Cette armée, montée sur de nombreux transports, et escortée par la division navale de Sydney-Smith, parut le 23 messidor (11 juillet) à la vue d'Alexandrie, et vint mouiller à Aboukir, la même rade où notre escadre avait été détruite. Le point de débarquement choisi par les Anglais était la presqu'île qui ferme cette rade, et qui porte le même nom. Cette presqu'île étroite s'avance entre la mer et le lac Madieh, et vient se terminer par un fort. Bonaparte avait ordonné à Marmont, qui commandait à Alexandrie, de perfectionner la défense du fort, et de détruire le village d'Aboukir, placé tout autour. Mais au lieu de détruire le village, on avait voulu le conserver pour y loger les soldats, et on l'avait simplement entouré d'une redoute pour le protéger du côté de la terre. Mais la redoute, ne joignant pas les deux bords de la mer, ne présentait pas un ouvrage fermé, et associait le sort du fort à celui d'un simple ouvrage de campagne. Les Turcs en effet débarquèrent avec beaucoup de hardiesse, abordèrent les retranchemens le sabre au poing, les enlevèrent, et s'emparèrent du village d'Aboukir, dont ils égorgèrent la garnison. Le village pris, le fort ne pouvait guère tenir, et fut obligé de se rendre. Marmont, commandant à Alexandrie, en était sorti à la tête de douze cents hommes, pour courir au secours des troupes d'Aboukir. Mais, apprenant que les Turcs étaient débarqués en nombre considérable, il n'osa pas tenter de les jeter à la mer par une attaque hardie. Il rentra dans Alexandrie, et les laissa s'établir tranquillement dans la presqu'île d'Aboukir.
Les Turcs étaient à peu près dix-huit mille hommes d'infanterie. Ce n'étaient pas de ces misérables fellahs qui composaient l'infanterie des Mamelucks; c'étaient de braves janissaires, portant un fusil sans baïonnette, le rejetant en bandoulière sur le dos quand ils avaient fait feu, puis s'élançant sur l'ennemi le pistolet et le sabre à la main. Ils avaient une artillerie nombreuse et bien servie; et ils étaient dirigés par des officiers anglais. Ils manquaient de cavalerie, car ils avaient à peine amené trois cents chevaux; mais ils attendaient l'arrivée de Mourad-Bey, qui devait quitter la Haute-Égypte, longer le désert, traverser les oasis, et venir se jeter à Aboukir avec deux à trois mille Mamelucks.
Quand Bonaparte apprit les détails du débarquement, il quitta le Caire sur-le-champ, et fit du Caire à Alexandrie une de ces marches extraordinaires dont il avait donné tant d'exemples en Italie. Il emmenait avec lui les divisions Lannes, Bon et Murat. Il avait ordonné à Desaix d'évacuer la Haute-Égypte, à Kléber et Régnier, qui étaient dans le Delta, de se rapprocher d'Aboukir. Il avait choisi le point de Birket, intermédiaire entre Alexandrie et Aboukir, pour y concentrer ses forces, et manoeuvrer suivant les circonstances. Il craignait qu'une armée anglaise ne fût débarquée avec l'armée turque.
Mourad-Bey, suivant le plan convenu avec Mustapha-Pacha, avait essayé de descendre dans la Basse-Égypte; mais rencontré, battu par Murat, il avait été obligé de regagner le désert. Il ne restait à combattre que l'armée turque, privée de cavalerie, mais campée derrière des retranchemens, et disposée à y résister avec son opiniâtreté accoutumée. Bonaparte, après avoir jeté un coup d'oeil sur Alexandrie, et sur les beaux travaux exécutés par le colonel Crétin, après avoir réprimandé son lieutenant Marmont, qui n'avait pas osé attaquer les Turcs au moment du débarquement, quitta Alexandrie le 6 thermidor (24 juillet). Il était le lendemain 7 à l'entrée de la presqu'île. Son projet était d'abord d'enfermer l'armée turque par des retranchemens, et d'attendre, pour attaquer, l'arrivée de toutes ses divisions; car il n'avait sous la main que les divisions Lannes, Bon, Murat, environ six mille hommes. Mais à la vue des dispositions faites par les Turcs, il changea d'avis, et résolut de les attaquer sur-le-champ, espérant les renfermer dans le village d'Aboukir, et les accabler d'obus et de bombes.
