Cependant, il paraît avoir hésité longtemps avant de prendre le parti de rester définitivement à Rome. Sa réputation, répandue en Allemagne, lui attirait, de temps en temps, des propositions faites pour le tenter. Plusieurs États allemands auraient voulu posséder Winckelmann et le mettre à la tête de leurs musées et de leurs bibliothèques. Le roi de Prusse, Frédéric II, aussi jaloux de conquérir les hommes illustres que les provinces voisines de ses États, fit les plus grands efforts pour l'attirer à Berlin. En novembre 1765, il lui offrit par un envoyé spécial, le colonel Quintus Icilius[577], la place de bibliothécaire et de directeur de son cabinet de médailles et d'antiquités, vacante par la mort de M. Gautier de la Croze, avec une pension extraordinaire. Winckelmann avait d'abord accepté cette proposition, et fait connaître sa détermination à Berlin et à Rome: mais une difficulté qu'il n'explique pas s'étant présentée, on lui témoigna, au Vatican, beaucoup plus d'égards qu'il n'avait osé espérer. Le Pape lui fit même faire sous main, pour le retenir, des offres avantageuses, et le cardinal Stoppani, qui avait beaucoup d'amitié pour lui, y ajouta une pension particulière de ses propres fonds, de manière qu'il résolut définitivement de rester à Rome. «Il se trouvait trop vieux et craignait de se sentir trop étranger à Berlin; d'ailleurs, il était plus content à Rome, en faisant lui-même son lit, que d'être décoré du titre de conseiller privé, et d'avoir deux laquais pour le suivre[578].»
Bien qu'il eût refusé d'aller vivre à Berlin, Winckelmann n'avait pas renoncé au plaisir de revoir la Saxe, Dresde et Nöthenitz en particulier. Au mois de février 1768, il croyait pouvoir annoncer à Franken l'époque où il comptait aller le «surprendre un beau matin.» Il avait même informé de son départ le prince d'Anhalt-Dessau, qu'il devait également visiter. Mais il fut obligé de retirer sa parole, ayant été forcé de rester à Rome pour le passage du grand-duc et de la grande-duchesse de Toscane, qui retournaient dans leurs États, après avoir conduit à Naples la future reine des Deux-Siciles. Il commençait donc à craindre de ne jamais revoir sa patrie; d'autant plus qu'il lui serait difficile de quitter, pour une année qu'exigeait ce voyage, son maître et éternel ami, le cardinal Albani, au grand âge qu'il avait. En outre, on prévoyait la mort du pape Benoît XIV, et comme tous les vœux paraissaient se réunir en faveur du cardinal Stoppani, bienfaiteur de notre savant, il ne pouvait pas s'éloigner de Rome sans porter préjudice à ses intérêts[579].
Cependant, vers la fin de mars 1768, Winckelmann changea encore de résolution: mettant de côté tous les obstacles qui s'opposaient à son voyage, il écrivit à Franken pour lui annoncer sa prochaine arrivée à Nöthenitz; il comptait partir au commencement d'avril, suivant la permission qu'il en avait obtenue de son maître et du Pape. Il se proposait de presser sa marche jusqu'à sa première étape, qui serait chez le prince d'Anhalt-Dessau: il avait l'intention de ne passer qu'en courant par Dresde, pour se rendre à Dessau, où il devait attendre son ami Stosch, afin de gagner Brunswick, où il était attendu par le prince héréditaire; il se proposait ensuite de pousser jusqu'à Berlin. Son âme n'avait jamais été plus satisfaite qu'en annonçant à son ami sa prochaine arrivée[580].
Winckelmann quitta Rome, qu'il ne devait plus revoir, le 10 avril 1768, accompagné du sculpteur Cavaceppi, qui entreprenait ce voyage, tant par amitié pour lui, qu'afin de rétablir sa santé. Il prit la route du Tyrol, qui l'avait amené à Rome douze années auparavant. Mais, en s'éloignant de cette patrie d'adoption, ses idées devenaient sombres, et il cédait comme à un accès de noire mélancolie. Il paraissait hésiter à continuer son voyage, et parlait de revenir.—«Torniamo a Roma.» Retournons à Rome, répétait-il à son compagnon de route, qui nous a conservé un journal de ce voyage, depuis leur départ de Rome, jusqu'au moment où ils se séparèrent à Vienne[581].
