En reprenant la route à l'Est qui, à longueur égale, exige toujours plus de temps en ces parages, à cause des vents et des courants, que celle que l'on fait à l'Ouest, la petite division navale du grand-amiral eut beaucoup à souffrir de la fatigue, de la pénurie de vivres de campagne et de la chaleur, car on était alors au mois de juillet. Dans la saison qui venait de commencer, la température y est en effet suffocante et presque mortelle aux Européens qui en affrontent les ardeurs. Aujourd'hui même, soit à cause des maladies qui y règnent, soit pour se dérober aux ouragans qui peuvent s'y déclarer, la navigation y est alors presque entièrement interrompue; les bâtiments, quand ils sont forcés de séjourner dans ces pays, s'amarrent à quatre amarres dans le fond le plus reculé de quelque port bien à l'abri; et en général, sur tous les navires qui fréquentent les Antilles, les tentes sont faites dès le matin pour amortir un peu la chaleur sur le pont du bâtiment, et tout travail de force, à moins de circonstances très-pressées, est interdit sur rade, depuis neuf heures du matin jusqu'à cinq heures du soir.
Ces précautions, qui sont loin de suffire de nos jours, et les ressources en hôpitaux, médecins, remèdes, pharmacies et magasins remplis de nos denrées que trouvent nos marins dans ces colonies, manquaient totalement à Colomb ainsi que l'expérience des localités; l'on peut apprécier par là quelle navigation pénible ses bâtiments avaient à faire et combien ils devaient souffrir.
Le 7 juillet, ils mouillèrent, pour prendre quelque repos, à l'embouchure d'une belle rivière. Suivant son habitude, le vice-roi, en signe de prise de possession, y planta une croix; c'était un dimanche matin: un cacique accompagné de plusieurs indigènes voulut être témoin de la cérémonie et Colomb y mit une certaine pompe. La messe fut célébrée avec beaucoup de piété sous un massif de verdure odorante; mais quel ne fut pas l'étonnement de Colomb, lorsque après cette célébration, un vieillard, ami du cacique, s'avança vers lui, avec un maintien fort digne, et lui dit: «J'ai appris que tu étais venu dans ces contrées avec beaucoup de forces, que tu avais soumis plusieurs îles, et que tu as répandu une grande terreur dans divers pays; mais n'en tire pas trop de vanité: les âmes des défunts ont un voyage à accomplir, soit dans un lieu d'horreur et de ténèbres préparé pour ceux qui ont été injustes ou cruels, soit dans un séjour rempli de délices destiné à ceux qui ont fait régner la paix sur la terre et parmi ses habitants. Si donc tu es mortel, aie bien soin de ne faire de mal à qui que ce soit, surtout à ceux qui ne t'en ont pas fait.»
Christophe Colomb, réjoui d'apprendre qu'une aussi saine notion de l'immortalité de l'âme régnait dans les croyances de ces insulaires, fut extrêmement touché de l'allocution que ce vieillard avait prononcée avec une éloquence si naturelle; il le fit assurer, par son interprète, qu'il n'avait été envoyé par ses souverains que dans des vues parfaitement conformes aux doctrines qu'il venait d'entendre, que pour les protéger contre la dévastation ou l'anthropophagie, et que pour soumettre les Caraïbes ou les initier à ces mêmes doctrines. Le vénérable Indien fut très-surpris de comprendre par cette réponse qu'un homme qui lui paraissait aussi extraordinaire que Colomb fût sujet et non pas roi; et quand on lui eut parlé de la beauté de l'Espagne, de la grandeur de ses souverains et des merveilles de l'Europe, il fut saisi d'un désir si violent de s'embarquer avec le grand-amiral et de le suivre, qu'il fallut des efforts inouïs de sa femme, de ses enfants et du cacique lui-même pour l'en dissuader. En commémoration de ce touchant épisode, cette rivière fut nommée Rio-de-la-Misa (rivière de la Messe).
