Le 13 octobre 1307 l’affaire éclata. A la même heure, les instructions cachetées envoyées par tout le royaume furent ouvertes, et toutes les commanderies immédiatement investies.
A Paris, Guillaume de Nogaret, l’homme du coup de main d’Anagni, se présenta dès l’aube à la grand’porte du Temple et s’en saisit au nom du roi. La porte prise, ses soldats se glissèrent rapidement dans tout le Temple et mirent la main sur tous les chevaliers qui s’y trouvaient.
Par toute la France le même coup réussissait de la même façon, à la même heure les chevaliers trouvés dans les manoirs surpris allaient s’entasser dans les prisons. Le long et terrible procès commença, mené de parlement en concile, avec le roi et le pape pour grands juges et pour bourreaux. On sait comment, sur quelques particularités assez étranges de l’affiliation à l’Ordre, sur quelques rites mystérieux, fut appuyée l’accusation d’hérésie et comment, à la plupart des chevaliers, la torture arracha tous les aveux que l’on souhaitait pour la perte de l’ordre. Ceux qui avouèrent des crimes imaginaires eurent la vie sauve, ceux qui s’obstinèrent ou se rétractèrent périrent par le feu.
A Paris cinquante-quatre Templiers furent brûlés en 1310 dans un champ devant l’abbaye de Saint-Antoine, et le 11 mars 1314, dans l’île de Bussy, formant l’extrême pointe de la Cité et rattachée aujourd’hui à la grande île par le Pont-Neuf,—c’est-à-dire à la place où se dresse aujourd’hui la statue d’Henri IV,—un bûcher, vu de tout Paris réuni sur les rives, s’éleva pour le grand maître de l’ordre, Jacques Molay, et Guy, maître de Normandie, qui, le même jour sur le parvis Notre-Dame, avaient rétracté tous leurs aveux. Ces deux grandes victimes montèrent au bûcher avec une fermeté qui frappa la multitude d’admiration et de stupeur; la légende veut qu’enveloppés dans la flamme, ils interpellèrent ce roi qu’ils voyaient assister à leur supplice de son jardin du Palais et l’ajournèrent à comparaître devant Dieu quarante jours après eux et le pape un an après.
Les Templiers morts, leur trésor entré dans les coffres royaux, leurs biens confisqués, la grande commanderie du Temple échappa au roi et fut transférée par le pape à l’ordre des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem, qui devint plus tard l’ordre de Malte. Le Temple aux chevaliers de Malte, rien ne changea dans l’enclos, le palais du grand maître devint le palais du grand prieur, la population augmenta. La grosse tour cependant fut quelquefois prison d’État. Enguerrand de Marigny, financier de Philippe le Bel et de Louis X, y fut enfermé avant d’aller mourir à Montfaucon. C’est dans la forteresse du Temple que Duguesclin réunit autour des tables d’un banquet les chefs des Grandes Compagnies et traita avec eux pour les entraîner en Espagne et en débarrasser la France.
Malgré la force du Temple et son importance, il ne joua aucun rôle dans les guerres contre l’Anglais ou dans les luttes entre Bourguignons et Armagnacs; il n’y a point de faits notables dans son histoire aux siècles troublés qui suivirent, il semble pour ainsi dire qu’il resta terrain neutre constamment.
La Ville neuve du Temple prospère; des maisons, des hôtels se sont construits dans l’immense enclos. Il y a quelque raison à cela, c’est un lieu de franchise, exempté de certains impôts; le commerce et l’industrie sont libres sur son territoire et ne connaissent point les restrictions, les entraves des maîtrises et des corporations. Ces lieux de franchise sont nombreux à Paris; si les corporations, par les barrières qu’elles élevaient devant la maîtrise, maintenaient la valeur de l’enseignement professionnel et garantissaient, pour ainsi dire, la bonne main-d’œuvre, le produit de bon aloi, il fallait bien à côté d’elles une porte ouverte aux industriels qui n’avaient pu franchir régulièrement les degrés corporatifs ou acheter une maîtrise. Le Temple, la Commanderie de Saint-Jean de Latran, l’enclos des Quinze-Vingts et bien d’autres petites enceintes privilégiées étaient donc ouverts en franchise à tous artisans. On y travaillait librement, les produits pouvaient être inférieurs, mais comme ils se vendaient à meilleur marché, la clientèle du dehors ne manquait pas; ainsi le grand marché de nos jours ne fait que continuer la tradition. Autre privilège du Temple, les débiteurs insolvables réfugiés dans l’enclos y étaient garantis contre toute poursuite.
Au XVIIᵉ siècle, les édifices du Temple, on le voit par les estampes, ont un certain aspect de ruine, par suite de manque d’entretien, sans doute, plutôt que par l’âge. C’est, depuis l’établissement de l’enceinte de Charles V, une petite ville enfermée dans la grande, une petite ville avec sa campagne, sa ferme, ses jardins maraîchers, contenus dans le grand carré de murs crénelés. Devant l’église et les bâtiments des charniers, on dirait une place de village avec son abreuvoir au milieu, et ses terrains coupés de fondrières, les massifs d’arbres entourant de vieilles constructions et les jardins seigneuriaux, à l’arrière-plan sous le grand donjon.
Des maisons, des petits hôtels, y sont loués à des gens de cour de petite fortune, dames veuves, abbés de petit revenu qui viennent chercher la tranquillité dans cette enceinte éloignée du bruit et du mouvement. A côté de cette aristocratie que les carrosses des nobles habitants du quartier du Marais viennent visiter, la population industrielle continue à vivre libre d’impôts et d’entraves corporatives; elle fait un commerce considérable. Avec les débiteurs insolvables qui passent la porte du Temple comme on franchit aujourd’hui la frontière de Belgique, mais qui peuvent circuler dans Paris le dimanche sans crainte des recors, il y a plus de 4,000 âmes dans cette petite ville.
Le palais du grand prieur, reconstruit au XVIIᵉ siècle, au fond d’une cour bordée de charmilles en hémicycle, avec un grand portail à colonnade sur la rue du Temple, fut occupé vers la fin du règne de Louis XIV par un grand prieur épicurien, Philippe de Vendôme, petit-fils d’Henri IV, et ce grand prieur, pendant la régence, trouva le moyen, dans les petits soupers de son prieuré, de scandaliser le Paris de cette folle époque. Le Temple fut alors aussi licencieux que le Palais-Royal. Les nouveaux Templiers y buvaient au moins aussi bien que les anciens, ils chantaient avec Chaulieu, abondant en vers anacréontiques. Quand le XVIIIᵉ siècle arrive à sa fin, le Temple est complètement noyé dans Paris, qui déborde en faubourgs de l’autre côté des boulevards.