Jusqu'en 1796, Louis, d'une forte constitution, avait joui d'une bonne santé; mais s'étant trop peu ménagé pendant cette longue campagne, ayant d'ailleurs été soumis trop jeune à de trop rudes fatigues, ayant éprouvé plusieurs accidents, fait plusieurs chutes de cheval, il commença à ressentir les effets d'une existence au-dessus de ses forces physiques. À Nice, après le siège de Toulon, il était tombé de cheval par la faute de Junot, qui avait effrayé à dessein sa monture pour voir s'il était bon cavalier. Il s'était fait à l'œil gauche une blessure grave dont il conserva toujours la cicatrice. Après la paix de Campo-Formio, lors de son retour à Paris, ses chevaux s'étaient emportés dans la descente de la montagne de Saint-André, en Savoie; il s'était démis le genou.

Tout cela, joint aux fatigues de la campagne d'Italie, lui fit désirer de prendre, pendant quelque temps, les eaux de Barèges qu'on lui avait conseillées, mais il ne put exécuter son projet. Napoléon s'apprêtait à s'embarquer pour l'Égypte, il avait décidé d'emmener son frère, que d'ailleurs, pour une raison secrète, il ne voulait pas laisser à Paris.

Pendant son dernier séjour en France, Louis avait été visiter à la célèbre pension de madame Campan, à Saint-Germain, sa sœur Caroline, et s'était épris d'une amie de cette sœur, fort jolie personne, dont le père avait émigré. Il confia son penchant à Casabianca, ami de son frère Napoléon, ancien officier supérieur de la marine, qui fut effrayé pour Louis des conséquences de cette passion naissante. «Savez-vous, lui dit-il, que ce mariage ferait le plus grand tort à votre frère, et le rendrait suspect au gouvernement?» Le lendemain Napoléon fit appeler Louis et lui donna l'ordre de partir immédiatement avec ses trois autres aides de camp pour Toulon où ils devaient l'attendre et passer avec lui en Égypte[56]. Louis attendit quelque temps, à Lyon, son frère que le Directoire avait retenu dans la crainte de voir la guerre se rallumer avec l'Autriche, à la suite d'une imprudence de Bernadotte, ambassadeur à Vienne.

Il suivit la division Kléber jusqu'au Caire; mais Napoléon, au moment où il partit pour la Syrie, résolut d'expédier en France un homme sur lequel il pût compter pour faire connaître exactement au Directoire l'état des affaires en Orient et pour lui faire envoyer des secours. Il choisit son frère Louis. Il savait que ce retour en France était sans inconvénient pour son cœur, puisque, après son départ de Paris, la jeune personne qu'il aimait avait été forcée de se marier. Louis partit donc avec les drapeaux pris sur l'ennemi. Il s'embarqua sur la plus petite, la plus vieille, la plus délabrée des chaloupes canonnières. La flotte avait été détruite à Aboukir. Pendant deux mois, il eut à lutter contre la tempête, à éviter les vaisseaux turcs, russes, anglais, portugais croisant dans la Méditerranée entre la France et l'Égypte. Il fut retenu pendant 27 jours en quarantaine à Tarente; de nouvelles tempêtes l'assaillirent quand il reprit sa route. Une seule et mauvaise pompe soutenait son fragile navire qui faisait eau à chaque instant. La situation fut un instant si désespérée qu'il donna l'ordre au capitaine de son bâtiment d'entrer à Messine, bien qu'on fût en guerre avec Naples. La force du vent ayant poussé le bateau hors du détroit, une frégate anglaise lui donna la chasse et il se décida à jeter à la mer les drapeaux qu'il devait présenter au Directoire. Toutefois, après avoir fait escale à Porto-Vecchio en Corse, il parvint à débarquer en France. Aussitôt il fit toutes les démarches en son pouvoir pour avoir des secours, mais il ne put obtenir d'abord que l'envoi de quelques avisos montés par des officiers porteurs de dépêches. Le gouvernement refusa d'expédier des troupes. Louis ne trouva d'aide, au ministère de la guerre, que dans le général Dupont. Enfin, quand on eut quelques détails sur l'expédition de Syrie et sur la seconde bataille d'Aboukir, le Directoire se décida à envoyer des secours et des troupes. Louis s'occupait des préparatifs du départ, qu'il hâtait de tout son pouvoir, lorsque l'on apprit le débarquement à Fréjus du général Bonaparte. Louis partit aussitôt pour aller avec Joseph et le général Leclerc au devant de Napoléon. Il tomba malade à Autun et ne put rejoindre son frère qu'à Paris. Il reprit immédiatement, près de sa personne, son poste d'aide de camp, et fut promu chef d'escadron au 5e de dragons.

