Quinze jours avant l'expiration de cette trêve, les ambassadeurs des deux rois entamèrent de nouvelles négociations. Ils se réunirent le 23 novembre près de Courtray, à l'abbaye de Groeninghe, fondée par Béatrice de Dampierre. Ces voûtes pieuses, sous lesquelles se tenaient alors les conférences pour la paix, devaient bientôt résonner du bruit des chants de guerre et des gémissements des mourants.
La nouvelle trêve qui fut conclue ne devait durer que jusqu'au mois de février. Edouard Ier avait juré de ne point traiter de la paix tant que le roi n'aurait point restitué toutes ses conquêtes à Gui de Dampierre. Il paraît qu'à cette époque ce serment était sincère, car, dès le lendemain de la convention de Groeninghe, il écrivit à Hugues de Mortimer, à Jean de Latymer et à d'autres nobles anglais, pour qu'ils s'embarquassent à Sandwich le jour de l'octave de la Saint-André. Le 14 décembre, il adressait de nouvelles lettres en Angleterre pour que d'autres seigneurs, dont il espérait l'appui, se rendissent à Londres le lendemain de la fête de la Circoncision. Cependant ses intentions se modifièrent tout à coup. L'un de ses plénipotentiaires, Guillaume de Heton, archevêque de Dublin, qui avait autrefois étudié la théologie à Paris, y avait peut-être conservé quelques relations avec le roi de France: il est vraisemblable que ce fut ce prélat qui sut persuader au roi de rentrer dans ses Etats pour s'opposer aux invasions des Ecossais; et l'on apprit avec étonnement qu'une trêve de deux ans avait été arrêtée entre les deux rois, et qu'ils avaient remis tous leurs différends à l'arbitrage du pape Boniface VIII. Le comte de Flandre était compris dans cette longue suspension d'armes qui devait commencer le jour de l'Epiphanie 1297 (v. st.).
Les archers gallois, dont l'avidité n'avait pas été satisfaite par le pillage de Damme, virent avec mécontentement se dissiper toutes les espérances qu'ils avaient fondées sur la guerre contre les Français. A défaut d'ennemis, ils résolurent de dépouiller les habitants de la Flandre, et ils formèrent un complot pour mettre le feu à la ville de Gand et la piller à la faveur du désordre. Mais dès que les Gantois remarquèrent l'incendie qui s'allumait, ils soupçonnèrent les projets qui les menaçaient et négligèrent le soin de combattre la flamme pour frapper ceux qui violaient ainsi toutes les lois de l'hospitalité. Six cents Anglais périrent, et la vie du roi lui-même fut en péril. Il fallut que le comte de Flandre intervînt et recourût aux plus humbles prières pour que l'on permît aux Anglais de sortir de Gand: ce ne fut toutefois qu'après avoir défilé à pas lents devant les portes de la ville, sous les yeux des bourgeois, qui leur enlevaient tout ce qui semblait ne point leur appartenir légitimement. Le 3 février 1297 (v. st.), ils se dirigèrent vers Ardenbourg, puis continuèrent leur marche vers l'Ecluse, où Edouard Ier, désormais hostile aux Flamands, attendit plus d'un mois les vaisseaux qui le portèrent au port de Sandwich.
Le théâtre et le caractère de la lutte se modifient: c'est au delà des Alpes qu'il faudra suivre la marche des négociations auxquelles sont attachées les dernières espérances de Gui de Dampierre. Dès que les trêves avaient été proclamées, Michel Asclokettes avait quitté la Flandre pour rejoindre Jacques Beck à Rome. Voici en quels termes il rendait compte de la première audience que lui accorda Boniface VIII: «Dès le jour de mon arrivée, j'ai été admis en la présence du pape; je lui présentai vos lettres et je lui exposai, par telles paroles que Dieu plaça dans ma bouche, l'état de vos affaires, ce qu'il écouta avec bonté. Il me répondit fort affablement pour vous, sire, en rappelant la grande affection et l'amour qu'il portait depuis longtemps à la maison de Flandre; et il ajoutait qu'avec l'aide de Dieu il chercherait à remettre vos affaires dans une bonne situation, puisque les démêlés des rois de France et d'Angleterre allaient être soumis à son arbitrage, car il ne doute pas qu'il n'en résulte une bonne paix. Nous visitâmes ensuite tous les cardinaux; nous leur présentâmes vos lettres en leur recommandant votre besogne; et chacun d'eux, nous répondant séparément, nous a assuré qu'ils conserveraient votre Etat et votre honneur, et l'honneur de la maison de Flandre. Fasse Dieu que ces affaires viennent honorablement à bonne fin, comme nous en avons grand espoir!» Les illusions des ambassadeurs flamands furent courtes. Jean de Menin, qui suivit de près Michel Asclokettes à Rome, put leur apprendre que le roi de France semblait déjà si assuré de l'amitié du roi d'Angleterre, qu'il ne respectait plus la trêve à l'égard des Flamands. Non-seulement il refusait de rendre la liberté au sire de Blanmont et aux autres prisonniers de la bataille de Bulscamp, mais les actes d'hostilité étaient nombreux. Les campagnes n'avaient pas cessé d'être livrées à la dévastation, et Philippe avait même fait saisir les biens des monastères dont les abbés avaient adhéré à l'acte d'appel du comte de Flandre.
