En envoyant à Marillac, l'ordonnance et les troupes qui vont lui permettre de mettre son plan à exécution, Louvois multiplie les précautions pour dissimuler l'existence même de ce plan.
«Sa Majesté, écrit-il, à Marillac, a trouvé bon de faire expédier l'ordonnance que je vous adresse, par laquelle elle ordonne que ceux qui se seront convertis, seront, pendant deux années, exempts du logement des gens de guerre. Cette ordonnance pourrait causer beaucoup de conversions dans les lieux d'étape…
«Elle m'a commandé de faire marcher, au commencement du mois de novembre prochain, un régiment de cavalerie en Poitou, lequel sera logé, dans les lieux que vous aurez pris soin de proposer entre ci et ce temps-là, dont elle trouvera bon que le grand nombre soit logé chez les protestants; mais elle n'estime pas qu'il faille les y loger tous; c'est-à-dire que de vingt-six maîtres dont une compagnie est composée, si, suivant une répartition juste, les religionnaires en devaient porter dix, vous pouvez leur en faire donner vingt et les mettre tous chez les plus riches des dits religionnaires, prenant pour prétexte que, quand il n'y a pas un assez grand nombre de troupes dans un lieu pour que tous habitants en aient, il est juste que les pauvres en soient exempts et que les riches en demeurent chargés… Sa Majesté désire que vos ordres sur ce sujet soient, par vous ou vos subdélégués, donnés de bouche aux maires et échevins des lieux, sans leur faire connaître que Sa Majesté désire, par là, violenter les huguenots à se convertir, et leur expliquant seulement que vous donnez ces ordres sur les avis, que vous avez eus que, par le crédit qu'ont les gens riches de la religion dans ces lieux là, ils se sont exemptés au préjudice des pauvres.»
En dépit de ces instructions, Marillac logea les troupes exclusivement chez les huguenots, qu'ils fussent riches ou pauvres. Lièvre, dans son histoire du Poitou, relève ce fait que, à Aulnay, une recrue ayant été logée indistinctement chez tous les habitants, le subdélégué de l'intendant, accompagné de deux carmes, alla de maison en maison, déloger les soldats mis chez des catholiques, et les conduisit chez des huguenots.
Fidèle à sa politique de prudence, au début de la campagne des conversions par logements militaires, Louvois mettait sa responsabilité à couvert, en blâmant officiellement, les violences trop grandes, surtout lorsqu'elles avaient provoqué des plaintes trop retentissantes.
C'est ainsi qu'il blâmait l'intendant de Limoges, d'avoir logé les soldats uniquement chez les huguenots, et d'avoir souffert le désordre des troupes. Il réprimandait de même Marillac, à raison de l'affectation qu'il mettait, à accabler les huguenots de logements militaires, à souffrir que les soldats fissent chez leurs hôtes des désordres considérables, et enfin à emprisonner ceux qui avaient l'audace de se plaindre. Une telle conduite étant de nature à sembler, disait-il, justifier les plaintes que les religionnaires font dans les pays étrangers, d'être abandonnés à la discrétion des troupes.
En blâmant officiellement ce qu'il approuvait en secret, Louvois avait soin de formuler son blâme, assez discrètement pour ne pas décourager le zèle de ses collaborateurs. Reprochant à Boufflers d'avoir mis les soldats à loger à discrétion chez les huguenots, il dit: «c'est de quoi j'ai cru ne devoir écrire qu'à vous afin que, sans qu'il paraisse qu'on désapprouve rien de ce qui a été fait, vous puissiez pourvoir à ce que ceux qui sont sous vos ordres restent dans les bornes prescrites par Sa Majesté.» Écrivant à un intendant, pour blâmer un commandant de troupes qui a permis au maire de Saintes d'employer ses soldats, hors de son territoire, pour violenter les huguenots à se convertir, il arrive à cette conclusion, à l'égard de ces deux coupables. «Sa Majesté n'a pas jugé à propos de faire une plus grande démonstration contre eux, puisque ce qu'ils ont fait a si bien réussi, et qu'elle ne croit pas qu'il convienne qu'on puisse dire aux religionnaires que Sa Majesté désapprouve quoi que ce soit de ce qui a été fait pour les convertir.»
C'est à Louvois qu'étaient adressées les lettres des gouverneurs et des intendants, et quand il y avait quelque communication délicate à faire, ceux-ci imitaient l'exemple de Noailles écrivant:
«Qu'il ne tardera pas à lui envoyer (à Louvois) quelque homme d'esprit pour lui rendre compte de tout le détail et répondre à tout ce qu'il désire savoir, mais ne saurait s'écrire.»
On ne saurait donc s'étonner de ce que «aussi bien lors de la première dragonnade du Poitou, qu'au moment de la grande dragonnade du Béarn en 1685, mettant sur les bras des huguenots toute l'armée rassemblée sur les frontières de l'Espagne» — les relations officielles mises sous les yeux du roi se taisent sur les hauts faits des missionnaires bottés.