Quant aux congrégations non autorisées, rien ne s’opposait au développement de leur influence et de leurs richesses.
Les prescriptions de l’autorité laïque étaient impunément violées.
La loi Falloux portait ses fruits. Les écoles primaires n’avaient qu’à de rares exceptions des instituteurs laïques. Et, dans l’enseignement secondaire, le nombre des lycées et des collèges diminuait, tandis que les établissements libres se multipliaient et prospéraient. En 1850, 914 écoles, dirigées par des évêques, des prêtres séculiers ou des congrégations, étaient signalées; en 1854, elles étaient au nombre de 1.081. D’autre part, des séminaires pour enfants possédaient au bas mot 25.000 élèves.
Enfin, les ordres hospitaliers prenaient une influence toujours plus grande. Les hôpitaux s’ouvraient aux sœurs de la Charité; les Petites sœurs des pauvres, en moins de quatre ans, acquéraient pour plus de 25 millions de francs de biens-fonds déclarés. Des sociétés de propagande, sous le couvert de la charité, agitaient l’opinion et rendaient l’Eglise plus militante, plus active qu’elle n’avait jamais été.
Napoléon III laissait donc l’Eglise prendre soin de ses intérêts en lui accordant toutefois la plus large protection. Il n’avait que le souci de marcher sur les brisées de son oncle et il rêvait d’être sacré pareillement par le Saint-Siège. Mais celui-ci entrevoyait l’affaire sous l’aspect d’un marché; il imposait ses conditions: abolition des articles organiques et de la loi sur le mariage civil. Napoléon résista et les négociations avortèrent.
Le résultat fut un changement dans la politique de l’Empire. La loi Falloux fut amendée dans un sens plus libéral: le nombre des académies passa de 86 à 16 et les recteurs jouirent d’une plus grande indépendance vis-à-vis de l’épiscopat.
Mais l’empereur allait avoir d’autres occasions de lutter contre l’ultramontanisme vainqueur.
Pie IX, mis en goût par la puissance temporelle et spirituelle que, depuis longtemps Rome n’avait pas possédée à un tel degré, formait le projet d’en finir avec les principes de la Révolution. L’Eglise, il se l’était promis, devait dépasser en omnipotence, en absolutisme, en intransigeance, tout ce que les papes-rois du moyen âge avaient pu rêver.
En premier lieu, l’Eglise avait à s’affirmer infaillible. Pie IX n’avait pour cela qu’à agir en souverain absolu, au mépris de tout concile œcuménique. Il proclama donc, de sa propre autorité, le dogme de l’Immaculée conception de la Vierge, le 8 décembre 1854.
L’épiscopat, que Rome n’avait pas consulté, ne se rebiffa point, tant il s’était donné, corps et biens, à l’ultramontanisme. Mais Napoléon témoigna quelque humeur contre Pie IX, qui décelait trop ouvertement sa fiévreuse ambition. Ensuite, l’empereur se rapprochait de Victor-Emmanuel; et ce ne pouvait être qu’au préjudice du pape, car un des premiers articles du programme piémontais était le démembrement de l’Etat pontifical. Dès que l’empereur le sut, il mit au service de la cause italienne l’armée et l’argent de la France; mais, dès que son entourage lui représenta qu’il s’aliénait l’Eglise s’il persistait dans sa politique internationale, il signa avec l’Autriche les préliminaires de Villafranca.