Mais dès qu'il eut appris la triste fin de l'empereur de Constantinople, il jugea prudent de conclure une trêve, dans laquelle étaient insérées des réserves pour les priviléges des marchands flamands dans son royaume (26 octobre 1206).
Le roi d'Angleterre comptait peu sur l'alliance du marquis de Namur, Philippe de Hainaut, qui avait reçu de Baudouin le gouvernement de ses Etats pendant son absence, ainsi que la tutelle de ses filles, dont l'aînée n'avait point quinze ans. Philippe-Auguste avait promis à Philippe de Hainaut la main de Marie de France; peut-être lui avait-il fait également espérer que, lorsque les deux jeunes princesses seraient nubiles, elles pourraient épouser les fils de Pierre de Courtenay, dont la mère était sœur du marquis de Namur. Il obtint, à ce prix, tout ce qu'il désirait: Jeanne et Marguerite de Flandre lui furent remises et conduites à Paris.
Il semblait que les projets de Philippe-Auguste ne dussent plus rencontrer d'obstacles. Son autorité s'était étendue vers le nord et déjà elle menaçait le midi. Une politique habile pouvait, en ranimant les anciennes rivalités de race qui existaient entre les Gallo-Romains et les populations septentrionales, ruiner les vaincus en affaiblissant les vainqueurs. Toute guerre dirigée contre les Provençaux était populaire parmi les hommes d'origine franke, et les peuples de la Flandre crurent aisément que les Albigeois étaient devenus, par leurs hérésies secrètes, les complices des Bulgares qui avaient martyrisé Baudouin. Déjà un moine allemand, nommé Olivier le Scolastique, avait paru en Flandre comme l'apôtre d'une autre guerre sainte, et l'on avait vu, à sa voix, des enfants et des jeunes filles saisir des encensoirs et des drapeaux et demander où était l'Asie. La mission de Jacques de Vitry fut d'autant plus facile lorsqu'il vint prêcher la croisade des Albigeois. L'évêque de Tournay y prit une part active, et elle reçut pour chef Simon de Montfort, qui avait accompagné la comtesse de Flandre à Ptolémaïde. Cinq cent mille hommes se dirigèrent vers le Rhône: les cités les plus riches furent pillées et détruites. A Béziers, le sang rougit les autels; Carcassonne succomba, et Simon de Montfort, vainqueur, à Muret, des armées du roi d'Aragon, reçut l'investiture du comté de Toulouse, comme fief tenu de la couronne de France.
Cependant il y avait en Flandre un pieux vieillard nommé Foulques Uutenhove, dont la sagesse était célèbre. Il comprit le but politique que se proposait le roi de France et l'accusa de vouloir anéantir en même temps la puissance des peuples de la Flandre et la dynastie de leurs princes. Bouchard d'Avesnes, fils de l'illustre ami de Richard Cœur de Lion, se plaça à la tête des mécontents et osa déclarer que, si le roi de France retenait les pupilles du marquis de Namur, la Flandre chercherait un protecteur dans le roi d'Angleterre. Philippe-Auguste jugea qu'il était nécessaire de rendre la liberté aux filles de Baudouin, mais seulement après leur avoir donné des maîtres qui exerçassent le pouvoir en leur nom et n'oubliassent jamais de quelle main ils l'avaient reçu. Il avait jeté les yeux sur Enguerrand et Thomas de Coucy, dont la mère appartenait à la maison de France, et en 1211 il conclut avec eux une convention en vertu de laquelle il s'engageait à leur faire avoir «lesdites damoiselles héritières de Flandre,» moyennant une somme de cinquante mille livres parisis, payables en deux termes, savoir: trente mille livres avant qu'ils fussent saisis desdites damoiselles, et vingt mille livres une année après qu'elles leur auraient été remises. L'évêque de Beauvais, les comtes de Brienne, de Saint-Pol, d'Auxerre, de Soissons, se portèrent garants des engagements d'Enguerrand de Coucy.
