C’est l’histoire continuelle des rapports entre la royauté française et la papauté. Aux exigences de la foi et des principes se mêlent des raisons d’ordre politique ou d’intérêt privé qui les dénaturent. C’est ainsi que la Pragmatique fut bientôt violée de par la volonté même des rois de France. Elle donnait aux chapitres le droit d’élection des évêques et des abbés. Les rois jugèrent bientôt que l’autorité des chapitres en serait trop considérablement accrue et qu’elle limiterait la leur et ils s’entendirent avec Rome pour défaire ce qu’ils avaient fait.
En 1463, Louis XI déclare la Pragmatique abolie. Elle n’avait d’ailleurs jamais été reconnue par le Saint-Siège.
Cette abolition fut complétée par la convention de 1470. Il est vrai que le roi obtenait du pape l’engagement de ne nommer que des Français et de tenir compte de la recommandation du roi. Nous entrons dans une période où la papauté reprend progressivement son influence. C’est le moment où Machiavel, alors ambassadeur en France (1501), écrivait au cardinal d’Amboise: «Les Français n’entendent rien à la politique; autrement, ils ne laisseraient pas l’Eglise devenir si grande.»
Le Concordat de Bologne.—En 1515, François Ier se rencontre à Bologne avec le pape Léon X. Un accord s’établit entre eux pour le gouvernement de l’Eglise de France. L’année suivante, le Concordat de Bologne est signé. Il consent l’abolition de la Pragmatique sanction de Bourges. Le roi et le pape se donnent réciproquement des attributions, qu’ils n’avaient pas eues jusque-là. Le roi se réserve la nomination des évêques et des abbés; le pape institue les prélats et reçoit l’annate des biens ecclésiastiques.
Par l’article 40 du traité de 1516, les prélats ont l’obligation, dès qu’ils sont institués, de payer au pape une somme équivalente au montant des revenus annuels de l’église ou de l’abbaye.
C’est cette contribution flétrie et supprimée par la Pragmatique qui a reçu le nom d’annate.
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Le résultat de cet accord de la royauté française avec Rome fut d’établir en France un pouvoir étranger, favorable, certes, dans certains cas, aux intérêts personnels du roi, mais nuisible au pays. Des abus furent dénoncés, sous Henri II, dans les perceptions romaines. De multiples compétitions se produisirent, lorsqu’un bénéficiaire, élu d’après les canons des conciles, se trouvait en rivalité avec celui qu’avait nommé le roi. On portait alors l’affaire devant le Grand Conseil. Et quel abus n’entraîne point parfois la nomination royale! Les évêques, abandonnant le soin de leurs diocèses, laissèrent leurs vicaires les administrer et ils allèrent à la Cour se confondre dans la mêlée des courtisans. Le roi tira de ce clergé domestique d’excellents fonctionnaires. Napoléon recherchera plus tard dans un Concordat calqué sur celui de Bologne les avantages qu’y avait trouvés François Ier.
Les grands corps de l’Etat—parlement, université—avaient vu le danger et s’étaient opposés à l’enregistrement du Concordat, puis à son exécution. Nous empruntons à la Bibliothèque historique le texte des protestations du Parlement:
«La Cour, toutes chambres assemblées, voyant et considérant les grandes menaces dont on usait à son égard, ayant tout lieu d’appréhender sa propre dissolution, qui entraînerait celle du royaume, craignant que si aucunes étaient suscitées à l’occasion du délai de la publication du Concordat, on ne lui impute des malheurs qui pourraient arriver; craignant encore que les alliances, faites ou à faire avec les autres princes chrétiens ne fussent rompues ou empêchées par le refus d’enregistrement, et après que la Cour a fait tout ce qui lui était humainement possible pour obvier à cette publication et enregistrement, par devant et en présence sir Michel Blondel, évêque et duc de Langres, pair de France, comme authentique personne, elle a protesté et proteste, tant en général qu’en particulier, conjointement et divisement, qu’ils n’étaient et ne sont en leur liberté et franchise, et si la publication a lieu, ce n’était ni de l’ordonnance ou du consentement de la Cour, mais par le commandement du roi, force et impressions ci-dessus déclarés, que ce n’était point leur intention de juger les procès conformément au Concordat, mais de garder, observer comme auparavant les saints décrets de la pragmatique sanction, dont le procureur du roi aurait appelé, tant pour et au nom de la Cour, que de tous les sujets du royaume; la Cour adhérant à ce premier appel et y persistant, appelle de nouveau au pape mieux informé, au premier concile général et à celui et à ceux auxquels il appartiendra.»