L'empereur en recommande la stricte application. Le 28 décembre, Dupont fait connaître: que les Hollandais mettent beaucoup d'hésitation à le faire exécuter; que les villes maritimes sont plongées dans le désespoir; que le roi est dans le plus grand embarras; que le parti anglais se remue et intrigue; que le frère de l'empereur est souffrant.
Ici commence réellement la mésintelligence entre l'empereur et le roi Louis. Nul doute que sans le blocus continental, les deux souverains eussent vécu à peu près d'accord, malgré les exigences politiques de Napoléon.
À la fin du même mois de décembre 1806, le 29, Dupont transmet de nouveau à Cadore des plaintes du gouvernement hollandais relativement à des fraudes nombreuses qui ont lieu à Flessingue, au préjudice du trésor, sous le couvert de la marine française. Il fait connaître également les ennuis que cause au roi la question de la défense de Flessingue et le peu d'accord qui existe entre les généraux français. L'empereur, décidé à donner tort à son frère, à ne pas accueillir ses représentations, commence à songer au remplacement du général Dupont-Chaumont, qui lui paraît beaucoup trop dans les intérêts du gouvernement de Louis.
Année 1807.
Le 8 janvier 1807, le ministre de Hollande se plaint de nouveau des douaniers français qui ne cessent de violer le territoire batave. Le 22, Dupont atteste que la situation des esprits s'améliore et annonce que le roi va écrire à l'empereur, relativement à la question du blocus. Le 26, Werhuell mande à Cadore qu'une députation va être envoyée à l'empereur en Prusse. Dupont annonce le 5 février 1807 le retour de la reine à La Haye, le bon effet produit par sa présence. Le lendemain 6, Cadore engage le gouvernement hollandais à envoyer la députation par Varsovie ou Berlin à Clarke, qui lui donnera les moyens d'arriver jusqu'à l'empereur à Feinkestein.
Le 14 avril, Dupont déclare à Cadore que la majorité du conseil des ministres paraissait tenir pour le parti anglais et s'efforçait de faire admettre au roi que la Hollande avait intérêt à se détacher de l'alliance française. Le 26, il écrit qu'en l'absence du roi le conseil a supprimé la Gazette française pour que le résultat des conférences eût moins de retentissement en France, et qu'on élaborait secrètement un projet de régence. Le 7 mai, l'ambassadeur fait connaître la mort du prince royal et le départ du roi et de la reine. Quatre jours plus tard, il déclare qu'en l'absence de Sa Majesté, la France ne saurait compter sur les ministres de Hollande.
Le 9 juin, il annonce que la reddition de Dantzig met fin aux inquiétudes du roi, lequel est estimé de tous les partis. Le 23, le ministre de France fait connaître qu'une escadre anglaise paraît vouloir menacer Stralsund, et que le maréchal Brune en a reçu avis. Le 12 juillet, Cadore écrit à Dupont de faire connaître au gouvernement hollandais que tout navire de la marine française entrant à Flessingue devra faire connaître à la douane son chargement. Le 8 août, le cabinet français presse Dupont d'obtenir de la Hollande de faire terminer à ses frais les travaux de Flessingue. Le 10 août, l'ambassadeur de France prévient que plusieurs divisions anglaises sont sorties du 20 au 26, que d'autres sont prêtes également à quitter les ports de la Grande-Bretagne, que la totalité de ces forces est évaluée à 40,000 hommes et que les troupes hollandaises se sont rapprochées de Brune. Le 14 août, l'empereur fait écrire à Dupont qu'il est informé que des communications fréquentes ont lieu entre la Hollande et l'Angleterre, qu'il fasse connaître aux ministres du roi que si toute relation de commerce et de correspondance ne cesse pas entre les deux pays, des troupes françaises entreront en Hollande. Le gouvernement du roi Louis, à cette menace, demande une note écrite; Dupont la refuse. Les ministres déclarent que si des infractions aux ordres du roi concernant l'Angleterre ont existé, cela ne pouvait avoir eu lieu que par surprise; que les pouvoirs des ministres n'allant pas au-delà de l'exécution des lois existantes, il allait être expédié un courrier à Sa Majesté, absente, pour prendre ses ordres. Le 19 août, Cadore écrit de nouveau à Dupont que les plaintes contre les douaniers français ne paraissent nullement fondées. Ainsi, d'une part, menaces de l'empereur et refus de ses ministres d'admettre les griefs de la Hollande contre les agents français; d'autre part, assurance que l'on fait tout ce que l'on peut faire pour l'exécution du blocus. Les plaintes de la France continuent. Le gouvernement du roi Louis y répond en imposant les bâtiments français qui remontent l'Escaut à destination d'Anvers. L'empereur, furieux, ordonne le remboursement des droits perçus et défend d'en payer à l'avenir. Nouvelle note des ministres hollandais pareille à la première (24 août). Le 31 août, le chargé d'affaires écrit à Cadore que le roi a appris avec douleur les plaintes de son frère, et qu'il rend un décret pour une surveillance plus sévère; le même jour on annonce que les finances sont dans le plus mauvais état. Le 4 septembre, Dupont fait connaître la publication du décret royal contre le commerce avec l'Angleterre et déclare que toute la responsabilité doit tomber sur M. Goguel, ministre des finances.
