Il paraît que le jour où Masséna s'était servi de ce bizarre expédient, souvent employé par lui lorsqu'il était contrebandier, le général Bonaparte, nouvellement placé à la tête de l'armée, comprenant que, arrivé très jeune au commandement en chef, il devait par cela même se montrer sévère envers les officiers qui manquaient à leur devoir, ordonna de traduire Masséna devant un conseil de guerre, sous l'inculpation d'avoir abandonné son poste, ce qui entraînait la peine de mort ou tout au moins sa destitution!… Mais au moment où ce général allait être arrêté, commença la célèbre bataille de Montenotte, dans laquelle les divisions Masséna et Augereau firent deux mille prisonniers, prirent quatre drapeaux, enlevèrent cinq pièces de canon et mirent l'armée autrichienne dans une déroute complète!… Après ces immenses résultats, auxquels Masséna avait si grandement contribué, il ne pouvait plus être question de le traduire devant des juges. Sa faute fut donc oubliée, et il put poursuivre sa glorieuse carrière.
On le vit se distinguer à Lodi, Milan, Vérone, Arcole, enfin partout où il combattit, mais principalement à la bataille de Rivoli, et ses succès lui firent donner par le général Bonaparte le glorieux surnom d'enfant chéri de la victoire!… Les préliminaires de la paix ayant été signés à Léoben, Masséna, qui avait pris une si grande part à nos victoires, reçut la mission d'en porter le traité au gouvernement. Paris l'accueillit avec les marques de la plus vive admiration, et partout le peuple se pressait sur son passage, chacun voulant contempler les traits de ce fameux guerrier. Mais bientôt cet éclatant triomphe de Masséna fut obscurci par son amour exagéré de l'argent, qui fut toujours son défaut dominant.
Le général Duphot, ambassadeur de France à Rome, avait été assassiné dans cette ville. Une partie de l'armée d'Italie, sous le commandement de Berthier, fut chargée d'aller en tirer vengeance; mais ce général, bientôt rappelé par Bonaparte qui voulait l'emmener en Égypte, céda la place à Masséna dans le commandement de l'armée de Rome. Peu de temps après l'arrivée de ce général, qu'on accusait déjà de s'être procuré beaucoup d'argent durant les campagnes faites les années précédentes en Italie, l'armée se plaignit d'être en proie à la misère, sans vêtements et presque sans pain, tandis que les administrateurs, prélevant de nombreux millions sur les États du Pape, vivaient dans le luxe et l'abondance. L'armée se révolta et envoya une députation de cent officiers demander compte à Masséna de l'emploi de cet argent. Soit que le général ne pût en justifier, soit qu'il se refusât à le faire par esprit de discipline, Masséna ne consentit pas à se disculper, et les troupes ayant persisté dans leur demande, il se vit forcé de quitter Rome et d'abandonner le commandement de l'armée. Dès son retour en France, il publia un mémoire justificatif, qui fut mal accueilli par le public, ainsi que par la plupart de ses camarades auxquels il l'adressa; mais il fut surtout peiné de ce que le général Bonaparte partît pour l'Égypte sans répondre à la lettre qu'il lui avait écrite à ce sujet.
Cependant, une nouvelle coalition, où entraient la Russie, l'Autriche et l'Angleterre, ayant bientôt déclaré la guerre à la France, les hostilités recommencèrent. En de telles circonstances, Masséna, quoiqu'il se fût mal disculpé des accusations portées contre lui, ne pouvait rester dans l'oubli; aussi le Directoire, voulant utiliser ses talents militaires, s'empressa-t-il de lui confier le commandement de l'armée française chargée de défendre la Suisse. Masséna y obtint d'abord de grands avantages; mais ayant attaqué avec trop de précipitation le dangereux défilé de Feldkirch, dans le Vorarlberg, il fut repoussé avec perte par les Autrichiens. À cette époque, notre armée du Rhin, commandée par Jourdan, venait d'être battue à Stockach par le prince Charles, et celle que nous avions en Italie, vaincue à Novi par les Russes aux ordres du célèbre Souvarow, avait perdu son général en chef Joubert, mort sur le champ de bataille. Les Autrichiens, prêts à passer le Rhin, menaçaient l'Alsace et la Lorraine; l'Italie était au pouvoir des Russes que Souvarow conduisait en Suisse en franchissant le Saint-Gothard. La France, sur le point d'être envahie en même temps par ses frontières du Rhin et des Alpes, n'avait plus d'espoir qu'en Masséna. Elle ne fut point trompée dans son attente.