Cependant, Robert de Béthune et son frère Jean, déjà connu sous le nom de Jean de Namur, n'avaient pas tardé à se rendre en Italie pour soutenir l'appel interjeté par le comte de Flandre. On a conservé le mémoire qu'ils remirent à Boniface VIII. «Robert, Philippe et Jean, fils du noble comte de Flandre, supplient très-humblement Votre Sainteté, autant que le leur permet le soin de l'honneur et de la dignité de leur père qu'ils remettent avec confiance entre vos mains, de vouloir bien terminer le plus tôt possible leur contestation avec le roi de France, afin qu'ils puissent vivre en paix; et si cette affaire ne peut être terminée actuellement, ils vous supplient d'ordonner que le roi rende du moins immédiatement la liberté à la fille du comte de Flandre, au sire de Blanmont et aux autres prisonniers... Ils vous supplient aussi de veiller à ce que les trêves soient exactement observées...» Le passage le plus important de ce mémoire est celui où ils s'occupent des engagements antérieurs qui ne permettaient point au fils du roi d'Angleterre de conclure un second projet de mariage. «Saint père, votre fils très-dévoué le comte de Flandre s'afflige, et il aura de plus en plus sujet de s'en attrister, de ce que l'union de sa fille avec le fils du roi d'Angleterre, qui était garantie par des serments solennels, ne s'accomplit point. Car c'était une grande chose que d'avoir pour gendre le fils du roi d'Angleterre, et de pouvoir espérer que, lorsque sa fille serait reine, des liens étroits de parenté et d'amitié l'attacheraient à un monarque puissant... C'était aussi une grande chose pour ses sujets que d'être assurés de la paix et de la concorde entre la terre d'Angleterre et celle de Flandre, dont les relations ont été si souvent interrompues, au grand dommage des personnes et de la prospérité générale; car ces terres sont voisines, elles sont accoutumées à avoir fréquemment des rapports commerciaux pour le transport des laines d'Angleterre et des draps de Flandre, et des objets innombrables que l'on trouve dans l'un ou l'autre pays.»
Quels que fussent les efforts de Robert de Béthune, il ne put rien obtenir. Boniface VIII lui avait dit expressément que la seule voie de salut qui restât au comte de Flandre était «de li mettre sa besoigne en main;» et il avait ajouté qu'on ne devait pas craindre qu'il réunît la Flandre à la France, puisque déjà le roi de France avait des possessions trop étendues. Robert de Béthune y consentit à regret et en quelque sorte par nécessité, de peur d'indisposer le pape en restant l'unique obstacle à la paix de la chrétienté. Le 25 juin, les trois fils de Gui de Dampierre se rendirent au palais de Saint-Pierre pour y demander, avec de nouvelles instances, que la Flandre fût comprise dans le traité entre la France et l'Angleterre, puisque le roi d'Angleterre s'était engagé à ne pas traiter sans Gui de Dampierre; mais Boniface VIII leur répondit sévèrement que les affaires de la Flandre ne pouvaient point retarder les négociations entre Edouard Ier et Philippe le Bel. La déclaration pontificale, dont le sens n'était plus douteux, fut publiée deux jours après. Boniface VIII y louait le zèle des deux rois pour faire cesser la guerre et leur projet de confirmer la paix par le mariage du prince de Galles avec Isabelle, fille de Philippe le Bel. «Nous ne voulons point, y disait le pape, que les conventions arrêtées autrefois entre le roi Edouard et le comte de Flandre puissent empêcher le mariage conclu entre les rois de France et d'Angleterre, et par suite le rétablissement de la paix; c'est pourquoi, en vertu de notre autorité apostolique, nous les cassons et annulons complètement.»
