Le pape, en retour de la consécration religieuse du nouvel empereur, comptait bien recevoir Bologne, Ravenne et Ferrare; en outre, il espérait, à brève échéance, de la magnanimité de Napoléon, le rétablissement des ordres religieux et l’abolition des articles organiques. Sa déception fut cruelle, car il n’obtint rien et, dès ce jour sans doute, il n’aspira qu’au retour des Bourbons. La prise d’Ancône exaspéra encore davantage ses sentiments d’hostilité à l’égard de l’empire. Plus tard, l’occupation de Civita-Vecchia mit le comble à son indignation. Le mariage de raison entre l’Eglise et l’Etat avait eu pour effet, presque immédiat, de susciter querelles sur querelles. Napoléon, il est vrai, était un prince trop remuant; mais, de son côté, le pape apportait tout son mauvais vouloir à l’expédition des affaires religieuses de la France. Et ce n’est point tant parce qu’il en avait contre l’empereur, mais bien plutôt parce que traiter avec l’autorité laïque lui était insupportable. Lorsqu’il réclamait avec tant d’insistance la restitution de toutes les parties de son domaine temporel, c’était pour que l’intégrité de son autorité spirituelle sur son armée cléricale ne fût pas atteinte par une diminution de sa puissance matérielle et qu’il pût mieux écraser les Etats du poids de sa domination. Dès qu’il lui paraît que, sur les champs de bataille, Napoléon court à un échec, aussitôt il s’applique à entraver lui-même ses relations avec la France, à rendre son administration religieuse tracassière, lente, compliquée. Mais, de plus en plus, Napoléon fait sentir à la cour de Rome que c’est sa déchéance temporelle qu’il vise et qu’il obtiendra, si les relations ne s’améliorent pas; l’invasion de l’Etat pontifical par le général Miollis était un commencement d’exécution du projet impérial qui se réalisa définitivement, quelques jours plus tard, par une mainmise sur la puissance spirituelle du pape. Tout le sacré collège fut épuré des cardinaux qui entretenaient des intelligences avec les Bourbons, et, le 17 mai 1809, les Etats pontificaux étaient annexés à l’empire. La papauté temporelle n’était plus. Néanmoins, le pape conservait son autorité spirituelle.
Napoléon n’hésita pas à s’y attaquer; l’enlèvement de Pie VII n’a pas d’autre raison, et il est indiscutable que la destruction du Saint-Siège était dans la pensée de l’empereur.
La seule vengeance permise au pape ne pouvait être que le refus de l’institution canonique. Et, du reste, le concordat subsistait-il réellement? L’une des parties contractantes avait enfermé l’autre à Savone!
Napoléon ne trouvait pas l’expédient capable de mettre un terme à ces difficultés inextricables. Il s’en remit du soin de le chercher à une commission ecclésiastique; mais ce n’est pas une solution qu’il lui demandait. Il désirait être simplement instruit sur les véritables droits de l’Eglise.
Les travaux de la Commission traînèrent, puis furent brusquement interrompus par le vote d’une loi réglant les rapports du pape et de l’empereur. L’Etat pontifical formait deux départements français. Le pape ne disposerait désormais que de son autorité spirituelle; deux millions de revenus lui étaient assurés et l’empire aurait la charge des dépenses du sacré collège et de la propagande. En outre, les quatre propositions de 1682 étaient proclamées lois de l’empire.
Le gouvernement donnait ensuite l’ordre à tous les cardinaux romains d’évacuer les domaines pontificaux, et il faisait saisir les archives du Vatican.
Les menées, qui s’exercèrent autour de la captivité du pape, les complots royalistes, qui sourdement, se tramaient dans l’ombre, éveillèrent les soupçons de l’empereur. Il vit que le schisme conduisait à la restauration et se décida à convoquer une seconde commission ecclésiastique pour parer au danger.
Elle se proposa trois objets principaux: 1o prévenir les communications avec le pape; 2o faire adopter une mesure relative à l’institution canonique; 3o faire rendre la liberté au pape.
Quand la Commission eut terminé ses travaux, à la fin de mars 1811, quatre de ses membres allèrent en députation auprès du pape, lui annoncer que l’empereur consentait à revenir au Concordat de 1801 si les évêques nommés étaient institués; que, de plus, il pourrait se rendre à Rome, s’il prêtait le serment prescrit par le Concordat. S’il refuse, il résidera à Avignon, avec la liberté d’administrer à sa guise le spirituel, et un concile d’Occident sera convoqué.
Le pape, en réponse aux négociateurs, rédigea une note par laquelle il s’engageait à accorder l’institution canonique aux sujets nommés, mais il ne signa que le premier article des quatre propositions.