Arrivé en ce point, le colonel dut entamer avec les Touareg des négociations qui traînèrent en longueur. Ikhenoukhen ne venait pas, les approvisionnements de la mission s’épuisaient par suite des exigences des Touareg et étaient devenus insuffisants pour poursuivre la marche en avant[190]. Un certain nombre d’incidents, auxquels le Journal de route ne fait qu’une allusion lointaine, mais qui furent révélés par les récits concordants des divers membres de la mission, montrent les véritables causes de cette retraite. L’attitude équivoque des Chaanba de l’escorte faisaient craindre qu’ils n’en vinssent à refuser le service. Flatters, d’après ses instructions, ne devait pas passer de vive force et n’était d’ailleurs pas maître de son personnel indigène. Or, les Imanghasaten avaient une attitude trop menaçante pour qu’on pût espérer qu’ils laisseraient la mission parvenir jusqu’à Ghat ; plusieurs fois sur le point d’être attaquée, elle était presque prisonnière des Touareg qui entouraient son camp. Quant à Ikhenoukhen, s’il est resté inactif lors de la mission Flatters, « ne serait-ce pas, dit M. Schirmer[191], qu’il n’avait plus guère le pouvoir de commander et de punir ? Et de fait, lorsqu’il réclama aux Imanghasaten le droit de passage versé par Flatters et qui aurait dû lui revenir, on ne lui répondit que par une dénégation hautaine. Ce n’est donc pas de son plein gré que Flatters est retourné en arrière[192], et l’on ne peut lui reprocher sans injustice d’avoir manqué de patience et de résolution. La vérité est qu’il a été constamment paralysé par le mauvais vouloir des Touareg et de son personnel indigène. »
La première mission Flatters avait obtenu d’importants résultats géographiques ; elle avait fait un levé de plus de 1.200 kilomètres dans un pays à peu près inconnu. Elle rapportait des renseignements précis sur la région au sud d’Ouargla ; elle avait reconnu la région des grands gassis, c’est-à-dire la trouée de l’Igharghar, passage à peu près libre de sables à travers les dunes de l’Erg oriental ; elle avait relevé topographiquement le contour septentrional du Tassili des Azdjer, le relief des montagnes et les pentes des vallées[193]. Outre le Journal de route, les documents de la première mission comprennent un mémoire géographique et météorologique avec tableaux explicatifs, dû à M. Béringer ; un mémoire géologique et hydrologique avec plan, dû à M. Roche ; un avant-projet, dû à M. Béringer, d’une ligne de chemin de fer dirigée d’Ouargla vers Amguid sur 610 kilomètres ; une note sur les collections végétales rapportées par la mission ; un mémoire de M. L. Rabourdin sur les âges de pierre du Sahara central.
Au point de vue politique, la première mission Flatters avait échoué. M. Schirmer indique très clairement pour quelles causes. « Elle a échoué[194] parce qu’on s’était mépris sur l’état politique des peuplades qui occupent le Sahara central ; parce que, cherchant des chefs d’Etat, elle n’avait trouvé que des bandes uniquement préoccupées de l’accaparer à leur profit ; parce que Flatters avait recruté son escorte parmi des éléments sur lesquels il n’avait pas de prise, et qu’il s’était trouvé, au moment décisif, sans autorité sur les uns, sans force vis-à-vis des autres, à la merci des Chaanba et des Imanghasaten. »
Malheureusement, Flatters ne voulut convenir, ni vis-à-vis de lui-même, ni vis-à-vis des autres, que sa retraite avait été forcée et non volontaire. Il ne voulut pas se souvenir de la situation grave où s’était un moment débattue la mission, il prodigua les déclarations rassurantes, dans son ardent désir d’être admis à renouveler ses tentatives et de réussir. En vain quelques membres de la commission lui objectèrent qu’il avait été arrêté et presque spolié en route. « L’insuccès pouvait être douteux l’an dernier, écrivait Duponchel[195], il est parfaitement certain aujourd’hui. Dans tout nouvel explorateur qu’on leur enverra sans un appareil militaire suffisant pour garantir sa sécurité et lui ouvrir un passage à main armée, les indigènes du Sahara ne verront qu’une proie facile. »
Flatters n’osa pas non plus dénoncer les inconvénients de ce système bâtard[196], qui ôtait à la mission toute force militaire sans désarmer les défiances et les convoitises ; il repartit sans emmener cette escorte régulière de 200 hommes que pendant son premier voyage il regrettait de ne pas avoir. Les règles qui auraient dû servir de base à l’organisation d’une entreprise de ce genre existent nettement tracées[197] dans les rapports et les écrits des Daumas, des Margueritte, qui ont commandé dans le Sud à l’époque où nous prenions pied dans cette région ; le colonel Flatters avait trop étudié les ouvrages écrits sur la matière pour ne pas savoir parfaitement ce qu’aurait dû être sa mission ; il ne fut pas maître d’appliquer ses idées et se vit forcé de composer sa caravane suivant l’opinion qui avait prévalu dans la Commission transsaharienne.
