La mission Choisy (1879-80) était chargée de comparer les tracés de Laghouat-El-Goléa et de Biskra-Ouargla. Elle était composée de MM. Choisy, ingénieur en chef des Ponts et Chaussées ; Barois, ingénieur des Ponts ; Rolland, ingénieur des Mines ; Dr Weisgerber, lieutenant Massoutier, Descamps, Pech et Jourdan. Partie de Laghouat, la mission gagna El-Goléa en passant par l’Oued-Nili, Aïn-Massin et Hassi-Charef, et en laissant le Mzab à l’Est. Elle revint ensuite sur Ouargla pour atteindre Biskra par Touggourt et l’Oued-Rir. Elle rapportait la conviction que la ligne de Biskra-Ouargla était préférable à tous égards.
En dehors de ce point de vue spécial de l’établissement de la voie ferrée, la mission Choisy, et l’éminent géologue qui en fit partie, M. Georges Rolland, ont puissamment contribué à faire progresser nos connaissances sur la géologie et la géographie physique du Sahara septentrional[181]. Outre un rapport d’ensemble de M. Choisy, les documents de la mission comprennent une étude des lignes par M. Barois et un important travail d’ensemble sur la géologie du Sahara par M. G. Rolland. Des planches et des cartes en grand nombre accompagnent l’ouvrage. Les rapports géologique et hydrologique de M. Rolland, réédités et publiés à part[182], forment encore aujourd’hui la base des études qui se poursuivent sur l’arrière-pays de nos possessions. Outre des aperçus généraux sur l’histoire géologique et sur les diverses formations du Sahara, M. Rolland a donné une étude détaillée des terrains crétacés et des atterrissements tertiaires et quaternaires du Sahara. Le volume d’hydrologie contient une étude d’ensemble sur le régime des eaux souterraines du Sahara crétacé et du Sahara quaternaire oriental ou Bas-Sahara. En somme, l’ouvrage de M. Rolland donne autre chose que les études préliminaires d’une ligne de chemin de fer et conserve son intérêt indépendamment même de cette question ; il renferme non-seulement le résultat des observations de la mission Choisy, mais celui de tous les travaux qui ont eu pour objet la géologie et l’hydrologie du Sahara septentrional jusqu’à la publication, du moins en ce qui concerne le bassin du Melrir, car le bassin de l’Oued-Saoura est presque complètement laissé de côté et n’est l’objet que de renseignements très sommaires.
Pendant que la mission Pouyanne se trouvait dans le Sud-Oranais et que la mission Choisy quittait Laghouat pour se diriger vers El-Goléa, le lieutenant-colonel Flatters, ancien commandant supérieur du cercle de Laghouat, était chargé d’étudier le tracé du Transsaharien au sud d’Ouargla.
Flatters nourrissait sans doute depuis longtemps déjà des projets d’exploration, car, en mai 1862, le maréchal Pélissier ayant cru devoir, relativement aux projets de Jules Gérard, prendre l’avis de Jomard, membre de l’Institut et vice-président de la Société de Géographie de Paris, celui-ci, dans sa réponse au maréchal, « signalait l’aptitude pour les découvertes en Afrique de M. Flatters, jeune homme élevé par les soins du baron Taylor et qui paraissait bien préparé pour un voyage dans l’Afrique intérieure. » Il envoyait en même temps au Gouverneur une lettre du lieutenant Flatters à la Société de Géographie, lui demandant son appui pour un voyage au Touat et à Tombouctou. Ses projets avaient été, disait-il, approuvés par Elie de Beaumont.
Vingt ans plus tard, nous retrouvons Flatters à la tête d’une mission saharienne, qui se composait de MM. Masson, capitaine d’état-major ; Béringer, ingénieur de l’Etat ; Roche, ingénieur des Mines ; Guiard, médecin aide-major ; Bernard, capitaine d’artillerie ; Brosselard et Le Châtelier sous-lieutenants ; Cabaillot et Rabourdin[183].