La réception enthousiaste qui lui fut faite à Munich, ainsi que dans la capitale de l'Autriche, les honneurs dont il fut entouré, ne purent triompher de sa tristesse. Ses pensées se reportaient constamment vers Rome, où il avait joui pendant si longtemps d'une félicité parfaite: agité par un secret pressentiment, il craignait de ne plus revoir cette ville. Cavaceppi raconte, que le prince de Kaunitz ayant, adressé à Winckelmann les paroles les plus affectueuses, pour le dissuader de retourner en Italie, ces instances ne servirent qu'à le confirmer dans sa résolution.—«Nous ne voulûmes plus lui en parler davantage, dit-il, ayant remarqué qu'il avait les yeux d'un mort.» Il fut donc décidé qu'il renoncerait à Dresde, Berlin et Hanovre, et, qu'après un court séjour à Vienne, il serait libre de repartir pour l'Italie. Rassuré par cette détermination, qui comblait ses vœux les plus ardents, il mit à profit le temps qu'il dut passer à Vienne, pour examiner la bibliothèque et la galerie impériale, celle du prince de Lichtenstein, et d'autres collections particulières. Il revit avec soin le manuscrit de la seconde édition de son Histoire de l'art, qu'il préparait depuis longtemps, et s'occupa de la traduction française, qui devait paraître en même temps que le texte.
Enfin, comblé d'honneurs et de présents, il se hâta de se remettre en route pour sa patrie de prédilection. Il avait eu d'abord l'intention de se diriger sur Venise par la Carniole, mais il changea son itinéraire, et résolut de rentrer en Italie par Trieste. Il y arriva dans les premiers jours de juin 1768.
À peu de distance de cette ville, voyageant à petites journées, selon l'usage de ce temps, il avait rencontré un Italien, qui n'eut pas de peine à découvrir son faible: affectant lui-même un grand amour pour les antiquités, il arracha bientôt au trop confiant voyageur l'énumération des riches et nombreux cadeaux qu'il avait reçus, ainsi que des monnaies et médailles en or et en argent, qu'il remportait en Italie. Ce misérable, nommé Francesco Archangeli, était un repris de justice, condamné à mort précédemment pour ses méfaits, mais dont la peine avait été commuée en celle du bannissement perpétuel. En arrivant à Trieste, il était déjà dans la confiance de Winckelmann, qui lui montra, sans aucun soupçon, ses médailles et autres objets précieux.
Notre antiquaire voulait s'embarquer à Trieste pour Ancône, et, en attendant le vaisseau sur lequel il devait traverser l'Adriatique, il occupait ses loisirs, dans l'hôtellerie où il était descendu, à relire son vieil Homère, le seul livre qu'il eût emporté avec lui. Dans ses moments de méditation et de repos, il s'amusait à jouer avec un enfant de son hôte, qui annonçait beaucoup d'intelligence. Le 8 juin, tandis qu'il était occupé à écrire à une petite table, Archangeli entra dans sa chambre. Après lui avoir exprimé ses regrets d'être obligé de le quitter pour se rendre à Venise, où l'appelaient des affaires importantes, il le pria de lui montrer une dernière fois ses médailles, afin qu'il pût en conserver un souvenir plus présent. Winckelmann, sans aucune méfiance, y consentit de bonne grâce; et comme il se tenait baissé pour ouvrir le coffre dans lequel elles étaient renfermées, le scélérat le pousse et le fait tomber, selon les uns, en lui pressant la tête entre le couvercle et le fond du coffre, selon d'autres, en essayant de l'étrangler avec un lacet. La victime crie et résiste: alors, pour étouffer ses cris, l'assassin lui plonge, à cinq reprises différentes, un stylet dans le ventre. Il l'aurait certainement achevé, si l'enfant, dont nous avons parlé, n'était venu frapper à la porte de la chambre.
Ce bruit fait fuir Archangeli, sans même lui laisser le temps de voler les médailles[582]. On s'empresse d'accourir au secours du pauvre blessé; mais il était frappé à mort, et il ne tarda pas à expirer, après sept heures d'affreuses souffrances, sans avoir perdu sa présence d'esprit, après avoir pardonné à son meurtrier, dicté ses dernières volontés, et reçu les sacrements de l'Église. Par son testament, il institua le cardinal Albani son légataire universel, et laissa 350 sequins à son graveur Mogali, et 100 autres à l'abbé Pirani.
Ainsi mourut, à cinquante ans et quelques mois, dans toute la force de son talent, un des hommes qui ont le plus contribué à remettre en honneur l'étude de l'antique, si décriée dans la première moitié du dernier siècle.