Les Turcs occupaient le fond de la presqu'île, qui est fort étroite. Ils étaient couverts par deux lignes de retranchemens. A une demi-lieue en avant du village d'Aboukir, où était leur camp, ils avaient occupé deux mamelons de sables, appuyant l'un à la mer, l'autre au lac de Madieh, et formant ainsi leur droite et leur gauche. Au centre de ces deux mamelons était un village, qu'ils gardaient aussi. Ils avaient mille hommes au mamelon de droite, deux mille à celui de gauche, et trois à quatre mille hommes dans le village. Telle était leur première ligne. La seconde était au village même d'Aboukir. Elle se composait de la redoute construite par les Français, et se joignait à la mer par deux boyaux. Ils avaient placé là leur camp principal et le gros de leurs forces.
Bonaparte fit ses dispositions avec sa promptitude et sa précision accoutumées. Il ordonna au général Destaing de marcher avec quelques bataillons sur le mamelon de gauche, où étaient les mille Turcs; à Lannes, de marcher sur le mamelon de droite, où étaient les deux mille autres, et à Murat, qui était au centre, de faire filer la cavalerie sur les derrières des deux mamelons. Ces dispositions sont exécutées avec une grande précision: Destaing marche sur le mamelon de gauche, et le gravit hardiment; Murat le fait tourner par un escadron. Les Turcs, à cette vue, abandonnent leur poste, rencontrent la cavalerie qui les sabre et les pousse dans la mer, où ils aiment mieux se jeter que de se rendre. Vers la droite, la même opération s'exécute. Lannes aborde les deux mille Mamelucks; Murat les tourne; ils sont également sabrés et jetés dans la mer. Destaing et Lannes se portent ensuite vers le centre, formé par un village, et l'attaquent de front. Les Turcs s'y défendent bravement, comptant sur un secours de la seconde ligne. Une colonne, en effet, se détache du camp d'Aboukir; mais Murat, qui a déjà filé sur le derrière du village, sabre cette colonne, et la repousse dans Aboukir. L'infanterie de Destaing et celle de Lannes entrent au pas de charge dans le village, en chassent les Turcs, qu'on pousse dans toutes les directions, et qui, s'obstinant toujours à ne pas se rendre, n'ont pour retraite que la mer, où ils se noient.
Déjà quatre à cinq mille avaient péri de cette manière; la première ligne était emportée; le but de Bonaparte était rempli, et il pouvait, resserrant les Turcs dans Aboukir, les bombarder, en attendant l'arrivée de Kléber et de Régnier. Mais il veut profiter de son succès, et achever sa victoire à l'instant même. Après avoir laissé reprendre haleine à ses troupes, il marche sur la seconde ligne. La division Lanusse, restée en réserve, appuie Lannes et Destaing. La redoute qui couvrait Aboukir était difficile à emporter; elle renfermait neuf à dix mille Turcs. Vers la droite, un boyau la joignait à la mer; vers la gauche, un autre boyau la prolongeait, mais sans joindre tout à fait le lac Madieh. L'espace ouvert était occupé par l'ennemi, et balayé par de nombreuses canonnières. Bonaparte, habitué à porter ses soldats sur les plus formidables obstacles, les dirige sur la position ennemie. Ses divisions d'infanterie marchent sur le front et la droite de la redoute. La cavalerie, cachée dans un bois de palmiers, doit l'attaquer par la gauche, et traverser, sous le feu des canonnières, l'espace laissé ouvert entre la redoute et le lac Madieh. La charge s'exécute; Lannes et Destaing poussent leur brave infanterie en avant; la 32e marche l'arme au bras sur les retranchemens, la 18e les tourne par l'extrême droite. L'ennemi, sans les attendre, s'avance à leur rencontre. On se joint corps à corps. Les soldats turcs, après avoir tiré leur coup de fusil et leurs deux coups de pistolet, font étinceler leur sabre. Ils veulent saisir les baïonnettes avec leurs mains; mais ils les reçoivent dans les flancs, avant d'avoir pu les saisir. On s'égorge ainsi sur les retranchemens. Déjà la 18e est près d'arriver dans la redoute; mais un feu terrible d'artillerie la repousse et la ramène au pied des ouvrages. Le brave Leturcq est tué glorieusement en voulant se retirer le dernier; Fugières perd un bras. Murat, de son côté, s'était avancé avec sa cavalerie, pour franchir l'espace compris entre la redoute et le lac Madieh. Plusieurs fois il s'était élancé et avait refoulé l'ennemi; mais, pris entre les feux de la redoute et des canonnières, il avait été obligé de se reployer en arrière. Quelques-uns de ses cavaliers s'étaient même avancés jusqu'aux fossés de la redoute; les efforts de tant de braves paraissaient devoir être impuissans. Bonaparte contemplait ce carnage, attendant le moment favorable pour revenir à la charge. Heureusement les Turcs, suivant leur usage, sortent des retranchemens pour venir couper les têtes des morts. Bonaparte saisit cet instant, lance deux bataillons, l'un de la 22e, l'autre de la 69, qui marchent sur les retranchemens et s'en emparent. A la droite, la 18e profite aussi de l'occasion, et entre dans la redoute. Murat, de son côté, ordonne une nouvelle charge. L'un de ses escadrons traverse cet espace si redoutable qui règne entre les retranchemens et le lac, et pénètre dans le village d'Aboukir. Alors les Turcs effrayés fuient de toutes parts; on en fait un carnage épouvantable. On les pousse la baïonnette dans les reins, et on les précipite dans la mer. Murat, à la tête de ses cavaliers, pénètre dans le camp de Mustapha-Pacha. Celui-ci, saisi de désespoir, prend un pistolet, et le tire sur Murat qu'il blesse légèrement. Murat lui coupe deux doigts d'un coup de sabre, et l'envoie prisonnier à Bonaparte. Les Turcs qui ne sont ni tués ni noyés se retirent dans le fort d'Aboukir.
