Cette église primitive, les Normands en 886 la détruisirent et firent de ses ruines le centre de leur camp retranché de ce côté de Paris, de même qu’ils s’installèrent sur l’autre rive parmi les ruines de Saint-Germain des Prés. Rebâtie par le roi Robert, l’église, pour n’être pas confondue avec Saint-Germain le Vieux et Saint-Germain des Prés, fut appelée Saint-Germain l’Auxerrois en souvenir du séjour à Paris de l’évêque d’Auxerre.

Dans la grande poussée de la période ogivale, on la reconstruisit entièrement. La caractéristique de Saint-Germain l’Auxerrois, ce qui lui donne cet aspect si pittoresque, ce bel agencement de lignes, c’est, en avant-corps sous le grand pignon, un large porche du XVᵉ siècle flanqué de deux jolis pavillons à combles d’ardoises réunis par la terrasse à balustrade qui couronne cinq grandes arcades de hauteurs et de formes variées.

La place en avant de ce porche, c’est le Cloître, non pas le préau à arcades des monastères, mais un terrain appartenant à l’église, une espèce de cour irrégulière, fermée de portes et entourée des maisons habitées par les chanoines ou louées par le chapitre. Le porche et les portes qu’il abrite, tout est sculpté, ciselé, fleuri, décoré de rangées de figures sous les voussures, de statues sous des niches, de figurines accrochées aux saillies.

De chaque côté des portes centrales de ce porche, les deux pavillons à comble ardoisé renferment chacun une belle chambre éclairée par des fenêtres jumelles. Le trésor et les archives de l’église y sont gardés dans de grandes armoires de chêne à panneaux sculptés. L’une de ces chambres est encore intacte aujourd’hui dans ses dispositions anciennes et dans son mobilier.

Les années des troubles de la Ligue vont remplir cette place du cloître des clameurs et du fracas de la guerre civile. Le signal d’ailleurs est parti des clochers de l’église; le soir du 24 août, la reine Catherine, toutes dispositions prises, et impatientée de ne rien entendre encore, fit sonner la grosse cloche à laquelle répondit aussitôt celle du palais de justice, jetant par leur grosse voix l’ordre aux massacreurs de commencer la besogne. Trois jours auparavant, Coligny, longeant le cloître en sortant du Louvre pour regagner son hôtel de la rue de Béthisy, avait reçu l’arquebusade de Maurevert, à l’affût dans une maison de la rue des Fossés-Saint-Germain-l’Auxerrois.

Aux journées des Barricades, en mai 1588, quand le roi essaie son coup de force contre Guise et la Ligue, «en moins de rien, disent les Mémoires de l’Estoile, chacun prend les armes, tend les chaînes et fait barricade au coin des rues, l’artisan quitte ses outils, le marchand ses trafics, l’Université ses livres, les procureurs leurs sacs, les avocats leurs cornettes, les présidents et les conseillers mêmes mettent la main aux hallebardes». Et tout de suite le quartier de Saint-Germain-l’Auxerrois est soulevé et barricadé, sous la direction d’un «coquin de tavernier, nommé Perrichon, qui depuis fut pendu par ses compagnons». Les Ligueurs entassant barricades après barricades de ce côté, bloquent le Louvre pendant que les soldats de Guise, avec une troupe de sept à huit cents écoliers et quatre cents moines sortis de tous les couvents, se préparent à marcher pour y forcer le roi.

Mais les tumultes ont passé, les farouches prédicateurs de la Ligue se sont tus, les pavés sont remis en place et les hallebardes aux râteliers, le Béarnais au Louvre est le premier paroissien de Saint-Germain. Il traverse quelquefois le cloître pour aller à la messe ou pour voir la belle Gabrielle dans la maison dite du Doyenné occupée par sa tante Mᵐᵉ de Sourdis,—une des maisons du cloître, où Gabrielle reçut souvent le Vert-Galant, qu’elle comptait bien avant peu aller rejoindre de l’autre côté de la rue du Louvre, comme épouse et reine. Ce fut là aussi que Gabrielle, saisie d’un mal soudain après un repas chez Zamet, se fit transporter mourante.

Peu d’années après, Saint-Germain voit un autre cadavre lui arriver, ce n’est plus une favorite, c’est un favori, celui de Marie de Médicis, veuve d’Henri IV, Concini, le maréchal d’Ancre, maître détesté, dont Luynes, Vitry et quelques conspirateurs débarrassent le jeune Louis XIII, d’un coup de pistolet tiré sur le pont-levis du Louvre; on l’a inhumé secrètement dans un caveau sous les orgues, mais la populace avertie vint l’y déterrer, pour s’en aller le brûler sur le Pont-Neuf devant la statue du bon roi.

Saint-Germain, paroisse du Louvre, possédait les sépultures de nombreux personnages de la cour, chanceliers, secrétaires d’État, grands officiers de la couronne et aussi celles des artistes gratifiés par le roi d’un logement dans les galeries du Louvre. On y voyait même la tombe d’un fonctionnaire d’un autre ordre, d’un fou de Charles V auquel le roi avait fait l’honneur d’une tombe de marbre noir sur laquelle était couchée sa statue revêtue des insignes de sa charge et marotte en main.

Dans ce quartier du Louvre, il y a Saint-Honoré, église collégiale aussi, mais moins importante, enfermée au milieu de son carré de maisons canoniales; Saint-Nicolas, proche la chapelle des Bons-Enfants-Saint-Honoré, collège d’étudiants mendiants; Saint-Thomas, entre le Louvre et la tour du Bois, autre petite collégiale dont la voûte, s’écroulant en 1739, écrasa plusieurs chanoines...