L'ouvrage se compose de quatre parties, divisées elles-mêmes en livres:
La première partie traite des Dogmes et de la doctrine;
La seconde développe la Poétique du Christianisme;
La troisième continue l'examen des Beaux-Arts et de la Littérature dans leur rapport avec la Religion;
La quatrième traite du Culte, c'est-à-dire de tout ce qui concerne les cérémonies de l'Église et de tout ce qui regarde le Clergé séculier et régulier.
La première et la dernière partie se divisent chacune en six livres; la deuxième et la troisième, qui se tiennent, formaient aussi six livres chacune, dans le premier plan, lorsque Atala et René, que l'auteur en a depuis détachés, y étaient compris.
L'ordonnance extérieure du monument a donc une certaine régularité, une symétrie satisfaisante à l'œil. S'il y a à dire, c'est plutôt à l'esprit d'unité intérieure et à l'enchaînement des idées.
Dans son premier chapitre, l'auteur définit très-bien le genre d'apologie qu'il entreprend. L'Église, dans sa longue carrière, a subi diverses sortes de persécutions et essuyé bien des guerres: dans les siècles de sa formation, sous Julien, «elle fut exposée à une persécution du caractère le plus dangereux. On n'employa pas la violence contre les chrétiens, mais on leur prodigua le mépris. On commença par dépouiller les autels; on défendit ensuite aux fidèles d'enseigner et d'étudier les Lettres... Les sophistes dont Julien était environné se déchaînèrent contre le christianisme.» Dans les temps modernes, au lendemain de Bossuet, «tandis que l'Église triomphait encore, déjà Voltaire faisait renaître la persécution de Julien. Il eut l'art funeste, chez un peuple capricieux et aimable, de rendre l'incrédulité à la mode. Il enrôla tous les amours-propres dans cette ligue insensée; la religion fut attaquée avec toutes les armes, depuis le pamphlet jusqu'à l'in-folio, depuis l'épigramme jusqu'au sophisme..... Ainsi cette fatalité, qui avait fait triompher les sophistes sous Julien, se déclara pour eux dans notre siècle. Les défenseurs des chrétiens tombèrent dans une faute qui les avait déjà perdus: ils ne s'aperçurent pas qu'il ne s'agissait plus de discuter tel ou tel dogme, puisqu'on rejetait absolument les bases... Il fallait prendre la route contraire.
XXIX
Son ami, M. Joubert, écrivait ses conseils à sa confidente, madame de Beaumont.