Le caractère et le but de la mission étaient indiqués dans la lettre que le Ministre des Travaux publics adressait à Flatters, le 7 novembre 1879 : « Je vous charge, y était-il dit, de diriger une exploration, avec escorte indigène, pour rechercher un tracé devant aboutir dans le Soudan entre le Niger et le lac Tchad. Vous aurez à vous mettre en relations avec les chefs des Touareg et à chercher à obtenir leur appui. Je vous invite à me faire connaître, dans le plus bref délai, les bases d’organisation de l’expédition dont il s’agit, de manière à lui conserver un caractère essentiellement pacifique, ce qui est la condition sine qua non de la mission[184]. »
La majorité de la Commission transsaharienne s’était montrée, en effet, absolument opposée à toute expédition affectant une allure militaire, et croyait à la possibilité de nouer des relations pacifiques avec les Touareg. Lorsque le colonel Flatters avait proposé à la Commission supérieure de se charger de la direction de la mission, quelques membres avaient fait à ce choix les plus graves objections[185]. Il leur semblait impossible que la mission pût conserver son caractère pacifique aux yeux des populations sahariennes, si elle avait à sa tête un ancien commandant supérieur, connu pour tel de toutes nos tribus du Sud. C’est alors que Flatters avait offert de renoncer à l’escorte de troupes régulières que la 3e sous-commission, par l’organe de M. Georges Périn, avait déclarée nécessaire à la sécurité de la mission. D’après cette proposition nouvelle, le colonel devait constituer son escorte avec la population indigène, de manière à enlever toute apparence agressive à sa colonne. Ainsi furent levés les scrupules de la majorité de la Commission ; la mission conserva son chef militaire, mais elle n’avait plus l’escorte qui devait la faire respecter. A sa place furent recrutés 50 chameliers et 30 cavaliers méharistes, appartenant presque tous aux Chaanba d’Ouargla. Quelques membres de la Commission s’étaient vivement élevés contre cette manière de faire, notamment le général Arnaudeau, ancien officier de bureau arabe fort au courant des choses du Sud : « On dit, s’écriait-il, qu’on veut être pacifique. N’est pas pacifique qui veut. A quoi bon se faire assassiner pacifiquement ? 150 à 200 soldats aguerris, partie français, partie tirailleurs algériens, peuvent affronter l’attaque des plus fortes bandes sahariennes. Si l’instant n’est pas venu d’agir ainsi, continuons à laisser les explorateurs isolés se lancer à leurs risques et périls, et plutôt que de faire les choses à demi, remettons à plus tard la grande et sérieuse entreprise[186]. »
Quelle était la situation réelle en pays targui ? Elle s’était profondément modifiée depuis l’exploration de Duveyrier et la convention de Ghadamès. Dournaux-Dupéré en 1874, le naturaliste allemand Erwin von Bary en 1877, avaient signalé ces changements. Une guerre civile, qui avait duré dix ans, avait éclaté entre les deux tribus Azdjer des Oraghen et des Imanghasaten, ces derniers faisant cause commune avec la confédération des Hoggar.
Les Turcs avaient profité, pour s’installer à Ghat (1875), de ce que l’émir aux abois leur avait demandé secours, et cette acceptation de la domination étrangère était aux yeux des Touareg une tare ineffaçable. L’émir Ikhenoukhen, à l’époque où Flatters sollicitait son concours, avait près de cent ans ; ce n’était plus le rude guerrier dont les colères étaient jadis redoutées de tous les Azdjer ; son bras s’était affaibli, sa clientèle réduite dans la guerre malheureuse soutenue contre les Hoggar, et, même dans sa propre tribu, son autorité n’était plus acceptée sans conteste. A côté de lui avaient grandi des personnalités rivales, telles que ce cheikh Bou Beker, qui avait laissé tuer Mlle Tinné, confiée à sa garde, et qu’Ikhenoukhen n’avait pas osé punir[187]. Quant aux Hoggar, leur hostilité farouche ne faisait pas de doute et s’était manifestée à plusieurs reprises.
Partie de Biskra le 1er février 1880, la mission Flatters se dirigea sur Ouargla, puis gagna Temassinin par Aïn-Taïba et El-Biodh, à travers la région des dunes. A Temassinin, Flatters apprit qu’Ahitaghel, amenokal des Hoggar, se trouvait campé très loin, au Sud-Ouest du massif de l’Ahaggar, et qu’Ikhenoukhen et les chefs Azdjer se trouvaient à Ghat. Au lieu de descendre vers le Sud comme c’était son intention première, il résolut de s’approcher de Ghat pour avoir une entrevue avec Ikhenoukhen[188] ; d’ailleurs, les Chaanba de l’escorte menaçaient de faire défection si on les menait chez les Hoggar. Flatters remonta donc la vallée des Ighargharen jusqu’au lac Menghough, située par 26° 30′ de latitude Nord[189].