A la veille de la Révolution française, lorsque fut promulgué l’édit de Tolérance de 1787 qui ne rendait aux protestants «que ce que le droit et la nature ne permettaient pas de leur refuser», c’est-à-dire l’état civil, la réorganisation des Eglises était un fait accompli, alors même que le culte ne se célébrât, suivant une expression alors consacrée, qu’au désert, c’est-à-dire en plein air, la loi interdisant tout culte public aux réformés. Pendant tout le XVIIIe siècle, les Eglises réformées avaient été non seulement séparées de l’Etat, mais surtout persécutées par l’Etat.

Le 21 août 1789, les Etats généraux rendirent le célèbre décret ordonnant que nul ne devait être inquiété pour ses opinions, même religieuses, et posèrent ainsi les principes constitutifs de la liberté des cultes. Mais en 1793 les Eglises réformées subirent, comme l’Eglise catholique une profonde crise qui amena la suspension du culte pendant plusieurs années. Lorsqu’elle eut pris fin, les protestants voulurent, une fois de plus, réorganiser leurs Eglises et, au moment où le Premier Consul se préparait à signer le Concordat, quelques-uns de leurs représentants les plus connus demandèrent leur union avec l’Etat. Telle fut l’origine de la loi du 18 germinal an X, qui devait régler si longtemps les rapports entre les Eglises protestantes et l’Etat. Avec la loi de germinal, commençait une nouvelle période de l’histoire du protestantisme français. Si la liberté du culte était reconnue et proclamée, si même son clergé, naguère persécuté, recevait un salaire, il n’en était pas moins vrai qu’elle n’avait plus le privilège d’être Eglise libre, maîtresse de ses destinées. Le principe de l’élection populaire avait disparu, les intérêts religieux étaient confiés aux plus imposés au rôle des contributions directes, l’égalité entre les ministres du culte n’existait plus, le plus âgé des pasteurs étant appelé à la présidence du consistoire devenu une création purement arbitraire. Si le synode provincial était encore maintenu, sa convocation était rendue si difficile qu’en fait il était impossible de le réunir. Quant au synode national, la loi du 18 germinal n’en faisait aucune mention.

Fidèles à toutes leurs traditions, les protestants français n’ont pas cessé, au cours du siècle dernier, de demander une revision profonde de la loi de germinal, si contraire à l’esprit démocratique de la Réforme. Le décret-loi du 26 mars 1852 rétablit le suffrage paroissial et créa un conseil central des Eglises réformées, dont les membres nommés d’abord par le Gouvernement, devaient par la suite être élus par les consistoires. Il semblait qu’ainsi dût être comblée la grave lacune qui laissait les Eglises réformées sans représentation autorisée de leurs intérêts auprès du Gouvernement, les consistoires qui les représentaient vivant dans une complète indépendance les uns des autres.

Mais rien ne devait égaler la ténacité des protestants dans la revendication de droits qu’ils estimaient indiscutables. En 1848, ils provoquèrent la réunion d’un synode général, mais sans l’autorisation du Gouvernement. Sa tâche fut de procéder à une revision de la loi de germinal. Après la guerre de 1870, cédant à leurs instances, M. Thiers, le 20 septembre 1871, rendait le décret qui convoquait les synodes provinciaux pour la nomination de leurs délégués au synode national qui se réunit à Paris le 6 juin 1872.

L’histoire du protestantisme français montre donc, d’une manière évidente, que son organisation ecclésiastique, à l’abri de toute influence étrangère, exige pour être complète, le fonctionnement régulier des synodes qui doivent être la représentation de toutes les Eglises réformées de la France. Limité à une action exclusivement religieuse, étranger, par cela même, aux questions politiques, le fonctionnement du synode national, loin d’être un danger, présente au contraire des garanties d’ordre, en raison du rôle d’arbitre qui lui est dévolu. Aussi rien ne paraît plus justifié que de rendre possible, par un dispositif de la loi, la convocation de ces assemblées religieuses, sans lesquelles, comme le disait, en 1659, le modérateur du synode national de Loudun, «la religion protestante ne saurait subsister».

