Les fêtes, les réceptions de toutes sortes n’empêchèrent pas Napoléon de s’occuper activement de la mise à exécution des plans de conquête de l’Égypte.
Le 4 mai, au soir, Napoléon quitta Paris, accompagné de Joséphine, Bourrienne, Duroc et Lavalette. Contrairement à ce qui a été dit, Eugène n’était pas du voyage ; il était parti d’avance, dans les premiers jours d’avril, et attendait à Toulon.
Le 8 avril, arrivée à Toulon. Le 19, Napoléon monte sur le vaisseau-amiral l’Orient.
Les adieux à Joséphine furent touchants. Demanda-t-elle à son mari de l’accompagner ? Elle le dit dans une lettre à Hortense, sa fille. Bourrienne ne parle pas de cette proposition.
Nous voulons bien croire cependant qu’elle a été faite. Il est dans l’ordre naturel des choses qu’une femme, même sans en avoir aucune envie, au moment d’un départ, fasse encore mine par bienséance de vouloir accompagner son mari.
Il eût, du reste, été parfaitement fou d’emmener une femme au début d’une entreprise aussi périlleuse.
A bord de l’Orient, Napoléon se plaisait à réunir autour de lui les savants de l’expédition, entre autres Monge et Berthollet. Il soulevait des discussions dont il donnait lui-même le texte : elles roulaient le plus souvent sur des questions de religion, sur les différentes espèces de gouvernement, sur la stratégie.
Après la prise de Malte (13 juin), Bonaparte débarqua à Alexandrie le 2 juillet. Alors se déroulèrent, pendant plus d’une année, les faits d’armes prodigieux de cette campagne d’Égypte qui devaient porter le nom de la France et de Napoléon jusqu’au fond de l’Asie.
C’est au cours de cette expédition que le dernier coup fut porté au peu qui restait en Napoléon d’illusions sur Joséphine.
Dès son arrivée au Caire, appréhendant de nouvelles inconséquences de la part de sa femme, il est pris d’une inquiétude dont nous trouvons la trace dans une lettre à son frère Joseph : « … Aie des égards pour ma femme : vois-la quelquefois. Je prie Louis de lui donner quelques bons conseils… »