En vain, le Directoire, impatient, et Bernadotte, son turbulent ministre de la guerre, expédient courrier sur courrier pour prescrire à Masséna de livrer bataille: celui-ci, comprenant que la défaite de son armée serait une calamité irréparable pour son pays, ne se laisse point ébranler par les menaces réitérées de destitution, et, imitant la sage prudence de Fabius et de Catinat, il ne veut frapper qu'à coup sûr et décisif, en profitant de l'instant où les circonstances lui donneront une supériorité momentanée sur les ennemis. Ce moment arriva enfin. L'inhabile général Korsakow, ancien favori de Catherine II, s'étant imprudemment avancé vers Zurich, à la tête de 50,000 Russes et Bavarois, pour y attendre son général en chef Souvarow, qui venait d'Italie avec 55,000 hommes, Masséna, s'élançant comme un lion sur Korsakow, avant l'arrivée de Souvarow, le surprend dans son camp de Zurich, bat, disperse ses troupes et les rejette jusqu'au Rhin, après leur avoir fait éprouver des pertes immenses! Puis, se retournant vers Souvarow, que l'héroïque résistance du général Molitor avait arrêté pendant trois jours aux défilés du Saint-Gothard, Masséna défait le maréchal russe comme il avait vaincu son lieutenant Korsakow.
Les résultats de ces divers engagements furent 30,000 ennemis tués ou prisonniers, quinze drapeaux et soixante bouches à feu enlevés, l'indépendance de la Suisse affermie et la France délivrée d'une invasion imminente! Ce fut le moment où la gloire de Masséna fut la plus belle et la plus pure; aussi le Corps législatif proclama-t-il trois fois que son armée et lui avaient bien mérité de la patrie!…
Cependant, les peuples étrangers se préparaient à de nouvelles attaques contre la France, dont le gouvernement et la nation, divisés par les factions, s'accusaient réciproquement des désordres de l'intérieur, ainsi que des revers des armées du Rhin et d'Italie. Le Directoire avili chancelait sous le mépris public, et chacun avouait que cet état de choses ne pouvait durer, lorsque le général Bonaparte, récemment arrivé d'Égypte, accomplit, au 18 brumaire de l'an VIII, le coup d'État prévu depuis deux ans et se plaça à la tête d'un nouveau gouvernement avec le titre de premier Consul. Masséna, homme nul en politique, ne prit aucune part à cette révolution, et bien que peu dévoué au nouvel ordre de choses, il accepta par patriotisme le commandement des débris de l'armée d'Italie que la mort du général en chef Championnet avait momentanément placée sous les ordres de mon père, le plus ancien des généraux divisionnaires.
L'incurie du Directoire avait été si grande qu'à son arrivée à Nice Masséna trouva l'armée dans la plus profonde misère. Des corps entiers rentraient avec leurs armes en France pour demander du pain et des vêtements!… J'ai déjà fait connaître les efforts tentés par le général en chef pour remettre les troupes sur un bon pied, malgré la pénurie qui régnait alors dans la rivière de Gênes, où il s'était jeté avec l'aile droite de son armée lorsque les forces supérieures des Autrichiens l'eurent séparé du centre et de la gauche. Je ne reviens donc pas sur ce que vous connaissez déjà, et me bornerai à dire que Masséna se couvrit d'une gloire immortelle par son courage physique et moral, son activité, sa prévoyance et son intelligence de la guerre. Il garantit de nouveau la France d'une invasion, en donnant au premier Consul, par la ténacité de la défense, le temps de réunir à Dijon l'armée de réserve, à la tête de laquelle Bonaparte traversa les Alpes et vint battre les Autrichiens dans les plaines de Marengo.
Après cette victoire, le premier Consul, retournant en France, crut ne pouvoir confier le commandement de l'armée à un homme plus illustre que Masséna; mais au bout de quelques mois, des griefs semblables à ceux dont s'était plainte jadis l'armée de Rome se produisirent contre lui. Les réclamations s'élevèrent de toutes parts; des impôts nouveaux s'ajoutèrent aux anciens, des réquisitions nombreuses furent frappées sous divers prétextes, et cependant les troupes n'étaient pas payées! Le premier Consul, instruit de cet état de choses, retira brusquement et sans explication le commandement de l'armée à Masséna, qui, rentré dans la vie privée, manifesta son mécontentement en refusant de voter le consulat à vie. Il s'abstint aussi de paraître à la nouvelle Cour; mais le premier Consul ne lui en donna pas moins une arme d'honneur, sur laquelle étaient inscrites les victoires remportées par lui et celles auxquelles il avait contribué.
Quand Bonaparte saisit la couronne impériale et récompensa les généraux qui avaient rendu le plus de services à la patrie, il comprit Masséna dans la première liste des maréchaux et le nomma grand cordon de la Légion d'honneur et chef de la quatorzième cohorte de cet ordre qu'il venait de créer. Ces hautes dignités et les émoluments énormes qui y furent attachés ayant détruit l'opposition faite par Masséna depuis qu'on lui avait retiré le commandement de l'armée d'Italie, il vota pour l'Empire, se rendit aux Tuileries et assista aux cérémonies du sacre et du couronnement.