Les dangers que courrait la succession protestante en Angleterre si Élisabeth, qui avançait en âge et qui n'avait jamais voulu partager le trône avec un époux, venait à mourir avant Marie Stuart, paraissent avoir décidé son conseil au crime d'État que cette reine s'était refusée jusque-là à accomplir. Nul ne doutait de la conspiration permanente de la reine d'Écosse avec les princes catholiques étrangers et avec le parti catholique en Écosse et en Angleterre; cette conspiration, qui était le droit d'une reine captive, ne pouvait paraître un crime qu'aux yeux de ses geôliers et de ses persécuteurs. Ce crime n'avait pas paru suffisant jusque-là à Élisabeth et à ses plus honnêtes conseillers pour faire le procès à la reine d'Écosse. Il en fallait un plus flagrant et plus odieux pour soulever l'indignation de l'Angleterre et pour justifier le meurtre en Europe. La témérité sans scrupules de Marie Stuart et peut-être l'astuce de ses ennemis dans le conseil en fournirent l'occasion à Élisabeth.
Marie Stuart ne cessait pas de nouer et de renouer les fils des trames innombrables qui se rattachaient en elle à la cause catholique. Ses correspondances, aussi ardentes que ses soupirs, agitaient l'Écosse, l'Angleterre, le continent. Malgré son âge, sa beauté ineffaçable, sa grâce, sa séduction, son rang, son génie lui attiraient de nouveaux serviteurs dont le culte se confondait pour elle avec l'amour.
Un jeune homme du comté de Derby, nommé Babington, élevé chez le comte de Schrewsbury, où il avait connu la reine pendant qu'elle y était prisonnière, avait résolu de la servir et de la sauver. Babington avait passé sur le continent, il était à Paris l'intermédiaire des correspondances que la reine entretenait avec la France, l'Espagne, dans l'intérêt de sa délivrance et de sa restauration. La mort d'Élisabeth était le préliminaire de ce plan. Deux jésuites de Reims, nommés Allen et Ballard, ne reculèrent pas devant ce régicide; Ballard vint à Londres, chercha Babington qui y était revenu, l'embaucha pour le salut de la reine d'Écosse et embaucha par lui une poignée de conspirateurs catholiques, prêts à tout pour le triomphe de la religion. Le principal conseiller et ministre d'Élisabeth, Walsingham, avait des hommes à lui parmi ces conjurés. Un de ces espions, nommé Giffard, dont le dévouement paraissait au-dessus du soupçon à l'ambassade de France, dépôt des correspondances, recevait les lettres, feignait de les faire parvenir à leurs adresses, mais les portait préalablement à Walsingham. Ces lettres attestent quelque hésitation des conjurés sur la légitimité de l'assassinat d'Élisabeth; puis une résolution plus décidée du meurtre, d'après la consultation du père Ballard, le jésuite de Reims. Une de ces lettres, signée de Babington, disait textuellement à Marie Stuart:
«Très-chère souveraine, moy mesme avec dix gentilz hommes et cent aultres de nostre compaignie et suitte, entreprendrons la délivrance de vostre personne royalle des mains de vos ennemys.»
Marie Stuart répondait, après des remercîments et des conseils de prudence, par cette lettre qui ne laisse aucun doute sur sa participation de cœur à l'assassinat d'Élisabeth:
Nous n'en citerons que le passage sinistre relatif aux six gentilshommes chargés d'exécuter, à Londres, l'acte préliminaire de la révolution:
«..... Ces choses estant ainsy préparées, et les forces, tant dedans que dehors le royaulme toutes prestes, il fauldra alors mettre les six gentilshommes en besoigne, et donner ordre que leur desseing estant effectué, je puisse quant et quant estre tirée hors d'icy, et que toutes vos forces soyent en ung mesmes temps en campaigne pour me recevoir pendant qu'on attendra le secours estranger, qu'il fauldra alors haster en toute diligence......
Un plan détaillé de délivrance pour elle suivait cette approbation donnée si explicitement au plan du régicide sur Élisabeth.
Ces lettres remises par Giffard au conseil de cette princesse, Ballard et Babington furent arrêtés par Walsingham. Les six conjurés ne pouvaient nier le complot, car ils s'étaient fait peindre tous les six dans un tableau régicide avec cette devise écrite au bas de leurs portraits: «Nos périls communs sont le nœud de notre amitié!» Ils furent jugés et exécutés le 20 septembre avec Ballard et Babington.