Cependant, le peuple italien, qui voulait, à tout prix, réaliser l’unité nationale, ne comprit pas que l’on arrêtât la Révolution. Le traité de Villafranca disait, en effet, que la Confédération italienne aurait le pape comme président honoraire, à la condition qu’il introduisît dans son royaume les réformes indispensables. Mais de telles stipulations ne pouvaient être prises au sérieux; le pape se refusait à les admettre, tandis que les initiateurs du mouvement populaire entendaient que le mouvement unitaire ne reçût aucune entrave.
Cette agitation détruisit la bonne entente qui jusque-là avait régné entre l’Empire et l’Eglise. Napoléon, attaqué par le haut clergé, encourageait ceux-là qui prêchaient au pape l’abandon de sa souveraineté temporelle. Et lui-même écrivit à Pie IX de renoncer à ses légations qui naturellement, par la force des choses, se détachaient de lui.
La réponse du souverain pontife fut une encyclique, déclarant qu’en vouloir à son autorité spirituelle équivalait à haïr son pouvoir spirituel, et que les Etats du Saint-Siège étaient la légitime propriété, non de la papauté, mais du monde catholique.
Ces véhémentes protestations n’empêchèrent pas l’annexion des légations pontificales au Piémont. Pie IX en fut réduit à excommunier ses spoliateurs.
Alors, le catholicisme, sans distinction de nuances, déclare la guerre à l’Empire, «fauteur de désordres», choryphée de l’anarchie. L’on vit se répandre des brochures cléricales, où les théories les plus séditieuses se donnaient carrière. D’un autre côté, les partis démocratiques reprochaient à l’empereur d’avoir manqué à ses engagements par le traité de Villafranca.
Le gouvernement impérial se maintenait en protestant du dévouement de l’empereur au Saint-Siège et en donnant des ordres pour que les troupes françaises quittassent Rome.
Cette duplicité ne pouvait qu’aggraver l’état de choses. L’empereur crut trouver un modus vivendi; il fit connaître au pape qu’il était prêt à lui garantir l’intégrité des possessions qui ne lui avaient pas été confisquées, et que les puissances catholiques ne lui refuseraient pas un subside et un corps de troupe. L’orgueil du pape était trop irréductible pour qu’il acceptât; c’est à l’aristocratie catholique qu’il se résolut à jeter un appel désespéré. On sait que ce ne fut pas en vain.
Un nouveau Coblentz sembla renaître à Rome, et l’irritation de Napoléon s’accrut d’autant.
L’audace du pape précipita le dénouement. Son armée, défaite à Castelfidardo, mit fin aux hésitations. Cavour ouvrit à Turin le premier Parlement italien.
L’Eglise, blessée au cœur, gémit et se révolta. Les mandements épiscopaux prirent la couleur d’appels à la guerre civile; ils suscitèrent parmi les croyants la plus vive émotion. Et bientôt toute la bourgeoisie conservatrice, et même libérale, manifesta à l’égard de l’empereur une indignation telle, que celui-ci, en manière de réponse, tempéra son absolutisme gouvernemental. Le Sénat et le Corps législatif furent autorisés à juger la politique impériale, et le prince Napoléon eut toute liberté pour combattre à la tribune la puissance temporelle de la papauté. On vit alors les partisans cléricaux de Napoléon passer dans le camp de l’opposition, exhaler leurs lamentations en face de leurs espoirs ruinés.