Après le coup d'État du 18 brumaire, Louis fut immédiatement promu au grade de colonel commandant le 5e régiment de dragons. Ce régiment tenait alors garnison à Verneuil, étant chargé d'aider à la pacification de la Normandie. Louis fut obligé, fort à contre-cœur, de le rejoindre dans cette ville. Le jeune colonel était désolé d'être employé à une mission de ce genre, à l'intérieur. Il fit tout son possible pour éviter cette tâche désagréable, mais il ne put rien obtenir à cet égard du premier consul. À son grand désespoir, la ville de Verneuil ne tarda pas à être le théâtre d'un horrible événement, si commun dans les guerres civiles. Quatre malheureux prisonniers amenés par des soldats dans la ville furent jugés par un conseil de guerre et condamnés à être passés par les armes. Louis, pressé de présider le conseil de guerre, refusa avec indignation, repoussant prières, ordres, menaces. Il écrivit à son frère pour obtenir la grâce des condamnés. Il était trop tard, on procéda à leur exécution malgré toutes ses tentatives pour les sauver. Cette tragédie l'émut au point de lui faire prendre en horreur le métier des armes. Il resta dans son logement, comme pour un jour de deuil, ordonna à ses officiers d'en faire autant, et accueillit avec joie l'ordre, arrivé quelques jours plus tard, de se rendre en garnison à Versailles et ensuite à Paris. Deux escadrons du 5e de dragons furent alors organisés sur le pied de guerre et prêts à faire partie de l'armée de réserve qui se rassemblait à Dijon. Louis croyait en prendre le commandement, mais ils furent mis sous son lieutenant-colonel et lui-même resta à Paris. Ce fut à cette époque que son frère commença à lui parler de mariage et à le presser d'épouser la fille de Joséphine. Louis, soit qu'il ne voulût faire qu'un mariage d'inclination, soit qu'il crût à une incompatibilité d'humeur et de caractère entre lui et Hortense, refusa. Peut-être aimait-il encore au fond du cœur l'amie de pension de sa sœur. Au retour de sa brillante campagne de Marengo, le premier consul revint à ses idées d'union entre son frère et sa fille d'adoption. Pour éviter toute contrainte à cet égard, Louis demanda et obtint de faire un long voyage sous le prétexte d'assister aux manœuvres de Postdam. Il devait même ensuite compléter ce voyage dans le Nord, en visitant la Saxe, la Pologne, la Russie, la Suède et le Danemark. Lorsque Louis arriva à Berlin, les manœuvres étaient terminées, mais il fut reçu avec tant de bonne grâce par le roi et la reine Louise, qu'il séjourna un mois entier dans la capitale de la Prusse. Il quitta cette ville pour se rendre à Dantzick et de là à Saint-Pétersbourg. À Dantzick, il tomba malade, et comme, pendant les trois semaines qu'il y fut retenu, la guerre éclata de nouveau entre la France et l'Autriche, il se décida à revenir à Paris. Après quelques jours passés à Brunswick où le duc régnant le reçut à merveille, il revint près de son frère. Le premier consul renouvela alors ses instances pour lui faire épouser Hortense. Louis ne pouvait se décidera s'enchaîner aussi jeune (il n'avait que 23 ans). Pour ne pas céder aux sollicitations de Bonaparte et de sa belle-sœur, il fit comprendre son régiment de dragons dans le corps dirigé sur le Portugal. Toutefois, ayant été prendre congé de son frère à la Malmaison, il y fut retenu par lui et par Joséphine pendant près de trois semaines. Un beau jour, il partit brusquement pour Bordeaux et Mont-de-Marsan. Dans cette dernière ville, on le reçut avec de grandes démonstrations, et on lui rendit même, à cause de sa parenté avec le premier consul, de tels honneurs que, fort modeste et très simple de goûts et de manières, il fut choqué de toute la mise en scène dont il se trouvait être l'objet. Le préfet vint le complimenter à la tête des autorités du département et le président du tribunal, vieillard vénérable, commença d'un ton solennel un discours dont les premiers mots étaient: «Jeune et vaillant héros...» Louis ne put en entendre davantage; il sauta en riant sur le discours, l'arracha d'une manière vive mais familière des mains du pauvre président auquel il répondit tout haut: «Je vois que ce discours s'adresse à mon frère, je m'empresserai de lui faire connaître les bons sentiments que vous avez pour lui. Je puis vous assurer qu'il y sera très sensible.»

