L’ancien bibliothécaire dom Poirier, le dernier moine resté à l’abbaye par dévouement à ses livres, put à peine, sous les flammes ou sous les torrents d’eau des pompes, à force d’efforts d’abord, et de soins ensuite, sauver une partie des manuscrits.
Peu après ce lamentable désastre, la destruction de la bibliothèque après le pillage du trésor, s’achevèrent les destins de l’abbaye. Les ruines du réfectoire, les bâtiments subsistants, le dortoir, la chapelle de la Vierge furent abattus et après treize siècles d’existence glorieuse, l’abbaye fondée par Childebert disparut. L’église seule en est conservée ainsi qu’une partie du palais abbatial construit par ce cardinal de Bourbon abbé de Saint-Germain, qui fut le roi de la Ligue sous le nom de Charles X, après l’assassinat d’Henri III. Le palais abbatial est une propriété particulière, la rue de l’Abbaye actuelle, tracée à travers le cloître, y vient aboutir; les maisons du côté nord occupent la place du réfectoire et de la belle chapelle de la Vierge de Pierre de Montereau.
L’abbaye au temps de sa splendeur, en possession de biens considérables, avec haute et basse justice, droits importants et nombreux, tant sur la rivière que sur les métiers et les marchés installés sur son territoire, vit bientôt une petite ville se former autour de ses murailles. C’était le faubourg Saint-Germain qui naissait, commençant par quelques rues sur le revers du fossé, entre la porte de Nesle et la porte de Bucy, et se poursuivant bientôt jusqu’à la rue qui menait au village de Vaugirard.
Reportons-nous à l’époque des prospérités de l’abbaye. Un gros sujet de tracas pour les moines, ce sont messieurs les escholiers ses voisins. L’Université et les abbés vivent en luttes perpétuelles. Les écoles prétendent avoir des droits sur les prairies, cadre verdoyant de l’abbaye du côté de la Seine; elles ne se contentent pas du grand Pré aux Clercs à elles octroyé par une ancienne concession, elles veulent aussi le petit que les moines prétendent garder.
Fort souvent des rixes éclatent entre ces turbulents écoliers et les sergents de l’abbaye soutenus par les habitants du bourg Saint-Germain, et les écoliers ont parfois le dessous. L’Université, qui défend énergiquement ses enfants, même quand ils ont tort, intervient alors.
L’EXPLOSION DE L’ABBAYE DE SAINT-GERMAIN, DESTRUCTION DU RÉFECTOIRE
Pour des querelles tournées en batailles, pour des délits quelconques, pêche dans les eaux de la petite Seine dont le poisson appartient aux moines et que par conséquent les écoliers aiment à capturer, pour des déprédations commises, bien des écoliers font connaissance avec la geôle de l’abbaye ou vont même figurer au pilori des seigneurs abbés, tourelle de justice élevée au milieu du carrefour, devant le guichet de l’abbaye. Grande rumeur alors au pays des collèges; on s’attroupe devant la justice de l’abbaye, on montre son mécontentement par des cris et des grognements et on console les patients. C’est Jehan le Picard, étudiant du collège de Beauvais, bien connu ès tavernes de la rue Saint-Jacques qui, la tête passée dans un cercle de bois, tourne en montrant sa grimace à chaque ouverture du pilori. C’est le grand Pierret Guillot du collège de Karembert, coureur de mauvais lieux, faible latiniste, mais bon larron; celui-ci tire son pain d’une bourse fondée par quelque pieux abbé qui n’a pas songé à la soif, et pour boire il détrousse le soir les passants attardés...
Les délits reprochés à ces malandrins saisis sur les terres de l’abbaye sont avérés; n’importe, grande colère et réclamations de l’Université, qui prétend être seule justicière des écoliers.
Cette lutte entre les droits de l’abbaye et les prérogatives de l’Université donna lieu parfois à de véritables combats. En 1278, les moines ayant commencé quelques constructions sur le petit Pré aux Clercs, les écoliers s’en offusquent et résolument s’en viennent les démolir; le tocsin de Saint-Germain sonne alors, appelant à la rescousse les gens de l’abbaye; ils accourent et il y a sur le terrain en litige bataille rangée, un rude combat où les flèches sifflent parmi les volées de pierre; les étudiants en déroute doivent quitter la place, laissant sur le terrain des morts et des blessés ainsi que des prisonniers.