A l'aile gauche, le combat restait plus douteux. Le comte de Boulogne avait dispersé les hommes d'armes du comte de Dreux; mais le comte de Salisbury était le prisonnier de Jean de Nesle. En ce moment, on aperçut au centre de la plaine les Allemands qui fuyaient, suivis des hommes d'armes du Brabant et du Limbourg; la même terreur se répandit de toutes parts. Renaud de Dammartin était le seul qui ne se laissât point ébranler. Il réunissait autour de lui les débris des milices flamandes qui eussent pu, quelques heures plus tôt, lui assurer la victoire, et les plaçait en ordre de bataille, tous les combattants serrés les uns contre les autres, afin qu'ils présentassent aux chevaliers français un inaccessible rempart. Parfois, il s'élançait de leurs rangs pour chercher quelque illustre adversaire; parfois, il y rentrait pour les exhorter à se bien défendre. Cette petite troupe d'hommes de commune résistait à tous les efforts de la chevalerie française; il fallut que le roi ordonnât à trois mille sergents de les exterminer en les frappant de loin avec leurs lances. Le comte de Boulogne restait presque seul. «Il semblait, dit Guillaume le Breton, qu'il dût triompher de toute une armée.» Suivi de cinq compagnons d'armes, il reparut au milieu des Français, et arriva jusqu'à Philippe-Auguste; mais, au moment de frapper son seigneur suzerain, il hésita et poursuivit sa course vers le comte de Dreux. Il continuait à semer la mort autour de lui, lorsqu'il sentit s'affaisser son coursier percé d'un coup de poignard. Arnould d'Audenarde et quelques chevaliers flamands qui accouraient à son secours partagèrent sa captivité; le même destin les associa à sa gloire et à ses malheurs.
Le soir même de la bataille, le comte de Boulogne fit parvenir à l'empereur Othon un message par lequel il l'engageait à recommencer immédiatement la guerre avec le secours des communes flamandes; il avait compris trop tard que la féodalité, réduite à ses propres forces, était désormais impuissante.
Le roi de France rentra triomphalement dans ses Etats; partout où passait son armée victorieuse, les bourgeois et les laboureurs accouraient pour voir dans les fers ce fameux comte de Flandre, dont naguère encore ils redoutaient les armes. La prison qui le reçut était une tour que Philippe-Auguste venait de faire construire hors de l'enceinte de la ville de Paris; on la nommait la tour du Louvre.
Beaucoup de chevaliers flamands portèrent les mêmes chaînes. «A la journée de Bouvines, dit une ancienne chronique, les deux tiers des châtelains et des autres hommes illustres, tant de Flandre que de Hainaut, furent faits prisonniers.» La plupart avaient remis leur épée à de pauvres bourgeois qu'ils étaient accoutumés à mépriser, et qu'ils rencontraient pour la première fois sur un champ de bataille. La milice d'Amiens, où l'on distinguait les confréries des bouchers, des poissonniers et des gantiers, rangés sous la bannière de saint Martin, amena à Paris dix chevaliers captifs; celle de Corbie en conduisit neuf; celle de Compiègne, cinq; celle d'Hesdin, six; celle de Montdidier, autant que celle d'Hesdin. Parmi les prisonniers dont s'enorgueillissaient les communes de Soissons, de Crespy, de Roye, de Beauvais, de Montreuil, de Noyon, de Craonne, de Vézelay et de Bruyère, se trouvaient les sires de Quiévraing, de Maldeghem, de Borssele, de Wavre, de Grimberghe, de la Hamaide, de Praet, d'Avelin, de Lens, de Condé, de Créquy, de Bailleul, de Gavre, de Ligne, de Lampernesse. Le roi des ribauds intervint dans cette remise solennelle des prisonniers, et il obtint, dit Guillaume le Breton, un noble chevalier nommé Roger de Waffaille.
Peu de semaines après la bataille de Bouvines, une femme, vêtue d'habits de deuil, se précipitait aux pieds du roi de France: c'était la comtesse de Flandre qui venait implorer la délivrance de Ferdinand. Les députés des villes de Flandre et de Hainaut l'accompagnaient et se soumirent avec elle aux ordres de Philippe-Auguste. Dans ces tristes circonstances fut conclu le traité du 24 octobre 1214.
«Moi, Jeanne, comtesse de Flandre et de Hainaut, je fais savoir à tous ceux qui verront ces présentes lettres que j'ai promis à Philippe, illustre roi de France, de lui livrer le fils du duc de Louvain, à Péronne, le jeudi avant les fêtes de la Toussaint. Je ferai détruire les forteresses de Valenciennes, d'Ypres, d'Audenarde et de Cassel, selon la volonté du roi, et elles ne seront reconstruites que de son bon plaisir: quant aux autres forteresses de Flandre, elles resteront dans leur état actuel, et il ne pourra également point en être construit de nouvelles, sans l'assentiment du roi.
«Lorsque tous ces engagements auront été exécutés, le roi disposera, selon son bon plaisir, de monseigneur Ferdinand, comte de Flandre et de Hainaut, et de tous mes hommes de Flandre et de Hainaut, dont il règlera les rançons comme il lui plaira.»
Ce fut vers cette époque qu'il fut permis aux chevaliers détenus dans les prisons du roi de France de les quitter en payant de fortes rançons. Celle de Baudouin de Praet fut de cinq cents livres; celle de Gauthier de Ghistelles, de neuf cents livres: mais il n'y en eut point de plus élevées que celles du sire de Gavre et du vaillant Hellin de Wavrin. La première monta à près de trois mille livres; la seconde dépassa six mille livres, et fut garantie par les sires de Dampierre, de Montmirail, de Miraumont et d'autres nobles barons.
Ferdinand seul ne recouvra point la liberté. Le roi craignait qu'il n'en profitât pour se venger, et préférait la faiblesse de Jeanne: les conseillers qu'il lui avait donnés étaient les châtelains de Gand et de Bruges; Michel de Harnes disposait de la charge importante de connétable. Dès ce moment, Philippe-Auguste considéra la Flandre comme l'une des provinces soumises à son autorité immédiate. Il força l'abbé des Dunes à lui remettre six cents livres sterling que le comte de Boulogne avait laissées en dépôt dans son monastère; en même temps, il priait l'empereur d'Allemagne Frédéric II de rendre à Jeanne les îles de la Zélande et les pays d'Alost et de Waes, dont le rival d'Othon s'était naguère emparé. «La comtesse de Flandre, dit une chronique liégeoise, habita désormais dans sa terre à la volonté du roi.»
Hugues de Boves, plus heureux que Renaud de Dammartin, s'était retiré en Angleterre: des nobles de Flandre, qui redoutaient le ressentiment de Philippe-Auguste, suivirent son exemple. Ils allaient offrir le secours de leur épée au roi Jean, menacé par la grande ligue qu'avaient formée les barons et les députés des communes réunis au pied de l'autel de saint Edmond, protecteur des races anglo-saxonnes.