Il la reprit lui-même deux ans plus tard, quand la Convention décimée ne pouvait plus lui opposer ses antagonistes d’autrefois. La situation financière ne laissait pas que d’être encore plus alarmante, et les derniers conventionnels eux-mêmes trempés dans la tourmente terroriste, ayant appris jusqu’à quels crimes pouvait aller l’esprit d’insubordination du clergé, inclinaient vers l’unique solution capable de dissiper l’équivoque de 1790. Tous étaient partisans d’une rupture avec les errements des premières heures de la Révolution que, par une fausse conception des rapports du clergé et de l’Etat, il avait paru bon de conserver. Mais, sauf le financier Cambon, nul ne s’aventurait à exprimer l’esprit de la nouvelle politique.
Ce mérite revient à Grégoire qui, le 23 décembre 1794, fit la lumière sur les velléités communes à tous les conventionnels et formula les véritables principes de liberté en matière religieuse. Car il n’était pas suffisant de dire que, la Convention civile n’existant plus, l’Eglise avait seule à prendre souci d’elle-même. Grégoire s’élève au-dessus du moment et spécifie qu’absolument, dans tous les pays et dans tous temps, l’Etat n’a pas à légiférer en ce qui concerne les choses cultuelles.
«Le gouvernement, dit-il, ne peut adopter, encore moins salarier, aucun culte, quoiqu’il reconnaisse à chaque citoyen le droit d’avoir le sien. Le Gouvernement ne peut donc, sans injustice, refuser protection, ni accorder préférence à aucun. Dès lors, il ne doit se permettre ni discours, ni acte qui, en outrageant ce qu’une partie de la nation révère, troublerait l’harmonie ou romprait l’égalité politique. Il doit les tenir tous dans la juste balance, et empêcher qu’on ne les trouble et qu’ils ne troublent.
«Il faudrait cependant proscrire une religion qui n’admettrait pas la souveraineté nationale, la liberté, l’égalité, la fraternité dans toute leur étendue; mais si un culte ne les blesse pas, et que tous ceux qui en sont sectateurs jurent fidélité aux dogmes politiques, qu’un individu soit baptisé ou circoncis, qu’il crie Allah ou Jéhova, tout cela est hors du domaine de la politique.»
On ne peut pas mieux dire. Nous sommes loin de l’opinion terre à terre de Cambon. Mais Grégoire, sans doute, péchait par le défaut contraire; il perdait son époque de vue et disait la législation d’un siècle plus calme. Il réclamait que les autorités fussent chargées de garantir à tous les citoyens l’exercice libre de leur culte, en prenant les mesures que commandent l’ordre et la tranquillité. Mais permettre le libre exercice du culte, n’était-ce point déchaîner la fureur homicide du clergé contre la Révolution? Néanmoins, l’Assemblée manifesta clairement, avant de passer à l’ordre du jour, qu’elle était assez détachée des religions pour laisser les prêtres à leur pratique, «à la condition, dit Legendre, qu’ils ne rétrécissent point l’esprit public».
Les événements donnèrent raison à la Convention. Il n’était pas un point de la France où il ne fallut réprimer des émeutes cléricales, sinon des batailles rangées; la messe était un acte subversif. Et ce ne fut que lorsque la Vendée, définitivement écrasée, réclama, comme une justice, la libre pratique des cultes que la Convention crut possible de détendre sa politique de défense révolutionnaire.
Le 21 février, elle étudia un projet de décret ne réglementant que la police des cultes. C’était tout un ensemble de garanties contre tout culte qui deviendrait exclusif ou dominant; la liberté de chacun était minutieusement protégée. Plus d’oppression vis-à-vis de l’Eglise, mais une large et sévère surveillance.
Les communes ne pourront acquérir ni louer de local pour l’exercice des cultes; il ne peut être formé aucune dotation perpétuelle ou viagère, ni établi aucune taxe pour entretenir les prêtres. Aucun signe particulier à un culte ne peut être élevé, fixé sur quelque lieu que ce soit, sauf dans les Eglises et dans les maisons particulières. La République interdit en outre les exhibitions d’emblèmes, les proclamations confessionnelles, le port de tout insigne sacerdotal.
Les sanctions à toute cette série de prescriptions, nécessaires à rendre réelle la liberté de conscience, étaient des amendes de 100 à 1.000 livres et des emprisonnements d’un mois à dix ans.
A la faveur de cette loi, l’ancien clergé constitutionnel se réorganisa promptement. Le 17 mars, il lança une encyclique, à laquelle adhérèrent de nombreux évêques assermentés. Sa politique fut d’amener à lui les membres du clergé réfractaire; mais il n’y réussit pas.