L'armée française, traversant le grand bras du Danube sur les trois ponts d'Ebersdorf, se massa dans l'île de Lobau, où l'Empereur réunit 150,000 hommes. Le prince Charles, de son côté, rassembla des forces égales sur la rive gauche, où les troupes autrichiennes, placées sur deux lignes, formaient un arc immense, afin d'envelopper les parties de l'île de Lobau qui leur faisaient face. À la droite des ennemis, la pointe de cet arc s'appuyait au Danube à Florisdorf, Spitz et Iedelsée. Leur centre occupait les villages d'Essling et d'Aspern, fortement retranchés et nouvellement reliés l'un à l'autre par des ouvrages armés d'une nombreuse artillerie. Enfin, la gauche de l'arc formé par l'armée autrichienne se trouvait à Gross-Enzersdorf, ayant un fort détachement à Mühlleiten. Le prince Charles surveillait donc exactement tous les points de l'île de Lobau par où nous pouvions déboucher; mais comme il était persuadé, on ne sait pourquoi, que Napoléon l'attaquerait par son centre, en passant le petit bras du Danube entre Essling et Aspern, ainsi qu'il l'avait fait au mois de mai, le généralissime avait concentré toutes ses forces dans les vastes plaines qui s'étendent depuis ces villages jusqu'à Deutsch-Wagram et à Markgrafen-Neusiedel, gros bourg situé sur le ruisseau de Russbach, dont les rives, fort encaissées et dominées par des hauteurs, offrent une excellente position défensive. Du reste, le prince Charles avait peu de troupes à sa droite, et encore moins à sa gauche, parce qu'il avait prescrit à l'archiduc Jean, son frère, commandant l'armée de Hongrie, de quitter Presbourg avec les 35,000 hommes dont il disposait, et de se trouver le 5 juillet au matin à Unter-Siebenbrünn, pour s'y relier avec la gauche de la seconde ligne de la grande armée autrichienne: mais le prince Jean n'exécuta pas cet ordre.
D'après les instructions de l'empereur Napoléon, l'armée française commença son attaque le 5 juillet, à neuf heures du soir. Un orage épouvantable éclatait en ce moment; la nuit était des plus obscures, la pluie tombait à torrents, et le bruit du tonnerre se mêlait à celui de notre artillerie, qui, garantie des boulets ennemis par un épaulement, dirigeait tous ses feux sur Essling et Aspern, afin de confirmer le prince Charles dans la pensée que nous allions déboucher sur ce point; aussi ce fut là qu'il porta toute son attention, sans s'inquiéter aucunement d'Enzersdorf, sur lequel nos principales forces se dirigeaient.
Dès que les premiers coups de canon se firent entendre, le maréchal Masséna, très souffrant encore, fut placé dans une petite calèche découverte, que ses aides de camp entouraient, et il se fit conduire vers le point sur lequel devait commencer l'attaque. L'Empereur nous rejoignit bientôt; il était très gai et dit au maréchal: «Je suis enchanté de cet orage: quelle belle nuit pour nous! Les Autrichiens ne peuvent voir nos préparatifs de passage en face d'Enzersdorf, et ils n'en auront connaissance que quand nous aurons enlevé ce poste essentiel, quand nos ponts seront placés et une partie de mon armée formée sur la rive qu'ils prétendent défendre…»
En effet, le brave colonel Sainte-Croix, après avoir fait débarquer en silence les 2,500 grenadiers, prit terre sur la rive ennemie en face d'Enzersdorf. Un régiment de Croates bivouaquait sur ce point. Attaqué à l'improviste, il se défend néanmoins avec acharnement à la baïonnette; mais nos grenadiers, animés par la voix de Sainte-Croix qui s'était jeté au plus fort de la mêlée, enfoncent les ennemis, et ceux-ci se retirent en désordre sur Enzersdorf. Ce gros bourg, environné d'une muraille crénelée, précédé d'une digue taillée en forme de parapet, était rempli d'infanterie, tandis que des flèches en