Dans ce synode furent posées les bases de cette organisation presbytérienne synodale—c’est-à-dire gouvernement de l’Eglise par des prêtres et des anciens—à laquelle les réformés devaient rester invariablement fidèles et qu’ils considèrent encore aujourd’hui comme la condition même de leur existence. Il sera intéressant d’en exposer les principes tels qu’ils furent par la suite définitivement établis, alors que les Eglises réformées étaient sous le régime de l’Edit de Nantes.

A la base se trouvait l’Eglise desservie par un ou plusieurs pasteurs ou ministres, nommés par le consistoire, conseil des anciens, élus «par le peuple». Les ministres devaient être présentés à l’Eglise avant d’être nommés, le Consistoire devant examiner et juger les protestations qui pourraient s’élever. «Le silence du peuple était tenu pour exprès consentement.» Chaque Eglise avait sa vie particulière et dans chaque Eglise nul pasteur ne pouvait prétendre à un rang plus élevé que celui de ses collègues et nulle Eglise ne pouvait «prétendre domination» sur une autre Eglise. Cependant, comme des intérêts communs existaient entre elles, des liens étroits les unissaient dans une gradation sagement étudiée.

C’est ainsi que plusieurs Eglises d’une même province formaient un colloque, composé des divers pasteurs de ces Eglises accompagnés d’un «ancien» désigné par le consistoire. Le colloque était appelé à juger en première instance des différends qui s’élevaient dans les Eglises qui les composaient.

Les Eglises d’une même province se réunissaient en un synode appelé provincial, auquel chaque Eglise députait un pasteur et un ancien. Le synode réglait toutes les affaires ressortissant de la province, à l’exception de certaines questions et particulièrement les questions de doctrines sur lesquelles le synode national statuait définitivement.

Cette assemblée suprême était composée de députés laïques et ecclésiastiques. Chaque synode provincial élisait, dans son sein, deux pasteurs et deux anciens et autant de membres suppléants, chargés de représenter les intérêts de la province au synode national qui s’appela ainsi, dans l’origine, et à travers les siècles garda toujours ce caractère.

On peut dire que, dans ces temps anciens, les Eglises réformées réalisèrent en pratique, surtout après la fin des guerres de religion, où le protestantisme cessa d’être un parti politique, le principe «de l’Eglise libre dans l’Etat souverain». Sans doute, elles eurent des écoles, des collèges, des académies, mais elles obéissaient à une nécessité que justifiait le caractère exclusivement catholique de tous les établissements d’instruction de l’ancien régime. Le caractère égalitaire et démocratique de ce gouvernement ecclésiastique, provenant de l’élection populaire et se maintenant par la libre discussion, suffit à expliquer l’invincible attachement qu’il a toujours inspiré aux protestants et leur désir unanime de le conserver.

L’Eglise réformée était en fait séparée de l’Etat, car si Henri IV, après l’Edit de Nantes, accorda aux Eglises une subvention «des deniers royaux», il ne s’en réserva pas le contrôle. Le synode national était chargé d’en assurer la distribution, du reste fort minime, car en 1598 chaque pasteur ne reçut que 52 écus et 37 sols. Louis XIII maintint cette subvention pendant les premières années de son règne; en 1628 elle cessa d’être payée.

Le clergé catholique n’avait accepté que contraint et forcé l’Edit de Nantes qui assurait la liberté du culte aux réformés. Avec une persévérance que rien ne lassa, il considéra que «la destruction de l’hérésie était sa principale affaire»[8]. Pendant trente ans (1655-1685), les assemblées générales du clergé de France ne cessèrent de demander et d’obtenir du gouvernement de Louis XIV des mesures persécutrices qui devaient aboutir à la révocation de l’Edit de Nantes (18 octobre 1685).

Par une mesure aussi injuste qu’elle était impolitique, les Eglises réformées de France furent condamnées à disparaître. Tous les pasteurs furent exilés, partout les temples furent démolis, tous les biens des Eglises furent donnés aux hôpitaux catholiques et plus de cinq cent mille Français durent s’exiler pour sauvegarder la liberté de leur conscience. Les dragonnades dévastèrent les provinces protestantes et par milliers furent jetés dans les prisons et les bagnes les réformés qui ne voulurent pas accepter «la religion du roi». La persécution ne respecta pas même la mort et, sans respect de l’âge ou du sexe, les cadavres des réformés furent souvent jetés à la voirie. On comprend qu’un historien ait pu écrire: «C’est une date à marquer au tableau noir des grands désastres nationaux, des déroutes humiliantes, des traités ruineux.» (A. Sorel.)

Il pouvait sembler que les Eglises réformées ne se relèveraient jamais de leurs ruines; mais trente années plus tard, un jeune homme âgé de vingt ans, Antoine Court, qui a mérité d’être appelé le restaurateur du protestantisme en France, réunissait le 21 août 1715 quelques réformés, restés fidèles à leur foi malgré les persécutions, et reprenait la tradition synodale. Les Eglises se reconstituèrent lentement au milieu de dangers sans nombre, pasteurs et fidèles étant sans cesse sous la menace de la mort ou du bagne, et de toute manière dans la condition la plus misérable du monde, car une législation odieuse refusait l’état civil aux protestants, faisant de leur mariage un concubinage et condamnant leurs enfants à la bâtardise.