Bonaparte s'avança ensuite sur Saint-Jean-d'Acre, l'ancienne Ptolémaïs, situé au pied du mont Carmel. C'était la seule place qui pût encore l'arrêter. La Syrie était à lui s'il pouvait l'enlever. Mais Djezzar s'y était enfermé avec toutes ses richesses et une forte garnison. Il comptait sur l'appui de Sidney-Smith, qui croisait dans ces parages, et qui lui fournit des ingénieurs, des canonniers et des munitions. Il devait d'ailleurs être bientôt secouru par l'armée turque réunie en Syrie, qui s'avançait de Damas pour franchir le Jourdain. Bonaparte se hâta d'attaquer la place pour l'enlever comme celle de Jaffa, avant qu'elle fût renforcée de nouvelles troupes, et que les Anglais eussent le temps d'en perfectionner la défense. On ouvrit aussitôt la tranchée. Malheureusement l'artillerie de siége, qui devait venir par mer d'Alexandrie, avait été enlevée par Sidney-Smith. On avait pour toute artillerie de siége et de campagne, une caronade de trente-deux, quatre pièces de douze, huit obusiers, et une trentaine de pièces de quatre. On manquait de boulets, mais on imagina un moyen de s'en procurer. On faisait paraître sur la plage quelques cavaliers; à cette vue Sidney-Smith faisait un feu roulant de toutes ses batteries, et les soldats, auxquels on donnait cinq sous par boulet, allaient les ramasser au milieu de la canonnade et de rires universels.
La tranchée avait été ouverte le 30 ventôse (20 mars). Le général du génie Sanson, croyant être arrivé dans une reconnaissance de nuit au pied du rempart, déclara qu'il n'y avait ni contrescarpe ni fossé. On crut n'avoir à pratiquer qu'une simple brèche et à monter ensuite à l'assaut. Le 5 germinal (25 mars), on fit brèche, on se présenta à l'assaut, et on fut arrêté par une contrescarpe et un fossé. Alors on se mit sur-le-champ à miner. L'opération se faisait sous le feu de tous les remparts et de la belle artillerie que Sidney-Smith nous avait enlevée. Il avait donné à Djezzar d'excellens pointeurs anglais, et un ancien émigré, Phélippeaux, officier du génie d'un grand mérite. La mine sauta le 8 germinal (28 mars), et n'emporta qu'une partie de la contrescarpe. Vingt-cinq grenadiers, à la suite du jeune Mailly, montèrent à l'assaut. En voyant ce brave officier poser une échelle, les Turcs furent épouvantés, mais Mailly tomba mort. Les grenadiers furent alors découragés, les Turcs revinrent, deux bataillons qui suivaient furent accueillis par une horrible fusillade; leur commandant Laugier fut tué, et l'assaut manqua encore.
Malheureusement la place venait de recevoir plusieurs mille hommes de renfort, une grande quantité de canonniers exercés à l'européenne, et des munitions immenses. C'était un grand siége à exécuter avec treize mille hommes, et presque sans artillerie. Il fallait ouvrir un nouveau puits de mine pour faire sauter la contrescarpe entière, et commencer un autre cheminement. On était au 12 germinal (1er avril). Il y avait déjà dix jours d'employés devant la place; on annonçait l'approche de la grande armée turque; il fallait poursuivre les travaux et couvrir le siége, et tout cela avec la seule armée d'expédition. Le général en chef ordonna qu'on travaillât sans relâche à miner de nouveau, et détacha la division Kléber vers le Jourdain pour en disputer le passage à l'armée venant de Damas.
Cette armée, réunie aux peuplades des montagnes de Naplouse, s'élevait à environ vingt-cinq mille hommes. Plus de douze mille cavaliers en faisaient la force. Elle traînait un bagage immense. Abdallah, pacha de Damas, en avait le commandement. Elle passa le Jourdan au pont d'Iacoub, le 15 germinal (4 avril). Junot, avec l'avant-garde de Kléber, forte de cinq cents hommes au plus, rencontra les avant-gardes turques sur la route de Nazareth le 19 (8 avril). Loin de reculer, il brava hardiment l'ennemi, et, formé en carré, couvrit le champ de bataille de morts, et prit cinq drapeaux. Mais obligé de céder au nombre, il se replia sur la division Kléber. Celle-ci s'avançait, et hâtait sa marche pour rejoindre Junot. Bonaparte, instruit de la force de l'ennemi, se détacha avec la division Bon, pour soutenir Kléber, et livrer une bataille décisive. Djezzar, qui se concertait avec l'armée qui venait le débloquer, voulut faire une sortie; mais, mitraillé à outrance, il laissa nos ouvrages couverts de ses morts; Bonaparte se mit aussitôt en marche.