terre couvraient toutes les entrées. Enlever ce bourg était d'autant plus difficile que le feu avait incendié les maisons, et que la garnison pouvait être d'un moment à l'autre soutenue par la brigade autrichienne du général Nordmann, placée un peu en arrière, entre le bourg d'Enzersdorf et celui de Mühlleiten. Mais aucun obstacle n'arrête Sainte-Croix, qui, marchant à la tête de ses grenadiers, enlève les ouvrages extérieurs, poursuit les ennemis l'épée dans les reins et entre pêle-mêle avec eux dans le redan qui couvre la porte du Midi. Cette porte était fermée; Sainte-Croix la fait enfoncer sous une grêle de balles, que la garnison lançait par les créneaux du mur d'enceinte. Une fois maîtres de ce passage, le colonel et ses braves soldats se précipitent dans l'intérieur du bourg, dont la garnison, affaiblie par les énormes pertes qu'elle vient d'éprouver, se réfugie dans le château; mais à la vue des échelles que Sainte-Croix fait apporter pour donner l'assaut, le commandant autrichien demande à capituler. Ainsi, Sainte-Croix, auquel ce beau fait d'armes fit le plus grand honneur, resta maître d'Enzersdorf, à la grande satisfaction de l'Empereur, dont cette capture servait merveilleusement les projets. Il prescrivit à l'instant de jeter huit ponts sur le petit bras du Danube, entre l'île de Lobau et le bourg d'Enzersdorf.
Le premier de ces ponts, d'une construction jusqu'alors inconnue, avait été inventé par l'Empereur. Il paraissait n'être que d'une seule pièce; cependant, il se trouvait divisé en quatre sections qu'unissaient des charnières, ce qui lui permettait de contourner et de suivre les sinuosités du rivage. Arrivé dans le bras du Danube, un de ses bouts fut fixé aux arbres de l'île de Lobau, tandis qu'à l'aide d'un câble, porté par un bateau, on dirigeait l'autre extrémité vers la rive opposée. Poussé par le courant, ce pont d'un nouveau genre, tournant sur lui-même, fit un à-droite complet, et put servir à l'instant même. Les sept autres furent complètement établis un quart d'heure après, ce qui permit à Napoléon de faire passer rapidement sur la rive gauche les corps de Masséna, Oudinot, Bernadotte, Davout, Marmont, l'armée du prince Eugène, les réserves d'artillerie, toute la cavalerie, enfin la garde.
Pendant que l'Empereur s'empressait de profiter des avantages que lui offrait la prise du bourg d'Enzersdorf, le prince Charles, toujours persuadé que son adversaire voulait déboucher entre Essling et Aspern, perdait son temps et ses munitions, pour jeter une grêle de boulets et d'obus sur la partie de l’île de Lobau située en face de ces deux villages, pensant qu'il faisait éprouver de grandes pertes aux troupes françaises, qu'il supposait être agglomérées en ce lieu. Ces projectiles ne produisirent aucun effet, car nous n'avions sur ce point que quelques éclaireurs dispersés et protégés par des épaulements en terre, tandis que le gros de nos troupes, massé du côté d'Enzersdorf, traversait le petit bras du Danube et se massait sur la rive gauche. Le généralissime autrichien fut stupéfait, le 5 juillet au matin, lorsqu'en se dirigeant sur l'ancien champ de bataille, entre Essling et Aspern, où il comptait nous combattre avec avantage, au moment où nous déboucherions de l'île de Lobau, il s'aperçut que son aile gauche était tournée par l'armée française qui marchait déjà sur Sachsengang, dont elle ne tarda pas à s'emparer. Surpris sur sa gauche et menacé sur ses derrières, le prince Charles fut obligé, pour nous faire face, d'exécuter un immense mouvement rétrograde vers le ruisseau de Russbach, en reculant constamment devant Napoléon, tandis que nos divers corps d'armée se plaçaient à leur ordre de bataille, dans l'immense plaine ouverte devant eux.