Robert de Béthune quitta Rome peu après: sa mission était terminée, et il rentra tristement en Flandre, après s'être arrêté d'abord à Florence pour y recourir à un emprunt onéreux chez les usuriers de la maison des Bardi, puis à Lausanne pour s'y reposer de ses fatigues et de ses inquiétudes aggravées par la fièvre qui l'avait saisi dans les gorges du mont Saint-Bernard.
Gui de Dampierre refusa longtemps de croire à la mauvaise foi d'Edouard Ier. «Cher sire, lui écrivait-il au mois d'août 1298, je suis chaque jour le témoin des grands dommages que me cause le roi de France, et c'est ce qui me porte à recourir si souvent à vous, en qui, après Dieu, je place toute ma confiance et tout mon espoir; car si quelque salut peut exister pour moi, c'est de vous qu'il me doit venir.» Edouard Ier se contentait de répondre qu'il ferait ce qu'il devait faire; mais sa conduite, comme Gui de Dampierre l'écrivait à Jean de Menin, s'accordait mal avec ses paroles.
Un instant le comte de Flandre avait pu espérer qu'à défaut de l'appui de l'Angleterre, celui de l'Allemagne, que lui avait enlevé la mort d'Adolphe de Nassau, lui serait rendu. Philippe le Bel avait voulu profiter de la victoire de Gœlheim pour élever son frère, le comte de Valois, à l'empire. Albert d'Autriche, fils de Rodolphe de Hapsbourg, n'avait combattu que pour reconquérir l'héritage paternel et il refusait de l'abandonner: il se sépara immédiatement du roi de France, et Gui de Dampierre se rendit près de lui à Aix pour assister à son couronnement et recevoir l'investiture de tous les fiefs de Flandre qui relevaient de l'empire. Mais ces espérances furent courtes: Albert d'Autriche ne prit point les armes, et l'évêque de Vicence, qui avait été chargé par le pape de présider à la conclusion du traité de paix entre Edouard Ier et Philippe le Bel, ne tarda pas à se rendre en Flandre. Ce fut probablement l'évêque de Vicence qui remit à Robert de Béthune et à sa fille, la dame de Coucy, une bulle où Boniface VIII reprochait à Gui de ne point écouter ses conseils. «Qu'il considère que ses années, penchant de plus en plus vers leur déclin, le rapprochent chaque jour du terme de la vie; et s'il ne doit désirer que plus vivement de pouvoir faire passer son héritage à ses fils et de laisser ses sujets en paix, qu'il cherche donc, avant d'être arrivé à la fin des trêves, à éloigner tout sujet de dissentiment. Et vous, mon fils, continuait Boniface VIII en s'adressant à Robert de Béthune, considérez en vous-même quels seront tous les biens qui résulteront de la paix, recherchez-la, et sachez que si vous écoutez nos exhortations salutaires, nous vous accorderons notre généreuse faveur; s'il en était autrement, la désobéissance du comte ne paraîtrait à tous que le résultat de son orgueil, et comme nous ne voulons point que notre appui manque au roi dans le cours de sa justice, nous n'hésiterons pas à employer notre autorité apostolique comme nous le croirons le plus utile à sa cause.»
La position de Gui devenait de plus en plus précaire; chaque jour, les chevaliers français trouvaient quelque prétexte pour violer les trêves. Ils avaient d'abord prétendu que la possession des villes de Bruges et de Courtray leur donnait le droit d'occuper tout le territoire des châtellenies qui y étaient attachées, mais ils n'y bornaient plus leurs excursions et les poussaient parfois jusqu'aux portes d'Ypres et de Cassel. Charles de Valois n'avait pas quitté Bruges. Il employa la plus grande partie de l'année 1298 et l'année suivante à y faire construire des fortifications importantes. On approfondit les anciens fossés, près des portes de la Madeleine et de Sainte-Croix; on en creusa de nouveaux depuis la Bouverie jusqu'au Sablon, et de là vers la porte Saint-Jacques. Philippe le Bel, qui craignait d'autant plus les murmures des Brugeois que leur commerce était à demi ruiné, venait de confirmer leurs priviléges. Dans les premiers jours de juillet 1299, le connétable, Raoul de Nesle, leur remit solennellement les lettres revêtues du sceau du roi. Guillaume de Leye, qui les avait cherchées à Montreuil, ne reçut que quarante sous, mais les magistrats firent distribuer quatorze livres aux serviteurs du connétable; de plus, lorsque le chancelier, Pierre Flotte, vint à Bruges, ils lui firent don d'un beau cheval qu'ils avaient acheté à Pierre Heldebolle.