Plus de douze mille cadavres flottaient sur cette mer d'Aboukir, qui naguère avait été couverte des corps de nos marins: deux ou trois mille avaient péri par le feu ou le fer. Les autres, enfermés dans ce fort, n'avaient plus d'autre ressource que la clémence du vainqueur. Telle est cette extraordinaire bataille, où, pour la première fois peut-être, dans l'histoire de la guerre, l'armée ennemie fut détruite tout entière. C'est dans cette occasion que Kléber, arrivant à la fin du jour, saisit Bonaparte au milieu du corps, et s'écria: Général, vous êtes grand comme le monde!
Ainsi, soit par l'expédition de Syrie, soit par la bataille d'Aboukir, l'Égypte était délivrée, du moins momentanément, des forces de la Porte. La situation de l'armée française pouvait être regardée comme assez rassurante. Après toutes les pertes qu'elle avait faites, elle comptait vingt-cinq mille hommes environ, mais les plus braves et les mieux commandés de l'univers. Chaque jour devait la faire mieux sympathiser avec les habitans, et consolider son établissement. Bonaparte y était depuis un an: arrivé en été avant l'inondation, il avait employé les premiers momens à s'emparer d'Alexandrie et de la capitale, ce qu'il avait obtenu par la bataille des Pyramides. Après l'inondation, et en automne, il avait achevé la conquête du Delta, et confié à Desaix la conquête de la Haute-Égypte. En hiver, il avait tenté l'expédition de Syrie, et détruit l'armée turque de Djezzar au mont Thabor. Il venait, en été, de détruire la seconde armée de la Porte à Aboukir. Le temps avait donc été aussi bien employé que possible; et tandis que la victoire abandonnait en Europe les drapeaux de la France, elle leur restait fidèle en Afrique et en Asie. Les trois couleurs flottaient triomphantes sur le Nil et le Jourdain, sur les lieux mêmes d'où est partie la religion du Christ.
Bonaparte ignorait encore ce qui se passait en France, aucune des dépêches du directoire ni de ses frères ne lui étant arrivée: il était dévoré d'inquiétude. Pour tâcher d'obtenir quelques nouvelles, il faisait croiser des bricks avec ordre d'arrêter les vaisseaux de commerce, et de s'instruire par eux des événemens qui se passaient en Europe. Il envoya à la flotte turque un parlementaire qui, sous le prétexte de négocier un échange de prisonniers, devait tâcher d'obtenir quelques nouvelles. Sidney-Smith arrêta ce parlementaire, l'accueillit fort bien, et voyant que Bonaparte ignorait les désastres de la France, se fit un malin plaisir de lui donner un paquet de tous les journaux. Le parlementaire revint, et remit le paquet à Bonaparte. Celui-ci passa une nuit entière à dévorer ces feuilles, et à s'instruire de tout ce qui se passait dans sa patrie. Sur-le-champ sa détermination fut prise: il résolut de s'embarquer secrètement pour l'Europe, et d'essayer la traversée, au risque d'être saisi en route par les flottes anglaises. Il demanda le contre-amiral Gantheaume, et lui enjoignit de mettre les frégates le Muiron et la Carrère en état de faire voile. Il ne fit part de son projet à personne, courut au Caire pour faire toutes ses dispositions, rédigea une longue instruction pour Kléber, auquel il voulait laisser le commandement de l'armée, et repartit aussitôt après pour Alexandrie.