Quant à la séparation de l’Eglise et de l’Etat, on ne saurait oublier qu’elle a trouvé des défenseurs éloquents dans les Eglises réformées, longtemps avant que la question se posât devant l’opinion publique. Dès 1829, le pasteur Samuel Vincent écrivait dans les Vues sur le protestantisme: «Je suis fortement convaincu que la séparation finale de l’Eglise et de l’Etat doit se réaliser un jour... Le changement sera sensible, sans doute, et beaucoup d’intérêts privés pourront en être lésés, mais le protestantisme n’a rien à craindre. La liberté sera pour lui la force et la vie, et c’est à ce prix peut-être qu’il peut voir s’accomplir les destinées que l’avenir lui prépare». Aussi demandait-il déjà l’abrogation du trop célèbre article du Code pénal, relatif aux associations de plus de vingt personnes. «Il respire, disait-il, la jalousie et le despotisme, il tient en réserve la persécution pour tout mouvement de l’esprit; il affranchit vingt personnes, la charte parle à tous les Français». Mais nulle influence ne peut être comparée à celle qu’exerça et qu’exerce toujours le penseur Vinet dont on peut dire qu’il fut le théoricien de la séparation de l’Eglise et de l’Etat, dans les Eglises protestantes de langue française. «Aucune religion a-t-il écrit, n’est digne du nom de religion si elle ne dit: «Mon règne n’est pas de ce monde». Aucune religion n’est une religion si elle se propose l’alliance du pouvoir civil comme moyen ou comme but.»

Conséquent avec ses principes, Vinet avait été l’un des fondateurs de l’Eglise libre du canton de Vaud: Son exemple devait trouver des imitateurs en France. Après la révolution de Juillet, quelques Eglises s’étaient fondées, ne se rattachant pas aux Eglises officielles. Le synode de 1848 amena une scission plus profonde, car, par suite de son refus de promulguer une confession de foi, les dissidents convoquèrent un synode constituant des nouvelles Eglises le 20 août 1849, sous la présidence du pasteur Frédéric Monod, où treize Eglises constituées et dix-huit en formation furent représentées. Les nouvelles Eglises adoptèrent l’organisation presbytérienne synodale qu’elles ont toujours fidèlement maintenue et prirent comme dénomination le titre d’Union des Eglises évangéliques libres de France. Elles ont réalisé depuis cette époque, de la manière la plus complète, le principe de la séparation de l’Eglise et de l’Etat. Avoir pris courageusement l’initiative d’une aussi grande réforme est un titre d’honneur pour ces Eglises qui malgré leur petit nombre, une cinquantaine, ont donné un grand exemple. Il est impossible d’oublier qu’Edmond de Pressensé, disciple de Vinet, qui fut au cours de sa carrière politique le partisan si résolu, le défenseur si autorisé de la séparation, était l’un des pasteurs de cette Eglise libre[9].

Ce mouvement séparatif ne s’est pas limité à l’union des Eglises évangéliques libres; il s’est produit au sein même des Eglises réformées et a abouti à la formation des communautés indépendantes[10] de l’Etat, mais rattachées officieusement aux Eglises réformées. Il est nécessaire, en effet, de faire remarquer qu’à côté de l’organisation administrative qui régit les rapports des Eglises protestantes et de l’Etat s’est constituée, depuis un quart de siècle, une double organisation de caractère purement officieux à laquelle se rattachent les deux grandes fractions qui se partagent le protestantisme français. Elles reproduisent l’une et l’autre, sous des noms divers, le type consacré des Eglises de la Réforme française. On peut y voir une préparation de la séparation; c’est à ce titre qu’il n’était pas inutile d’en faire mention; mais l’Etat est toujours demeuré étranger à ces organisations particulières.

D’autres Eglises existent, du type congrégationaliste, c’est-à-dire séparées de l’Etat, ne se rattachant à aucune organisation et ne dépendant que d’elles-mêmes. Elles sont très peu nombreuses et se trouvent sur le littoral de la Méditerranée, à Nice, Menton, Cannes, Hyères, Saint-Raphaël, Antibes.

Il en est de même des Eglises baptistes, qui se groupent en associations régionales du Nord, de l’Ouest, de l’Est, et du Midi.