Le 4 décembre 1880, le lieutenant-colonel Flatters[198], ayant réorganisé sa mission, quitta Ouargla pour se diriger vers l’Ahaggar. La nouvelle mission comprenait quatre membres de l’ancienne, MM. Masson, Béringer, Roche et Guiard, auxquels étaient venus s’adjoindre MM. Santin, ingénieur civil, de Dianous, lieutenant au 14e de ligne, Dennery, Pobéguin, Marjolet et Brame. Le chef de la mission avait renoncé aux chevaux, eu égard aux inconvénients résultant de la nécessité d’emporter vivres et eau pour ces animaux ; le fait était très regrettable, car la première mission avait probablement dû son salut à ses chevaux. Pendant qu’il organisait sa caravane, Flatters reçut une réponse d’Ahitaghel, amenokal des Hoggar, auquel il avait annoncé son intention de revenir vers son pays. Cette réponse était négative, hautaine et menaçante : « Vous nous avez dit de vous ouvrir la route, nous ne vous l’ouvrirons pas[199] ». Le colonel eut le tort d’ajouter foi à deux autres lettres, destinées à atténuer le mauvais effet de celle-là, et de ne pas tenir compte des avis peu rassurants qu’il recevait de toutes parts, notamment de M. Féraud, consul général à Tripoli[200]. En outre, il n’observa pas l’ordre de marche sévère qui est indispensable au Sahara, se gardant mal, ne craignant pas de faire lui-même, en avant de la colonne, des reconnaissances qui duraient plusieurs jours, laissant les visiteurs parcourir son camp à leur gré et leur accordant les cadeaux qu’ils demandaient[201]. Flatters allait être victime chez les Hoggar de son optimisme systématique, après avoir risqué le même sort chez les Azdjer.
D’Ouargla, la mission suivit une route non encore relevée par les Européens : l’Oued-Mya et le rebord oriental du Tademayt, pour aller rejoindre la vallée de l’Igharghar à Amguid. Elle donna de ses nouvelles d’Hassi-Inifel, d’Hasi-Messeguem, d’Amguid, enfin d’Inziman-Tikhzin (25° 30′ lat. N.), près de la saline d’Amadghor. Chacune de ses dépêches contenait une portion du journal de route, une carte dressée par l’ingénieur Béringer et une note géologique rédigée par l’ingénieur Roche. Dans la dernière, Flatters annonçait qu’il comptait atteindre en 25 jours Assiou, sur le grand chemin des caravanes qui vont de Tripoli à Kano par l’Aïr. Mais, 18 jours après avoir écrit ces lignes, à quelques journées de marche au Nord du puits d’Assiou, le colonel Flatters et ses compagnons étaient massacrés dans un guet-apens préparé par les guides, résolu à l’instigation des gens d’In-Salah, et pour lequel toutes les fractions des Hoggar, sauf une, avaient fourni des contingents[202].
Après avoir quitté Inziman-Tikhzin, la mission passa à la Sebkha d’Amadghor et gagna le puits de Temassint. Le 16 février 1881, Flatters n’hésita pas à s’éloigner de son camp et à aller avec une faible escorte, poussant tous ses chameaux devant lui, rechercher l’emplacement du puits où il voulait abreuver ses animaux[203]. C’est là que lui et ses compagnons trouvèrent une mort héroïque, en faisant chèrement payer leur vie à leurs agresseurs. Le puits tristement célèbre où eut lieu le massacre, connu jusqu’ici sous le nom de Bir-el-Gharama, s’appelle en réalité Hassi-Tadjenout, dans l’Oued-Inhoaoene, ainsi que la mission Foureau-Lamy l’a depuis lors fait connaître. Ce point est situé à 108 kilomètres Ouest-Nord-Ouest de Tadent[204]. Les ossements ont été brûlés, il ne reste pour ainsi dire rien sur les lieux qui témoigne de la tragédie qui s’y déroula. Le puits est à sec et la région paraît n’être plus fréquentée depuis longtemps.
Les survivants de la mission s’enfuirent précipitamment, la plupart périrent dans leur longue et douloureuse retraite, semant la route de leurs cadavres ; manquant de vivres, mourant de faim, ils en étaient réduits à manger les cadavres de leurs compagnons, parfois même à achever les mourants pour les dévorer ; les bandes de Touareg rôdaient autour d’eux comme des hyènes, tantôt leur offrant des dattes empoisonnées avec la bettina (Hyosciamus faleslez), tantôt leur disputant le passage. Une vingtaine d’indigènes seulement parvinrent à regagner Ouargla. On ne compte pas un seul Français parmi les survivants. Telle fut l’issue fatale de cette entreprise.
Les progrès que le colonel Flatters et ses compagnons ont fait faire à la géographie saharienne sont très considérables. De la deuxième exploration, on recueillit des fragments du journal de route provisoire, des feuilles d’itinéraire, des notes géologiques et météorologiques, des observations barométriques et astronomiques. On y joignit des extraits de la correspondance officielle et privée des explorateurs[205]. D’autre part, le Service des Affaires indigènes du Gouvernement général de l’Algérie publiait de son côté le journal de route de la deuxième mission, en le reconstituant à partir d’Inziman-Tikhzin avec les renseignements recueillis auprès des hommes qui avaient échappé au massacre. Les détails anecdotiques tiennent nécessairement la plus grande place dans les dépositions de ces survivants indigènes, qui furent interrogés à Laghouat par le lieutenant Massoutier, à Alger par le capitaine Bernard. Des pièces justificatives, lettres et rapports, avec quelques itinéraires par renseignements, complètent cet ouvrage[206].