Afin de n'être pas surpris par l'arrivée du prince Jean, dans le cas où celui-ci, venant de Hongrie, paraîtrait sur notre aile droite, à Unter-Siebenbrünn, l'Empereur envoya en observation sur ce point trois fortes divisions de cavalerie, ainsi que plusieurs bataillons, soutenus par de l'artillerie légère. Ces troupes étaient considérées comme hors ligne et destinées à arrêter le premier effort du prince Jean jusqu'à l'arrivée des réserves. Quant au gros de l'armée, sa droite, formée par le corps de Davout, se porta sur Glinzendorf et le Russbach. Le centre était composé par les Bavarois, les Wurtembergeois, les corps d'Oudinot, de Bernadotte, et l'armée d'Italie. La gauche, aux ordres de Masséna, longeait le petit bras du Danube, dans la direction d'Essling et d'Aspern. Chacun de ces corps devait enlever en marchant les villages qui se trouvaient devant lui. La réserve se composait du corps de Marmont, de trois divisions de cuirassiers, d'une nombreuse artillerie et de toute la garde impériale. Enfin, le général Régnier, avec une division d'infanterie et de nombreux artilleurs, restait à la garde de l'île de Lobau, en avant de laquelle on rétablit l'ancien pont, qui nous avait servi lors de la bataille d'Essling.
À la plus horrible des nuits avait succédé la plus belle journée. L'armée française, en grande tenue de parade, s'avance majestueusement dans l'ordre le plus parfait, précédée par une immense artillerie qui écrase tout ce que l'ennemi tente de lui opposer. Les régiments dont se composait la gauche autrichienne, précédée par le général Nordmann, furent les premiers exposés à nos coups. Chassés d'Enzersdorf et de Mühlleiten, ils essayèrent de défendre Raschdorf, mais ils furent repoussés, et le général Nordmann périt dans le combat. Cet officier était Alsacien; ancien colonel des housards de Bercheny, il avait passé à l'ennemi en 1793, avec une partie de son régiment, en même temps que Dumouriez, et s'était mis au service de l'Autriche.
La marche de l'armée française n'éprouvant aucune résistance sérieuse, nous occupâmes successivement Essling, Aspern, Breitenlée, Raschdorf et Süssenbrünn. Jusqu'à ce moment, la première partie du plan de Napoléon avait réussi, puisque ses troupes venaient de franchir le dernier bras du Danube et occupaient les plaines de la rive gauche. Cependant, rien n'était encore décidé, tant que nous n'avions pas battu et entamé sérieusement l'ennemi. Celui-ci, au lieu de réunir toutes ses forces sur le ruisseau de Russbach, commit la faute énorme de les diviser, en opérant sa retraite par deux lignes très divergentes, l'une sur Markgrafen-Neusiedel, derrière le Russbach, et l'autre sur les hauteurs de Stamersdorf, où les troupes de l'aile droite autrichienne se trouvaient évidemment trop éloignées du champ de bataille.
La position qui borde le Russbach est forte, domine la plaine et se trouve protégée par ce ruisseau qui, bien que peu large, forme un très bon obstacle, parce que ses bords étant très escarpés, l'infanterie ne peut les franchir qu'avec difficulté, et que la cavalerie et l'artillerie n'avaient d'autre passage que les ponts situés dans les villages occupés par les Autrichiens. Cependant, comme le Russbach était la clef de la position des deux armées, Napoléon résolut de s'en emparer, et fit en conséquence attaquer Markgrafen-Neusiedel par Davout, Baumersdorf par Oudinot et Deutsch-Wagram par Bernadotte, tandis que le prince Eugène, secondé par Macdonald et Lamarque, passait le ruisseau entre ces deux villages. L'artillerie légère de la garde écrasa par son feu les masses autrichiennes; mais le maréchal Bernadotte, à la tête des Saxons, fit une attaque si molle sur Wagram, qu'il ne réussit pas. Les généraux Macdonald et Lamarque, franchissant le Russbach, mirent un moment en péril le centre ennemi; mais le prince Charles, s'élançant bravement sur ce point avec ses réserves, contraignit nos troupes à repasser le ruisseau.