Cependant Philippe le Bel, qui redoute cette excommunication, s'efforce de la prévenir. Guillaume de Nogaret est parti pour l'Italie avec l'ordre de faire tout ce qu'il jugera à propos pour atteindre le but qui lui est indiqué, quels que soient les moyens. Un capitaine de Ferentino, nommé Supino, a reçu dix mille florins pour servir le roi contre Boniface, tam in vita quam in morte Bonifacii. Au jour marqué pour la promulgation de la sentence d'interdit, Supino et Nogaret entrent dans Anagni suivis de trois cents cavaliers qui répètent leur cri: «Meure le pape! Vive le roi de France!» Les cardinaux investis de la pourpre par Boniface VIII, ses parents, ses amis l'abandonnent. «C'est aussi par trahison, s'écrie-t-il, que Jésus-Christ voulut être saisi et conduit à la mort, et je suis prêt à mourir comme son vicaire.» Revêtu du manteau de saint Pierre, portant sur son front la couronne de Constantin, les clefs et la croix à la main, il se place sur le trône pontifical et voit arriver avec résignation ses ennemis qui le soufflettent et l'outragent. Il dit seulement à Nogaret: «Tu es d'une race de patarins, c'est de toi que j'attends le martyre.» Enfin délivré par le peuple d'Anagni, il se retire à Rome et y meurt presque aussitôt (11 octobre 1303).
Le successeur de Boniface VIII fut l'évêque d'Ostie, Benoît XI. Philippe le Bel s'était fait adresser un long mémoire, aussi bizarre que violent, qui portait le titre de: Supplication du peuple de France au roy. Il l'envoya au nouveau pape, et les ambassadeurs qu'il chargea de le lui remettre furent précisément Plasian et Nogaret. Ce choix était la plus énergique de toutes les insultes, et peut-être aussi la plus terrible de toutes les menaces; mais Benoît XI ne s'intimida point, et leur répondit en prononçant l'excommunication de tous ceux qui, par leurs conseils ou leur appui, avaient été les complices de l'attentat d'Anagni. Un mois ne s'était point écoulé, lorsque le nouveau pape mourut empoisonné à Pérouse.
La part que prend Philippe le Bel aux affaires d'Italie ne lui fait point négliger celles de Flandre. Le 7 octobre 1303, c'est-à-dire dès le commencement de la trêve, il ordonne la levée d'un gentilhomme armé par cent livres de rente, et celle de six sergents à pied par cent feux. Enfin, il s'adresse aux barons pour les prier d'entretenir des troupes à leurs frais, en leur promettant de rétablir le cours des monnaies comme il existait sous le roi Louis IX.
Ce fut au milieu de ces préparatifs belliqueux que Gui de Dampierre sortit de la tour du Louvre pour négocier la paix. Les habitants de la Flandre avaient oublié les années de sa puissance pour ne se souvenir que de celles de sa captivité; il le conduisirent, en versant des larmes de joie, jusqu'au domaine de Winendale, dont les verdoyantes forêts ne devaient point abriter sa tombe.
Celui des fils du comte de Flandre qui prenait le titre de comte de Zélande voulut profiter des trêves qui avaient été conclues avec la France, pour rompre celles qui existaient en Hollande. Il avait à peine quitté la Flandre, qu'il apprit une victoire. Florent de Borssele, instruit que l'évêque d'Utrecht, frère du comte de Hainaut, avait débarqué avec une armée dans l'île de Duveland qu'il mettait à feu et à sang, y était accouru aussitôt pour le combattre. Trois mille Hollandais avaient péri, et l'évêque d'Utrecht lui-même avait été fait prisonnier et envoyé au château de Winendale. Le comte de Zélande ne tarda point à mettre le siége devant Zierikzee, la plus redoutable de toutes les forteresses du comte de Zélande, où s'étaient enfermées un grand nombre de milices de la Frise et du Kennemarsland. Cependant, prévoyant un siége sanglant et opiniâtre, il ne s'arrêta que trois jours devant Zierikzee: il espérait que la terreur répandue par la défaite de l'évêque d'Utrecht lui livrerait toute la Hollande. Delft, Leyde, Gouda, Schiedam lui ouvrirent leurs portes, tandis que le duc de Brabant s'avançait vers Dordrecht pour appuyer le mouvement des Flamands. Utrecht a reconnu également l'autorité du jeune prince, quand une insurrection générale, que dirige Witte de Hamstede, l'oblige à retourner en Flandre pour y chercher de nouveaux renforts. Une flotte nombreuse le ramène en Zélande, et cette fois il a résolu de ne point s'éloigner des remparts de Zierikzee, tant que cette forteresse, constant asile de ses ennemis, n'aura point cédé à ses armes comme toutes les autres villes de la Zélande. Ce siége sera long toutefois, et les messagers du comte de Hainaut se sont rendus à Paris pour supplier Philippe le Bel de le secourir dans cette lutte extrême.
Les derniers jours du mois d'avril étaient arrivés. Le roi de France, qui n'avait vu dans la trêve qu'un moyen de gagner du temps et de sauver Tournay, n'avait fait aucune proposition qui pût conduire à la paix. Le vieux comte de Flandre fut le Regulus du moyen-âge: il avait promis de rentrer dans sa prison; et quels que fussent les mauvais traitements qui l'y attendaient, il fut fidèle à son serment. «Je suis si vieux, disait-il à ses amis, que je suis prêt à mourir lorsqu'il plaira à Dieu.»
