Les femmes et les filles huguenotes livrées à la dure main des religieuses, ne pouvaient recevoir ni une visite ni une lettre, et, dans leur isolement, leur raison se perdait ou leur constance devait céder. «Sa Majesté, écrit le secrétaire d'État à la supérieure des nouvelles catholiques, a été informée que quelques unes de ces femmes refusent d'entendre les instructions qu'on veut leur donner, sur quoi elle m'ordonne de vous dire d'avertir celles qui les refuseront que cette conduite déplaît à Sa Majesté, et qu'elle ne pourra s'empêcher de prendre à leur égard des résolutions qui ne leur seront pas agréables.»
L'ordonnance du 8 avril 1686 prescrit, de par le roi, à la supérieure d'avertir ses pensionnaires qu'il faut «qu'elles écoutent avec soumission et patience les instructions qui leur seront données, en sorte que dans le temps de quinzaine, du jour qu'elles seront reçues dans la maison, _elles puissent faire leur réunion; _et, au cas qu'elles ne le fassent pas dans ledit temps, enjoint à ladite supérieure d'en donner avis pour y être pourvu par Sa Majesté ainsi qu'elle verra bon être.»
Les mesures peu agréables qu'on trouvait bon de prendre contre les opiniâtres, c'était l'envoi dans des couvents plus durement menés, dans les prisons, ou enfin à l'hôpital général.
Les demoiselles Besse et Pellet restent longtemps aux nouvelles catholiques de Paris sans céder, on les envoie dans un couvent d'Ancenis, et l'évêque de cette ville reçoit de Pontchartrain cette instruction: «_On leur donne trois mois _pour se rendre raisonnables, à la suite desquels on les mettra à _l'hôpital général _pour le reste de leurs jours.»
Avec le désordre des temps, dit Michelet, que devenait une femme à l'hôpital, dans cette profonde mer des maladies, des vices, des libertés, du crime, la Gomorrhe des mourants?
On faisait tout pour ne pas être jeté dans ces maisons de mort qu'on appelait alors des hôpitaux; ainsi, en temps de famine il fallait que les troupes fissent des battues pour ramasser les vagabonds et les mendiants, préférant la mort à l'hôpital.
Là, couchaient côte à côte, dans le même lit, cinq ou six malheureux, parfois plus, les sains avec les malades, les vivants avec les morts qu'on n'avait pas toujours le temps d'enlever; dans ces foyers d'infection toute maladie contagieuse, se propageant librement, s'éternisait; — à Rouen, en 1651, plus de 17 000 personnes furent enlevées par la peste dans les hôpitaux. L'hôpital de la Santé, dit Feillet, n'était plus qu'un sépulcre, les pauvres qui étaient frappés du mal dans leur logis, aimaient mieux y périr sûrement que d'être portés dans un lieu où ils se trouvaient huit ou dix dans un même lit, quelquefois un seul vivant au milieu de sept ou huit morts.
Nulle précaution pour empêcher les maladies contagieuses de se propager dans l'hôpital et au dehors. En 1652, les administrateurs des hôpitaux de Paris, vu l'affluence des malades (il en était arrivé 200 en un seul jour à l'Hôtel-Dieu où il y en avait déjà 2 400), décident que l'hôpital Saint-Louis, spécialement destiné aux pestiférés, sera ouvert aux blessés; tant pis pour les blessés, on se bornera à interdire autant que possible la communication avec le dehors. Voici comment on se préoccupait peu de préserver la population du dehors des maladies régnant dans les hôpitaux. «On vendait aux pauvres, dit Feillet, les habits de ceux qui étaient morts à l'hôpital, sans les assainir, après les avoir tirés du dépôt infect où ils avaient été entassés pêle-mêle, et dont le seul nom _la pouillerie _inspire l'horreur… on en vendait annuellement pour cinq cents livres; qu'on se figure combien de misérables haillons, couverts de vermine, et recelant dans leurs plis les germes funestes des maladies, représente cette somme.»
Les hôpitaux n'étaient pas seulement des foyers d'infection, ils ne différaient en rien des maisons de correction. Le malade, le pauvre, le prisonnier qu'on y jetait, était considéré comme un pécheur frappé de Dieu, qui, d'abord, devait expier. Il subissait de cruels traitements.
On y entassa les huguenots après les dragonnades, et ils eurent à y souffrir cruellement. La veuve de Rieux, envoyée à l'hôpital général, en février 1698, résista à tout, et en septembre 1699, d'Argenson écrit: «On n'a pu lui inspirer des sentiments plus modérés, ni même lui faire _désirer _la maison des nouvelles catholiques, tant elle appréhende d'être instruite et de ne pas mourir dans son erreur… Elle est d'un âge _très avancé _et cette circonstance doit d'autant plus, exciter le _zèle _des ecclésiastiques qui la soignent.»