Le bref du pape paraissait être selon les désirs de Napoléon; néanmoins, celui-ci crut lire entre les lignes l’expression d’une indépendance invincible, de revendications temporelles, et il se demanda s’il n’était pas joué. Il en eut bientôt la certitude quand, après un long retard, les bulles d’institution canonique parurent; le pape parlait en maître comme si Rome était son domaine. Les bulles ne furent pas publiées.

A cette époque, les événements de Russie pressaient Napoléon; aussi voulait-il en finir avec la question du pape. Rien ne semblait plus difficile. Pie VII se refusait à renoncer à la souveraineté de Rome et Napoléon retardait la publication du bref parce que les prétentions papales y étaient trop visibles. D’autre part, l’absence de conseillers apostoliques auprès de lui interdisait au pape d’entamer de nouvelles négociations.

Napoléon avait hâte de brusquer les choses. Il fit connaître au pape que, si le bref n’était pas revisé, le droit d’instituer les évêques ne lui appartiendrait plus. Le pape répondit qu’il n’obéirait pas aux injonctions tant qu’il ne jouirait pas d’une pleine liberté. Nouvelle sommation, et, cette fois, plus autoritaire que jamais. Mais elle resta sans résultats. Il fut donc notifié au pape que les Concordats étaient abrogés et qu’il n’aurait plus à intervenir dans l’institution canonique.

Le clergé, s’étant, à maintes occasions, montré outré de la conduite de l’empereur à l’égard du pape, ne se contint plus et fulmina au grand jour contre le maître de la France. La réponse ne se fit pas attendre.

Un décret du 15 novembre 1811 porta un coup terrible à l’enseignement religieux, en exigeant que les élèves des institutions libres suivent les cours des établissements laïques et en inscrivant que toutes les écoles pour candidats à la prêtrise soient soumises à l’Université; que, du reste, il n’en sera toléré qu’une par département. En outre, les élèves des séminaires n’obtiendront aucune sorte de bourses et ils seront soumis au service militaire. Les arrestations de prêtres loyalistes se multiplient à ce moment, et les chapitres doivent obéissance aux évêques nommés par l’empereur. Enfin, le pape est transféré de Savone à Fontainebleau, ce qui paraît aggraver le caractère de sa captivité.

Mais, après le désastre de Russie, l’empereur revint plus conciliant. L’alliance avec l’Eglise lui parut une consolation à ses déboires; il fit tout pour aboutir à un rapprochement. Le 29 décembre 1812, l’empereur écrivit ses intentions à Pie VII. Peu de temps après, l’évêque de Nantes se présenta auprès du pape en négociateur. Mais cette première tentative resta vaine. Napoléon alla lui-même à Fontainebleau, le 18 janvier. Quelques jours suffirent pour amener une entente parfaite, et le 25 janvier, le Concordat de 1813 était signé.

Le pape devait exercer le pontificat en France et dans le royaume d’Italie de la même manière et avec les mêmes formes que ses prédécesseurs. C’était déjà une sérieuse concession à l’Eglise. Mais le but de ce concordat était d’établir une institution canonique régulière; il fallait que les vacances indéterminées de sièges devinssent impossibles. Sur ce point, il paraît que Napoléon a pu dicter ses propres instructions. Six mois étaient accordés à l’empereur pour nommer et six mois au pape pour instituer; les six mois expirés, le métropolitain, et à son défaut l’évêque le plus proche, aurait à procéder à l’institution.

Mais Pie VII avait bien tenu à signifier qu’il acceptait ces dispositions par «considération à l’état actuel de l’Eglise».

Napoléon, heureux d’être enfin parvenu à une solution acceptable, offrit au pape 300.000 francs. Pie VII les refusa. Il ne pouvait se résoudre à accepter la paix, et il attendit une occasion pour revenir sur ses engagements.

En effet, l’article sur l’institution des évêques était, à ses yeux, la négation même de sa souveraineté spirituelle, et toutes les concessions qu’avait pu lui faire Napoléon ne rachetaient pas ce douloureux sacrifice. Pourtant, l’empereur était allé jusqu’à l’extrême limite des concessions que pouvait permettre le souci de son prestige et de la sauvegarde de ses droits.