La reine Mathilde apprit ce qui avait eu lieu, et quel que fût le caractère solennel des conventions arrêtées, elle se flatta de l'espoir d'enlever l'héritière de la Flandre à la maison de Coucy pour la donner à un prince de sa famille, Ferdinand, fils de Sanche, roi de Portugal, et de Dolcis de Barcelone. Elle s'engagea à payer au roi plus d'or que n'en possédaient les seigneurs de Coucy, et de plus elle lui promit de vastes possessions territoriales. Des propositions si avantageuses furent acceptées avec empressement, et malgré toutes les plaintes d'Enguerrand de Coucy, le mariage de Jeanne de Flandre avec Ferdinand de Portugal ne tarda point à être célébré à Paris. L'acte d'hommage de Ferdinand nous a été conservé; il était conçu en ces termes:
«Moi, Ferdinand, comte de Flandre et du Hainaut, je fais savoir à tous ceux qui verront ces présentes lettres que je suis l'homme lige de mon très-illustre seigneur, le roi de France. J'ai juré de le servir fidèlement, et tant qu'il consentira à me faire droit en sa cour je remplirai ma promesse. Si, au contraire, je cessais de le servir fidèlement, je veux et permets que tous mes hommes, tant barons que chevaliers, et toutes les communes et communautés des villes et des bourgs de ma terre, aident mon seigneur le roi contre moi, et me fassent tout le mal qui sera en leur pouvoir, jusqu'à ce que je me sois amendé à la volonté du roi. Je veux que les barons et les chevaliers prennent le même engagement vis-à-vis du roi, et si l'un d'eux refusait de le faire, je lui ferai tout le mal que je pourrai, et n'aurai avec lui ni paix ni trêve, si ce n'est de l'assentiment du roi.» Sohier, châtelain de Gand, Jean de Nesle, châtelain de Bruges, et d'autres chevaliers, unirent leurs serments à ceux de Ferdinand.
Un second traité avait été conclu à Paris, et il se rapportait au démembrement de la Flandre; mais les dispositions en avaient été tenues secrètes de peur de rencontrer en 1212 la même résistance que vingt années auparavant, lorsque l'archevêque de Reims avait voulu profiter de la mort de Philippe d'Alsace. Tandis que Ferdinand et Jeanne s'arrêtaient à Péronne, des hommes d'armes se présentaient inopinément aux portes d'Aire et de Saint-Omer, et prenaient possession de ces villes importantes.
Peu de jours après, le 24 février, Ferdinand, arrivé près de Lens, déclara qu'il avait remis à Louis, fils du roi de France, les cités d'Aire et de Saint-Omer, qui avaient appartenu autrefois à Elisabeth de Hainaut. Laissant la jeune comtesse de Flandre malade à Douay, il se hâta de se rendre à Ypres et à Bruges pour y faire reconnaître son autorité; mais lorsqu'il parut aux portes de Gand, les bourgeois refusèrent de le recevoir: ils avaient élu pour chefs Rasse de Gavre et Arnould d'Audenarde: dans leur indignation, ils poursuivirent Ferdinand jusqu'à Courtray, et peut-être l'eussent-ils mis à mort s'il n'eût réussi à faire briser les ponts de la Lys.
Ferdinand appela aussitôt auprès de lui la plupart des nobles de Flandre. Il s'avança avec eux jusqu'à Gand, et comme la comtesse Jeanne l'accompagnait, personne n'osa prendre les armes contre l'héritière légitime de Baudouin de Constantinople. Les magistrats de la ville insurgée se soumirent et payèrent une amende de trois cent mille livres. De plus, l'organisation de l'échevinage fut complètement modifiée. Le comte se réserva le droit de choisir, dans les quatre principales paroisses de la ville, quatre hommes probes qui désigneraient, avec son assentiment, treize échevins. Chaque année, d'autres électeurs devaient présider au renouvellement de l'échevinage.
Ferdinand ne tarda point à conduire son armée triomphante vers les bords de la Meuse, où elle se réunit à celle de Philippe, frère de Baudouin. L'évêque de Liége, Hugues de Pierrepont, issu de la maison de Namur, avait été chassé de sa résidence épiscopale par le duc de Brabant, et c'était afin de réparer ce revers qu'il avait convoqué tous ses alliés. Cependant on était arrivé aux journées les plus brûlantes du mois de juillet; d'épaisses nuées de poussière s'élevaient dans les airs et gênaient la marche des hommes d'armes; enfin on apprit avec joie que la paix avait été conclue. Henri de Brabant avait accepté les propositions du comte Ferdinand et s'était engagé à payer une indemnité considérable à l'évêque de Liége; mais, avant que ses promesses eussent reçu leur exécution, des événements importants vinrent modifier la situation des choses.