D’ailleurs, bien que très agissant, le clergé gallican avait perdu toute popularité. Les croyants se tournaient vers l’Eglise dite orthodoxe, vers les insermentés et les émigrés. Chaque jour, les prêtres proscrits rentraient nombreux; et ils n’avaient rien de plus empressé, aussitôt sur le sol de la République, que d’user de la liberté nouvelle pour combattre les idées, les institutions et les hommes de la Révolution. Si bien que les menées audacieuses des anciens réfractaires provoquaient à la Convention, le 17 avril 1795, un violent débat qui aboutit au décret du 1er mai, condamnant à mort tous les émigrés saisis; les prêtres insermentés avaient un mois pour franchir la frontière.

Le clergé antinational ne tenait, en effet, aucun compte du décret sur la liberté des cultes; il disait la messe dans les églises qui lui étaient interdites et prêchait ouvertement le royalisme.

La loi du 21 février fut donc encore prématurée, puisque la révolte contenue éclata plus violemment que jamais. Cependant, la République, pour ne point exaspérer les esprits et pour faire cesser la guerre civile, mit toutes les églises non aliénées à la disposition des prêtres qui feraient acte de soumission aux lois du pays. Mais ce nouveau serment, le clergé ne voulut pas le prêter, et il considéra cette formalité comme un prétexte pour mettre encore en mouvement ses compagnies d’émeutiers. La Convention dut encore voter des lois de bannissement et compléter la loi sur la police des cultes.

Les prêtres gallicans, par contre, protestent de leur égal respect pour l’autorité civile et pour l’autorité papale; mais leurs efforts pour apaiser la lutte de l’Eglise romaine et monarchique contre la République n’aboutirent pas. Les prêtres réfractaires violèrent chaque jour la loi sur la police des cultes. Le Directoire, pour anéantir les ennemis de la nation se résout alors à attaquer directement la papauté; contre les prêtres insoumis il vote des lois de salut public. Mais les Anciens ne le suivent pas dans cette voie; ils désiraient plutôt l’indulgence à l’égard des révoltés; et, le 5 septembre 1796, les prêtres étaient admis à prendre jouissance des biens qui avaient appartenu à l’Eglise d’autrefois.

D’un autre côté, par l’intermédiaire du général Bonaparte, le Gouvernement fait pressentir le pape pour le décider à prêcher aux réfractaires la soumission à l’Etat. Le Saint-Siège, qui apercevait dans la République de sérieux symptômes de désagrégation, ne se hâtait point d’acquiescer; le triomphe de la contre-révolution l’assurait d’un meilleur avenir. En effet, elle était déjà triomphante. Les réfractaires, par la loi du 24 août étaient solennellement amnistiés: il fallut que la République, dans un sursaut d’énergie, se défendît par la loi du 19 fructidor, véritable coup d’Etat révolutionnaire. Le clergé insoumis et le pape subirent les durs effets de cette loi. Celui-là, par des prescriptions en masse, rapides et sans conditions; celui-ci par la lutte qu’il eut à soutenir dans sa ville pour empêcher que ne se dresse, en face de son pouvoir, un gouvernement démocratique.

A Rome, on ne recula point devant l’assassinat de l’ambassadeur Basseville et du général Duphot; et la République dut lancer contre son ennemi une armée qui fit prisonnier celui dont la Révolution avait tant à redouter.

Mais le régime de fructidor ne fut pas sans réveiller le fanatisme. Partout, ce sont des insurrections; les provinces sont travaillées par les prêtres qui, bien que bannis, viennent de nouveau ensanglanter la France. Plus qu’aux périodes troublées que le pays vient de vivre, la passion contre-révolutionnaire fanatise les esprits et devient, cette fois invincible. Le Directoire était au-dessous de sa tâche. Bonaparte s’offrit en sauveur.

Il voulut d’abord la restauration religieuse. Rien n’était plus politique pour l’accomplissement de ses ambitions. Un clergé gallican ne pouvait être utile à Bonaparte, puisque ce clergé, en dehors de Rome, était sans autorité sur le pays. Il était donc de toute nécessité que les relations avec le Saint-Siège fussent reprises. Mais un tel acte devait se produire à son moment. Bonaparte n’apporta aucune hâte malencontreuse dans la poursuite de ses desseins.

La pacification religieuse, il l’obtint par des mesures pondérées, où les concessions mutuelles s’équilibraient habilement. Son ambition n’était, semblait-il, que d’assurer la plus complète liberté des cultes; il y arriva sans secousses. Que lui demander de plus? Le clergé constitutionnel se passait de Rome. Le clergé autrefois réfractaire entretenait librement avec le Saint-Siège les relations qui lui convenaient. Sous ce régime, la France revenait au calme.

Le concordat de 1801.—Toutefois, Bonaparte poursuivait son idée. Pour exercer sur le pays le pouvoir du maître, il avait besoin de rétablir en France les pratiques religieuses d’autrefois; de plus, pour la complète réussite de ses ambitions politiques, il fallait qu’il pût mettre à leur service la complaisance, sinon la complicité du souverain pontife.