L'instruction est son domaine particulier. Il ne consent à laisser restaurer le presbytère délabré de Waldersbach — sa “ratière” — que quand maîtres et élèves sont confortablement logés dans l'école communale. Conformément aux idées de Rousseau, il s'ingénie à multiplier les “leçons de choses,” stimule l'émulation autant parmi les maîtres que parmi les élèves au moyen de concours et de récompenses. Des écoles populaires — on les intitule “poëles à tricoter” — sont créées pour les tout petits : entre la couture et le tricot les maîtresses y enseignent l'histoire sainte, la récitation, le calcul mental, un peu d'histoire naturelle et la botanique. Lui-même prend plaisir à composer des herbiers qui nous ont été conservés, et, “pour éviter toute cruauté,” on observe les insectes vivants et on les relâche à la fin de la leçon.
Des familles bourgeoises mettent leurs enfants en pension chez le pasteur. Moyennant neuf francs par semaine — et souvent il y a des réductions! — ils reçoivent une instruction étendue et pratique. En même temps qu'on leur fait étudier les meilleurs auteurs, ils apprennent à faire du filet, des lacets, des souliers de lisière, des cartonnages, des ouvrages en crin et en paille, des gants, des mitaines. Les jeunes filles reçoivent un enseignement ménager complet : elles s'en retournent chez elles sachant cuisiner, lessiver, repasser, filer, faire leurs achats de ménage et conserver leurs provisions.
Le jeu n'est pas moins nécessaire que la science. Oberlin s'y montre aussi inventif qu'en pédagogie ; une multitude d'objets, — petits étuis, collections de cartonnages, découpages, silhouettes, imprimerie — sont façonnés de ses mains. Souvent en été la journée de travail se termine par une promenade qui est en même temps l'occasion d'une leçon d'astronomie.
Ayant une teinture de tout ce qui s'enseigne, langues mortes, sciences théologiques, métaphysique, logique, géométrie, trigonométrie, géographie ancienne et moderne, histoire universelle, physique, histoire naturelle, histoire de la philosophie, droit naturel, antiquités égyptiennes, hébraïques, grecques et romaines, le bon pasteur est aussi préoccupé des besoins du corps que de ceux de l'esprit. Il propage des notions de médecine et de chirurgie, invente un “thé naturel” et plusieurs tisanes. Et comme l'instrument de Pourceaugnac est encore inconnu au Ban-de-la-Roche, il l'y importe ; et c'est de ses propres mains que, jusqu'à ce que son usage soit vulgarisé, il l'administre à ses paroissiens.
La période révolutionnaire n'est pas sans lui amener quelques difficultés. Enthousiaste des nouveaux principes, il abhorre les excès et les violences, les déplore quand ils se produisent et témoigne de sa sincérité en donnant asile à des proscrits. Mais, respectueux des autorités, il s'efforce autant qu'il lui est possible de se mettre en règle avec les prescriptions nouvelles. Au nom d'église, il substitue celui de “temple de la raison,” observe le décadi au lieu du dimanche, célèbre le culte sous le nom de “club,” intercale des sujets temporels entre les chants, les prières et le sermon, et achève de républicaniser l'allure de ses offices en se faisant adjoindre un citoyen greffier et en nommant un président à chaque séance. L'usage des cloches étant interdit, on appelle au culte par un roulement de tambour. Des prières sont dites régulièrement pour les États-Généraux, l'Assemblée législative, la Convention nationale, pour “nos soldats” et pour le Premier Consul.
Quand la patrie est en danger, Oberlin lui donne plusieurs de ses enfants. En 1795, Charles-Conservé est nommé chirurgien militaire à Strasbourg ; Henri-Gottfried part comme conscrit le 26 novembre 1799 ; Frédéric-Jérémie est tué à l'ennemi.
L'ardeur de ses convictions, la pureté de sa conduite n'empêchent pas Oberlin d'être arrêté en décembre 1793. Il est remis en liberté après le 9 Thermidor. A peine libéré, il témoigne de son zèle civique de la manière la plus utile en luttant contre la dépréciation des assignats qui menace de ruiner la République. Sa propagande judicieuse et infatigable vaut aux habitants du Ban-de-la-Roche de se voir décerner une mention honorable par la Convention dans sa séance du 19 Frimaire An II.
On multiplierait indéfiniment les témoignages de cette activité où tout l'idéalisme alsacien se combine avec le sens pratique le plus avisé. L'influence d'Oberlin s'étendait et s'affermissait sur tous ceux qui l'approchaient. Avant la Révolution le baron de Diétrich, sous l'Empire le préfet Lezay-Marnézia sollicitaient ses conseils ; Paul Merlin, fils du conventionnel Merlin de Thionville, lui voua une telle admiration que son vœu suprême — d'ailleurs exaucé — fut d'être enterré auprès de lui.
A mesure qu'il avançait en âge, son autorité croissait comme celle d'un patriarche à cheveux blancs : “Sa vue seule, dit un contemporain, inspirait le respect et la déférence. Sa présence, un moment d'entretien avec lui vous détachait en quelque sorte des choses de ce monde : vous éprouviez des sentiments délicieux.”
Il garda jusqu'au bout son activité. A soixante-dix ans, quand un incendie éclatait, il était le premier sur les lieux : et c'était plaisir de le voir s'élancer à cheval avec un aplomb que plus d'un jeune cavalier lui eût envié.