La carte de l’Afrique septentrionale à 1/2.500.000e dressée par M. L. Pech et publiée par décision du Ministre des Travaux publics résume les travaux des missions Pouyanne, Choisy et Flatters, et fait connaître les progrès qui leur sont dûs en ce qui concerne la géographie du Sahara septentrional[207].
Au point de vue politique, comme l’a très bien établi M. Schirmer[208], le massacre de la mission Flatters n’a pas été un de ces accidents qui défient les prévisions humaines : c’est l’épilogue retentissant d’un échec politique. « Il n’y a que deux moyens, ajoute M. Schirmer[209], de pénétrer dans cette région du Sahara : ou bien y aller seul, sans compagnon et sans escorte, en s’assurant par avance le patronage personnel d’un ou plusieurs chefs influents ; se faire petit, aussi peu encombrant que possible, convaincre ces nomades ombrageux et cupides qu’on est un personnage à la fois généreux et inoffensif : c’est le système que Duveyrier a employé jadis. Ou bien, et c’est le cas d’une mission proprement dite, constituer une petite colonne d’hommes disciplinés à toute épreuve, qui puisse s’avancer sans provocation, mais négocier sans faiblesse, et passer outre aux manœuvres dilatoires qu’emploient si volontiers les diplomates du désert.
L’émotion fut grande en France et en Algérie quand on connut la triste fin de la mission Flatters[210]. Cet échec était un coup décisif porté à notre prestige dans le Sahara. Les conséquences en furent encore aggravées par la décision prise alors par le Gouvernement de renoncer à châtier les coupables. Divers projets avaient été mis en avant[211] : le lieutenant-colonel Belin, commandant supérieur de Laghouat, proposait une harka faite exclusivement au moyen d’indigènes ; le général Loysel, un coup de main indigène sur In-Salah, appuyé par une colonne sur El-Goléa ; le capitaine Bernard préconisait une mission scientifique sans objectif militaire, mais assez forte pour parer à tout danger et passer où il lui plairait. D’autres officiers préparaient un projet d’expédition chez les Hoggar, qui devait comprendre 250 hommes armés de fusils à répétition et 2 mitrailleuses. Ils se placèrent sous le patronage de Duveyrier, qui devait être leur chef ; l’illustre explorateur écrivit à son vieil ami Ikhenoukhen, et fit le voyage de Tripoli pour se renseigner sur la situation politique des régions sahariennes et sur les relations des Azdjer avec les Turcs[212].
Ces projets, tous parfaitement exécutables, furent écartés, et, à la grande surprise des Touareg, nous ne cherchâmes pas à venger nos morts.
Quant au Transsaharien, l’idée en fut momentanément abandonnée, et, pour clore la grande enquête ouverte en juillet 1879 par M. de Freycinet sur cette vaste conception, le conseil général des Ponts et Chaussées émit l’avis, dans sa séance du 21 juin 1881, « que, puisque l’entreprise d’un chemin de fer transsaharien ne pouvait être abordée que lorsqu’on aurait occupé d’une manière permanente et définitive le Sahara algérien, il y avait lieu d’ajourner toute décision sur le choix d’une ligne pour amorce de ce chemin de fer, et de ne donner suite aux avant-projets présentés qu’autant que l’exécution en serait réclamée dans un intérêt politique et stratégique. »
En cette même année 1881, qui vit le massacre de la mission Flatters, se produisait un événement considérable dans notre histoire coloniale, événement vraiment décisif pour l’avenir de la France dans l’Afrique du Nord. Par le traité de Kasr-Saïd, du 12 mai 1881, la France établissait son protectorat sur la Tunisie. Les conditions de la pénétration saharienne allaient se trouver de ce fait profondément modifiées et améliorées, puisque cette pénétration, au lieu d’avoir pour base l’Algérie seule, allait s’appuyer également sur la régence de l’Est ; celle-ci, présentant par le golfe des Syrtes une échancrure du continent africain qui met la mer en contact direct avec le désert, semblait devoir offrir des facilités particulières pour l’établissement de relations politiques ou commerciales avec le hinterland saharien.
Du côté du Sénégal, après un long temps d’arrêt, les grands projets conçus par Faidherbe étaient repris et poursuivis. Le colonel Brière de l’Isle et l’amiral Jauréguiberry se firent les champions de ces projets, qui donnaient les postes du Haut-Sénégal, et non l’Algérie comme têtes de lignes aux routes commerciales du Soudan. Un poste était établi à Bafoulabé en 1879, à Kita en 1881. Diverses missions d’études furent envoyées ; la principale fut celle du capitaine Gallieni en 1881, qui entra en relations avec le roi de Ségou, Ahmadou, et obtint des résultats géographiques et politiques considérables. Les levés de la mission Derrien ayant démontré l’absence de grands obstacles, on décida, en 1881, la construction d’une première section du chemin de fer du Sénégal au Niger, celle de Kayes à Bafoulabé[213].
Le Gabon comme le Sénégal servait de point de départ à l’acquisition de vastes domaines. Les explorations de Marche, de Brazza et de Ballay attirèrent l’attention publique sur le bassin du Congo. En 1879, P. Savorgnan de Brazza, déjà connu par une exploration de trois ans dans l’Ogooué (1875-78), fondait Franceville, et en 1880 Brazzaville sur le Congo.