Kléber, avec sa division, avait débouché dans les plaines qui s'étendent au pied du mont Thabor, non loin du village de Fouli. Il avait eu l'idée de surprendre le camp turc pendant la nuit, mais il était arrivé trop tard pour y réussir. Le 21 germinal (16 avril) au matin, il trouva toute l'armée turque en bataille. Quinze mille fantassins occupaient le village de Fouli, plus de douze mille cavaliers se déployaient dans la plaine. Kléber avait à peine trois mille fantassins en carré. Toute cette cavalerie s'ébranla et fondit sur nos carrés. Jamais les Français n'avaient vu tant de cavaliers caracoler, charger, se mouvoir dans tous les sens. Ils conservèrent leur sang-froid accoutumé, et les recevant à bout portant par un feu terrible, ils en abattirent à chaque charge un nombre considérable. Bientôt ils eurent formé autour d'eux un rempart d'hommes et de chevaux, et abrités par cet horrible abatis, ils purent résister six heures de suite à toute la furie de leurs adversaires. Dans le moment Bonaparte débouchait du mont Thabor avec la division Bon. Il vit la plaine couverte de feu et de fumée, et la brave division Kléber résistant, à l'abri d'une ligne de cadavres. Sur-le-champ, il partagea la division qu'il amenait en deux carrés; ces deux carrés s'avancèrent de manière à former un triangle équilatéral avec la division Kléber, et mirent ainsi l'ennemi au milieu d'eux. Ils marchèrent en silence, et sans donner aucun signe de leur approche, jusqu'à une certaine distance: puis tout à coup Bonaparte fit tirer un coup de canon, et se montra alors sur le champ de bataille. Un feu épouvantable partant aussitôt des trois extrémités de ce triangle, assaillit les Mameluks qui étaient au milieu, les fit tourbillonner sur eux-mêmes, et fuir en désordre dans toutes les directions. La division Kléber, redoublant d'ardeur à cette vue, s'élança sur le village de Fouli, l'enleva à la baïonnette, et fit un grand carnage de l'ennemi. En un instant toute cette multitude s'écoula, et la plaine ne fut plus couverte que de morts. Le camp turc, les trois queues du pacha, quatre cents chameaux, un butin immense, devinrent la proie des Français. Murat, placé sur les bords du Jourdain, tua un grand nombre de fugitifs. Bonaparte fit brûler tous les villages des Naplousins. Six mille Français avaient détruit cette armée, que les habitans disaient innombrable comme les étoiles du ciel et les sables de la mer.
Pendant cet intervalle, on n'avait cessé de miner, de contre-miner autour des murs de Saint-Jean-d'Acre. On se disputait un terrain bouleversé par l'art des siéges. Il y avait un mois et demi qu'on était devant la place, on avait tenté beaucoup d'assauts, repoussé beaucoup de sorties, tué beaucoup de monde à l'ennemi; mais malgré de continuels avantages, on faisait d'irréparables pertes de temps et d'hommes. Le 18 floréal (7 mai), il arriva dans le port d'Acre un renfort de douze mille hommes. Bonaparte, calculant qu'ils ne pourraient pas être débarqués avant six heures, fait sur-le-champ jouer une pièce de vingt-quatre sur un pan de mur; c'était à la droite du point où depuis quelque temps on déployait tant d'efforts. La nuit venue, on monte à la brèche, on envahit les travaux de l'ennemi, on les comble, on encloue les pièces, on égorge tout, enfin on est maître de la place, lorsque les troupes débarquées s'avancent en bataille, et présentent une masse effrayante. Rambaut, qui commandait les premiers grenadiers montés à l'assaut, est tué. Lannes est blessé. Dans le même moment, l'ennemi fait une sortie, prend la brèche à revers, et coupe la retraite aux braves qui avaient pénétré dans la place. Les uns parviennent à ressortir; les autres, prenant un parti désespéré, s'enfuient dans une mosquée, s'y retranchent, y épuisent leurs dernières cartouches, et sont prêts à vendre chèrement leur vie, lorsque Sydney-Smith, touché de tant de bravoure, leur fait accorder une capitulation. Pendant ce temps, les troupes de siége, marchant sur l'ennemi, le ramènent dans la place, après en avoir fait un carnage épouvantable, et lui avoir enlevé huit cents prisonniers. Bonaparte, obstiné jusqu'à la fureur, donne deux jours de repos à ses troupes, et le 21 (10 mai) ordonne un nouvel assaut. On y monte avec la même bravoure, on escalade la brèche; mais on ne peut pas la dépasser. Il y avait toute une armée gardant la place et défendant toutes les rues. Il fallut y renoncer.
Il y avait deux mois qu'on était devant Acre, on avait fait des pertes irréparables, et il eût été imprudent de s'exposer à en faire davantage. La peste était dans cette ville, et l'armée en avait pris le germe à Jaffa. La saison des débarquemens approchait, et on annonçait l'arrivée d'une armée turque vers les bouches du Nil. En s'obstinant davantage, Bonaparte pouvait s'affaiblir, au point de ne pouvoir repousser de nouveaux ennemis. Le fond de ses projets était réalisé, puisqu'il avait détruit les rassemblemens formés en Syrie, et que de ce côté il avait réduit l'ennemi à l'impuissance d'agir. Quant à la partie brillante de ces mêmes projets, quant à ces vagues et merveilleuses espérances de conquêtes en Orient, il fallait y renoncer. Il se décida enfin à lever le siége. Mais son regret fut tel, que, malgré sa destinée inouïe, on lui a entendu répéter souvent, en parlant de Sidney-Smith: Cet homme m'a fait manquer ma fortune. Les Druses, qui pendant le siége avaient nourri l'armée, toutes les peuplades ennemies de la Porte, apprirent sa retraite avec désespoir.