Cette correspondance acerbe continue entre les agents des deux gouvernements.
La question du blocus paraissant terminée, le ministre de France en soulève une nouvelle. Il écrit à l'ambassadeur de Hollande: «L'empereur a éprouvé un vif mécontentement, en apprenant que les malades français avaient été renvoyés des hôpitaux de la Hollande sous prétexte d'économie; il ne peut voir dans cette mesure qu'une manœuvre du parti anglais, et si malgré la bonne volonté du roi les fonctionnaires hollandais continuaient à agir de la sorte, l'empereur, usant du droit de conquête, sera contraint de faire régir la Hollande par une administration française.» M. de Cadore ne dit pas que les finances de la Hollande sont obérées par les exigences de la France, par l'entretien des troupes françaises; que l'empereur ne rembourse aucune avance et ruine les États dont il a imposé la royauté à son malheureux frère.
Aux plaintes injustes de l'empereur, le gouvernement batave répond: qu'on a admis dans les hôpitaux autant de malades que ces établissements en pouvaient contenir; qu'à Middelbourg on a établi un nouvel hôpital; qu'à Flessingue, qu'à Walcheren on a fourni aux troupes tous les objets nécessaires; que, vu l'obération des finances, on n'avait pu créer de nouveaux établissements; que depuis les plaintes du gouvernement impérial, le roi avait donné l'ordre de fournir aux soldats et marins français malades tout ce dont ils auraient besoin; que les hospices hollandais, dans cette saison, ne pouvaient suffire aux malades nationaux. Bientôt le gouvernement français adresse, par l'entremise de Dupont, de nouveaux reproches à la Hollande. «Les facilités qu'on accorde au commerce anglais, écrit M. de Cadore à l'ambassadeur, ont accru le mécontentement de l'empereur, qui trouve cette condescendance honteuse au moment où les Anglais brûlent les bâtiments hollandais à Batavia. Vous devez insister pour que sans délai il soit mis un terme à cet état de choses, et déclarer qu'au besoin l'empereur enverra 30,000 hommes en Hollande pour en garder les côtes.» Il est permis de croire que l'empereur en voulait venir là d'abord, puis à l'annexion. Le 24, Dupont fit connaître la réponse des ministres à sa note. «Le conseil déclarait que déjà il avait été répondu que les infractions aux lois prohibitives de tout commerce avec l'Angleterre ne pouvaient être attribuées qu'à un défaut de surveillance des employés, dont plusieurs avaient été déjà incarcérés.» C'était donner un prétexte à l'empereur pour faire exercer la surveillance par ses propres agents. Cela ne devait pas tarder à avoir lieu. Le 6 octobre, Cadore fait dire au ministre de Hollande que la frontière du côté de la France étant un foyer de contrebande et donnant un débouché aux marchandises anglaises, l'empereur prend des mesures sévères pour y mettre fin. Le 16, il fait savoir à ce même ministre que l'empereur, informé que des marchandises anglaises sont reçues par l'Elbe et le Weser, a donné l'ordre de visiter tout bâtiment naviguant sur ces fleuves, et veut que des mesures analogues soient prises en Hollande. Le 26, Cadore apprend que le roi a rendu un décret prohibant toute navigation le long des côtes depuis le Dollart jusqu'au Weser, étant bien résolu à prendre toutes les mesures de réciprocité avec la France.