Colomb alla reconnaître le cap de la Croix, et de là il fit route pour la Jamaïque dont il voulait achever l'exploration. Il mouillait presque tous les soirs et il appareillait le matin pour mieux connaître cette île. Dans ses fréquentations avec les naturels, il reçut une visite qui lui rappela, sur une plus grande échelle, le désir du vieillard de Rio-de-la-Misa: ce fut celle d'un cacique et de sa femme suivis de leur famille consistant en deux jeunes filles fort belles, deux fils et cinq de ses frères; tous peints ou tatoués et ornés de plumes, de manteaux, de bijoux, escortés par des porte-étendards et par des Indiens qui faisaient résonner l'air de leurs tam-tams, tambours et trompettes en bois. Ils voulaient aussi s'embarquer avec Colomb et le suivre en Espagne; mais le vice-roi, songeant aux déceptions qu'ils éprouveraient ainsi qu'au malaise auquel ils seraient soumis pendant le voyage, se refusa à cette offre par un sentiment de compassion; il leur fit des présents et il leur dit que, ne devant retourner en Espagne que dans un temps assez éloigné, il était obligé de les prier d'attendre dans leur île, et que, s'il le pouvait, il y reviendrait pour les chercher.
Le 19 du mois d'août, la flottille quitta la Jamaïque; bientôt, elle se trouva près de la longue presqu'île d'Hispaniola connue sous le nom de cap Tiburon, et à laquelle le vice-roi avait donné celui de Saint-Michel. Il côtoya le Midi de l'île; pendant une violente tempête, il eut le bonheur de trouver un abri dans le canal de Saona; mais il n'en fut pas de même des deux bâtiments qui naviguaient avec lui et qui reçurent le mauvais temps en mer: aussi Colomb eut-il beaucoup d'inquiétude sur leur compte.
Étant enfin rejoint par ces bâtiments, il se dirigea vers l'Est pour compléter la reconnaissance des îles Caraïbes. Cependant, cinq mois d'une navigation aussi pénible où tout roulait sur lui, où rien ne se faisait sans qu'il eût bien vu et ordonné, où la surveillance de tous les moments qu'il avait à exercer lui laissait à peine la faculté de prendre quelques heures de repos, toutes ces causes, disons-nous, réagirent de nouveau sur sa constitution; et, succombant, pour ainsi dire, sous le poids de la fatigue et sous l'excès de la chaleur, la maladie, qui fit de rapides progrès, le plongea bientôt dans une profonde léthargie presque semblable à la mort. À bord, on crut impossible qu'il revînt à la santé; dans cette supposition, dont on regardait le fatal dénoûment comme très-prochain, on se hâta de se rendre à Isabella où Colomb était encore dans un état complet d'insensibilité, quand la Niña y arriva. Son frère Barthélemy s'y trouvait rendu et l'y attendait; mais dans quelle fâcheuse situation il le revoyait!
Il faut savoir avec quelle tendresse Colomb aimait ce frère pour comprendre l'émotion et le bonheur qu'il éprouva lorsque les soins qu'il reçut, l'ayant rendu à la vie, il vit Barthélemy veillant auprès de son chevet. Il n'en pouvait croire ni ses yeux ni ses oreilles; c'était pourtant bien lui; c'était le compagnon le plus aimé de son enfance; c'était l'émissaire zélé qu'il avait envoyé aux cours de France et d'Angleterre pour faire approuver ses projets; c'était enfin un second lui-même, car, quoiqu'il fût excessivement attaché à son plus jeune frère Diego qui était également présent, cependant il y avait toujours eu des rapprochements plus intimes entre lui et Barthélemy.
C'est à Paris que Barthélemy avait appris la nouvelle de la découverte du Nouveau Monde par son frère, celle de son retour en Espagne, du triomphe qu'on lui avait décerné et des préparatifs d'une seconde expédition qu'il devait commander. Colomb lui avait écrit immédiatement pour l'engager à venir le joindre le plus tôt possible, et c'était bien aussi son intention. Le roi de France Charles VIII, dès qu'il connut ces détails, s'empressa, avec sa libéralité accoutumée, de mettre Barthélemy en état d'accomplir promptement ce voyage, et il lui fit compter l'argent qui pouvait lui être nécessaire pour cet objet. Barthélemy fit alors toute diligence; mais, à cette époque, les moyens de transport étaient fort lents; aussi, quelque hâte qu'il y mît, il ne put atteindre que Séville, le jour même où son frère venait d'appareiller de Cadix.
La reine Isabelle, toujours magnanime, ne se contenta pas de lui en faire témoigner ses regrets, elle fit équiper trois bâtiments dont elle lui donna le commandement pour aller, au plus vite, retrouver son frère bien-aimé; on mit sur ces bâtiments des approvisionnements en tous genres, on pressa leur armement, et Barthélemy mit sous voiles; mais hélas! en arrivant à Isabella, il apprit que le vice-roi venait d'en partir: craignant alors de ne pas le rencontrer en mer faute de données positives, il prit la résolution de rester dans la nouvelle colonie, jusqu'au retour de l'expédition.