Cependant Philippe le Bel fait demander aux Flamands que la trêve qui vient de finir soit renouvelée jusqu'aux fêtes de la Saint-Jean; il a changé de langage et proteste de ses intentions pacifiques: les négociations deviennent plus suivies et semblent près de se terminer par un traité. La Flandre oublie que la fin des trêves approche pour goûter d'avance ce repos de la paix que rien ne lui assure. Au milieu de ces espérances, de cette joie, de ces illusions, un cri de guerre retentit tout à coup. A Gand, un vieillard dont personne ne sait le nom, se présente devant un pêcheur agenouillé sur la rive de l'Escaut. «Ne sais-tu donc pas, s'écrie-t-il, que le roi réunit toutes ses armées? Il est temps que les Gantois renoncent à leur inertie: le lion de Flandre ne doit plus sommeiller.» Le lion de Flandre avait dormi trop longtemps. Philippe le Bel n'avait poursuivi les négociations qu'autant qu'il le fallait pour achever ses préparatifs et tromper la confiance des Flamands. Maître de l'Italie, réconcilié avec le roi d'Angleterre, il pouvait enfin diriger contre la Flandre désarmée toutes les forces de son royaume.
Dès les premiers jours de mars, le roi de France avait établi un impôt extraordinaire qui était de vingt livres parisis par cent livres tournois de revenu en immeubles; et, par une seconde ordonnance du 19 mai, il avait confirmé ce qu'il avait réglé précédemment pour la levée des hommes d'armes. Le ban et l'arrière-ban avaient été convoqués à Arras. Là se rendirent Charles de Valois et Louis d'Évreux, frères du roi, le duc de Lorraine, les comtes de Foix, de Comminges, d'Armagnac, d'Esterac, de Périgord, de Boulogne, de Sancerre, de Dreux, de Dammartin, de Rhodez, d'Eu, de Brienne, de Joigny, de Nevers, de Forez, de Montbéliard, d'Aumale, d'Auxerre, de Soissons, de Savoie, de Saint-Pol, les vicomtes de Tartas, de Turenne, de Ventadour, de Polignac, de Thouars, de Limoges, de Rohan, le dauphin de Vienne, les sires de Béarn, de Noailles, de Narbonne, de Mercœur, de Choiseul, de Montmorency, de Mirepoix, de Vendôme, de Sully, d'Harcourt, de Lusignan, de Rochechouart, de Beaufremont, de Montfort, de Beaumanoir, de Rieux, de Chateaubriand, de Beaujeu, de Laval, de Vergy, de Coucy, et deux chevaliers de la maison de Dampierre, dont l'un portait le prénom de Gui comme l'infortuné comte de Flandre. Des documents officiels font connaître que la levée de la province de Languedoc comprit seize cents chevaliers et dix-sept mille trois cent cinquante écuyers et sergents. Si l'on remarque qu'à cette époque le Languedoc ne formait que la dixième partie du royaume, et que Philippe le Bel avait de plus autour de lui de nombreux mercenaires appelés d'Espagne ou d'Italie, on peut évaluer cette armée à deux cent mille hommes; et toutefois le roi se croyait si peu assuré du succès, qu'il avait, par une ruse dont l'histoire n'offrait pas d'exemple, fait faire une fausse oriflamme, de peur qu'elle ne tombât au pouvoir des Flamands.
Le 19 juillet, tandis que le comte de Thiette réunissait précipitamment à Courtray les milices de Gand et de Bruges, l'un des fils de Robert de Béthune, le jeune Robert de Cassel, renvoya au roi l'hommage du fief de Brogny qu'il avait reçu de lui en Champagne. Dans ces lettres de défi, après avoir exprimé sa douleur de voir son père captif depuis quatre années, il ajoutait: «Et tout soit ensi que je sois tenus à vous pour la raison du fief que je tiens de vous, si suis-je plus tenus de garder l'estat et l'onneur de mon seigneur mon père, si que je me tray avec cheaux qui, par leur bonté, veuillent garder l'onneur de li et de son héritage.»
Déjà l'avant-garde de l'armée française avait quitté Arras. Un chevalier, gagné par les Leliaerts, lui avait livré passages (tel est le nom que l'on donnait aux marais qui séparent la Flandre de l'Artois); de là elle s'était portée à Pont-à-Wendin dont tous les habitants avaient péri. Le comte de Thiette, longtemps retenu à Courtray par les rivalités des Brugeois et des Gantois qui voulaient tous marcher au premier rang, arriva trop tard pour sauver Pont-à-Wendin; mais il en chassa du moins les Français, et les força à se retirer au delà des passages. La rivalité des milices de Bruges et de Gand ne devait plus être qu'une lutte de courage et de gloire. Si les Brugeois obtiennent sur les chevaliers français un éclatant succès dans lequel périt le sire de Joinville, les Gantois prennent aussitôt les armes par une noble émulation, et, précédés de leurs arbalétriers, ils franchissent les passages, rejettent l'avant-garde française vers les portes d'Arras, détruisent tous les retranchements qu'elle a élevés pour défendre l'entrée de l'Artois, et brûlent les faubourgs de Lens.