Tout juillet se passa ainsi dans une attente fiévreuse. Un jour une bataille s’engagea en ville entre les Parisiens et des soudards anglo-navarrais que la Commune avait pris à sa solde; ils furent chassés par les Parisiens, mais prirent leur revanche le lendemain en massacrant, dans une embuscade tendue en plaine, une colonne de bourgeois sortie de Paris pour aller les combattre.
Acculé aux dernières extrémités, le prévôt des marchands, qui sentait les Parisiens lui échapper et se détacher de la cause communale, ne se voyait plus qu’une ressource, se mettre complètement entre les mains de Charles le Mauvais et y mettre Paris avec lui. Mais il fallait se livrer complètement et supprimer tout ce qui pouvait être hostile ou faire obstacle au roi de Navarre.
L’accord dut se faire entre ces hommes dans une situation désespérée et Charles le Mauvais, qui n’attendait que ce moment et comptait, appuyé sur Paris, se faire régent du royaume et peut-être roi.
Ce qui est certain, c’est que, instruits de l’accord conclu, des partisans de la cause royale, enfermés dans Paris, et des bourgeois clairvoyants détachés de la cause de Marcel, risquèrent aussi le tout pour le tout, afin d’empêcher le prévôt de livrer la ville aux Anglo-Navarrais.
Le 31 juillet 1358 le prévôt des marchands, accompagné de gens bien à lui, fit une tournée aux portes de la ville, afin de tout préparer pour l’exécution du complot et d’assurer la remise de ces portes aux gens du roi de Navarre. Les soupçons s’élevaient déjà contre lui, les capitaines des portes Saint-Denis et Saint-Martin refusèrent énergiquement de livrer les clefs des postes qu’ils avaient en garde à Josseran de Mâcon, trésorier du roi de Navarre, et Marcel repoussé dut continuer son tour des remparts.
Pendant ce temps, l’échevin Jean Maillart, quartenier du quartier Saint-Denis, naguère ami et compagnon de Marcel récemment brouillé avec lui, et qui suivait de près les agissements du prévôt, comprenant que le moment d’en finir était venu, monta à cheval avec son frère Simon, avec deux gentilshommes du parti du Dauphin, Pépin des Essarts et Jean de Charny, et quelques gens résolus pour essayer d’émouvoir le peuple en faveur de la Cause royale.
Cette troupe marchant la bannière de France déployée, en criant: Montjoie Saint-Denis, au roi et au duc! se grossissait du peuple soulevé par les discours de Maillart annonçant à tous que le prévôt voulait livrer la ville aux Anglais et aux Navarrais.
La nuit était venue pendant la course de Marcel de porte en porte et ses négociations avec les chefs de poste; il était déjà tard lorsque Jean Maillart et sa troupe accourant des Halles ameutées débouchèrent à la porte Saint-Antoine. Le temps pressait, au même moment Etienne Marcel en obtenait les clefs du chef de poste. Jean Maillart aborda résolument Marcel; après un court colloque entre les deux anciens compères et une violente querelle entre les gens de Marcel et les survenants, les épées se mirent de la partie. La lutte ne fut pas longue quoique Marcel «qui était fort armé et avait le bassinet en tête», disent les chroniqueurs, se défendit fortement, mais Maillart ou Jean de Charny, d’un coup de hache sur la tête, l’abattit sur les corps de quelques-uns des siens tués en même temps.
Le peuple accourait de tous les côtés à la porte Saint-Antoine acclamant les auteurs de cette contre-révolution si audacieusement et si rapidement opérée. Le lendemain, Maillart rassembla les Parisiens aux Halles, harangua le populaire retourné complètement par la nouvelle de la trahison tramée par son ancienne idole Etienne Marcel. On courait sus aux anciens chefs de la Commune, Charles Toussac et les autres échevins; ils étaient emprisonnés ou massacrés par ceux qui naguère les suivaient.
Les corps d’Etienne Marcel et de ceux qui avaient péri furent portés à Sainte-Catherine du Val des Ecoliers et jetés nus sur le préau, là même où peu de mois auparavant ils avaient fait jeter les corps des maréchaux de Champagne et de Normandie massacrés au Palais.