnaires avaient fait de grands progrès. De leur côté, les aristocrates suisses n'avaient rien oublié pour desservir la France, et s'étaient étudiés à lui déplaire autant qu'ils le pouvaient sans provoquer sa toute-puissance. Messieurs de Berne avaient accueilli les émigrés et leur avaient rendu le plus de services possible. C'est en Suisse que s'étaient machinées toutes les trames ourdies contre la république. On se souvient que c'est de Bâle que l'agent anglais Wickam conduisait tous les fils de la contre-révolution. Le directoire devait donc être fort mécontent. Il avait un moyen de se venger de la Suisse, fort aisé. Les Vaudois, persécutés par messieurs de Berne, invoquaient l'intervention de la France. Lorsque le duc de Savoie les avait cédés à Berne, la France s'était rendue garante de leurs droits, par un traité à la date de 1565; ce traité avait été plusieurs fois invoqué et exécuté par la France. Il n'y avait donc rien d'étrange dans l'intervention du directoire, aujourd'hui réclamée par les Vaudois. D'ailleurs, plusieurs de ces petits peuples dépendans avaient des protecteurs étrangers.