Louis entra en Espagne à la tête de son régiment (1801), il passa quelques semaines à Salamanque, vint à Ciudad Rodrigo, puis il se rendit avec Leclerc, général en chef de l'armée française, au grand quartier général de l'armée espagnole alliée de la nôtre. Joseph, l'aîné des Bonaparte, négociait alors la paix générale. Il y eut un armistice, le jeune colonel conduisit son régiment à Zamora. Il obtint ensuite un congé pour prendre les eaux de Barèges, que sa jambe malade et un rhumatisme à la main droite rendaient nécessaires à sa santé. Il resta aux eaux les trois mois de juillet, août et septembre 1801, et revint à Paris en octobre, au moment de la signature des préliminaires de paix avec l'Angleterre (traité d'Amiens).

Ni Bonaparte ni Joséphine n'avaient abandonné leurs projets de mariage pour Louis et Hortense. Louis plaisantait parfois de ce projet dont il regardait l'exécution comme impossible, cependant la persistance de son frère et de sa belle-sœur finit par l'emporter. Un soir, pendant un bal à la Malmaison, il donna son consentement et le jour de la cérémonie nuptiale fut fixé au 4 janvier 1802. Le contrat, le mariage civil, le mariage religieux furent hâtés. Tout s'accomplit, mais sous les plus tristes auspices, tant était grand et réel le pressentiment secret des deux époux des malheurs qui devaient découler pour eux d'une union presque forcée et mal assortie. Louis avait 24 ans; sa constitution formée de bonne heure et déjà maladive était en avance sur son esprit, sur son caractère encore plein de naïveté et de bonne foi. C'est de ce moment que date pour lui une sorte de tristesse, de découragement moral qui contribuèrent à empoisonner son existence. Du reste, nous ne pouvons mieux faire pour donner une idée exacte de cette union que de renvoyer le lecteur à ce que le roi Louis, au commencement de son ouvrage sur la Hollande, en dit lui-même.

De 1802 à 1804, Louis resta presque constamment soit à son régiment, soit aux eaux thermales. En 1804, son frère le nomma général de brigade en lui laissant le commandement du 5e de dragons.

Après la proclamation de l'empire (1804), Louis fut promu au grade de général de division et entra en même temps au conseil d'État, à la section de la législation. Le 2 décembre 1804 eurent lieu le sacre et le couronnement, puis le nouveau souverain pressa de tout son pouvoir les préparatifs d'une descente en Angleterre. Louis, devenu prince français, reçut le commandement de la réserve de l'armée composée de deux régiments de cavalerie et de deux divisions d'infanterie. L'empereur le fit colonel général des carabiniers. Il s'établit avec ses troupes près de Lille, et comme il se trouvait à portée des eaux de Saint-Amand, il en profita pour en faire usage, car sa santé devenait de plus en plus mauvaise. Il était presque paralysé des doigts de la main droite, et les eaux de Plombières où il avait été l'année précédente, loin de le soulager, avaient empiré sa situation. Celles de Saint-Amand ne lui réussirent pas mieux.

Quand le projet de descente fut abandonné et la campagne d'Allemagne entreprise (1805), Louis croyait devoir commander le corps de réserve en Allemagne. L'empereur préféra lui confier, en son absence, le commandement de Paris et donner la réserve à Murat devenu maréchal. Pendant toute cette glorieuse campagne et jusqu'à la fin de 1805, Louis resta chargé des importantes fonctions qu'il devait à la confiance de son frère. En même temps son frère Joseph gouvernait la France au nom de l'empereur.