Il avait commencé le siége le 30 ventôse (20 mars), il le leva le 1er prairial (20 mai): il y avait employé deux mois. Avant de quitter Saint-Jean-d'Acre, il voulait laisser une terrible trace de son passage: il accabla la ville de ses feux, et la laissa presque réduite en cendres. Il reprit la route du désert. Il avait perdu par le feu, les fatigues ou les maladies, près du tiers de son armée d'expédition, c'est-à-dire environ quatre mille hommes. Il emmenait douze cents blessés. Il se mit en marche pour repasser le désert. Il ravagea sur sa route tout le pays, et y imprima une profonde terreur. Arrivé à Jaffa, il en fit sauter les fortifications. Il y avait là une ambulance pour nos pestiférés. Les emporter était impossible: en ne les emportant pas, on les laissait exposés à une mort inévitable, soit par la maladie, soit par la faim, soit par la cruauté de l'ennemi. Aussi Bonaparte dit-il au médecin Desgenettes, qu'il y aurait bien plus d'humanité à leur administrer de l'opium qu'à leur laisser la vie; à quoi ce médecin fit cette réponse, fort vantée: Mon métier est de les guérir, et non de les tuer. On ne leur administra point d'opium, et ce fait servit à propager une calomnie indigne, et aujourd'hui détruite.
Bonaparte rentra enfin en Égypte après une expédition de près de trois mois. Il était temps qu'il y arrivât. L'esprit d'insurrection s'était répandu dans tout le Delta. Un imposteur, qui s'appelait l'ange El-Mohdhy, qui se disait invulnérable, et qui prétendait chasser les Français en soulevant de la poussière, avait réuni quelques mille insurgés. Les agens des Mamelucks l'aidaient de leur concours; il s'était emparé de Damanhour, et en avait égorgé la garnison. Bonaparte envoya un détachement, qui dispersa les insurgés, et tua l'ange invulnérable. Le trouble s'était communiqué aux différentes provinces du Delta; sa présence ramena partout la soumission et le calme. Il ordonna au Caire des fêtes magnifiques, pour célébrer ses triomphes en Syrie. Il n'avouait pas la partie manquée de ses projets, mais il vantait avec raison les nombreux combats livrés en Syrie, la belle bataille du mont Thabor, les vengeances terribles exercées contre Djezzar. Il répandit de nouvelles publications aux habitans, dans lesquelles ils leur disait qu'il était dans le secret de leurs pensées, et devinait leurs projets à l'instant où ils les formaient. Ils ajoutèrent foi à ces étranges paroles du sultan Kebir et le croyaient présent à toutes leurs pensées. Bonaparte n'avait pas seulement à contenir les habitans, mais encore ses généraux et l'armée elle-même. Un mécontentement sourd y régnait. Ce mécontentement ne provenait ni des fatigues, ni des dangers, ni surtout des privations, car l'armée ne manquait de rien, mais de l'amour du pays, qui poursuit le Français en tous lieux. Il y avait un an entier qu'on était en Égypte, et depuis près de six mois on n'avait aucune nouvelle de France. Aucun navire n'avait pu passer: une sombre tristesse dévorait tous les coeurs. Chaque jour les officiers et les généraux demandaient des congés pour repasser en Europe. Bonaparte en accordait peu, ou bien y ajoutait de ces paroles qu'on redoutait comme le déshonneur. Berthier lui-même, son fidèle Berthier, dévoré d'une vieille passion, demandait à revoir l'Italie. Il fut honteux pour la seconde fois de sa faiblesse, et renonça à partir. Un jour l'armée avait formé le projet d'enlever ses drapeaux du Caire, et de marcher sur Alexandrie pour s'y embarquer. Mais elle n'en eut que la pensée, et n'osa jamais braver son général. Les lieutenans de Bonaparte, qui donnaient tous l'exemple des murmures, se taisaient dès qu'ils étaient devant lui, et pliaient sous son ascendant. Il avait eu plus d'un démêlé avec Kléber. L'humeur de celui-ci ne venait pas de découragement, mais de son indocilité accoutumée. Il s'étaient toujours raccommodés, car Bonaparte aimait la grande âme de Kléber, et Kléber était séduit par le génie de Bonaparte.
On était en prairial (juin). L'ignorance des événemens de l'Europe et des désastres de la France était toujours la même. On savait seulement que le continent était dans une véritable confusion et qu'une nouvelle guerre était inévitable. Bonaparte attendait impatiemment de nouveaux détails, pour prendre un parti et retourner, s'il le fallait, sur le premier théâtre de ses exploits. Mais avant, il voulait détruire la seconde armée turque, réunie à Rhodes, dont on annonçait le débarquement très prochain.