Les désastres d'une longue guerre, les nécessités de la famine, l'espérance de voir le commerce se relever, le péril même qui résultait de l'abandon de la France, peuvent seuls expliquer la conclusion du traité du 30 octobre 1489.
Maximilien sera réintégré comme mainbourg de Flandre; les magistrats des trois bonnes villes de Gand, de Bruges et d'Ypres iront au devant de lui sans ceinture, nu pieds et vêtus de noir, pour lui demander à genoux pardon des offenses commises contre lui.
Moyennant une somme de cinq cent mille livres tournois, dont les deux tiers devront être payés aux fêtes de Noël, le roi des Romains s'engage à congédier immédiatement les garnisons allemandes. Il accorde une amnistie sans réserves, confirme tous les actes de l'administration de Philippe de Clèves et de son conseil, et jure d'observer tous les anciens priviléges du pays.
Quant aux priviléges qui sont postérieurs à la mort de Charles le Hardi, toute décision est ajournée jusqu'à l'entrevue qui doit avoir lieu entre Maximilien et Charles VIII; il en est de même de la demande formée par le roi des Romains, que le Craenenburg soit converti en chapelle expiatoire.
Dans les premiers moments, la Flandre vit avec joie la conclusion de la paix, si nécessaire à ses cités épuisées par la disette. Les difficultés les plus graves commencèrent lorsqu'il fallut payer les deux tiers de l'amende imposée aux grandes villes plus qu'au reste du pays, puisque, selon un article du traité, elle n'atteignait que les communes qui avaient donné l'exemple de l'insurrection. Dès ce jour, la résistance devint aussi vive à Bruges, qu'elle l'était déjà à Gand. Les bourgeois, mécontents, chassèrent successivement deux écoutètes; enfin ils envoyèrent des députés réclamer l'appui de Philippe de Clèves, et déclarèrent qu'ils n'obéiraient qu'aux décisions qui seraient prises dans l'assemblée générale des mandataires des pays de Flandre, de Brabant, de Hainaut, de Hollande et de Zélande.
Philippe de Clèves avait jugé prudemment que l'opposition du pays à l'autorité de Maximilien ne touchait pas à son terme. Il s'était retiré dans le château de l'Ecluse pour y attendre les résultats qu'amènerait la marche des événements. Cependant, quelles que fussent les réserves faites en sa faveur par le traité de Francfort, il cachait peu l'hostilité de ses sentiments, sachant bien que les Allemands n'étaient assez forts ni pour l'assiéger, ni pour l'empêcher d'arrêter les navires qui se rendaient à Bruges. Les états de Flandre eux-mêmes conservaient leurs hommes d'armes et alléguaient pour prétexte que le duc de Saxe, loin de congédier les siens, augmentait les garnisons de Courtray, de Damme et de Biervliet.
Cependant le duc de Saxe avait obtenu l'adhésion de la ville d'Ypres à l'amende imposée par le traité de Tours, et les bourgeois de Gand furent bientôt entraînés à imiter la soumission des Yprois. L'un des plus illustres défenseurs de Gand, Adrien de Rasseghem, qui avait été successivement l'ami de Jean de Dadizeele et celui de Philippe de Clèves, se laissa corrompre et livra les portes aux Allemands. Au bruit de cette trahison, le sire de Ravestein le fit défier en lui rappelant ses serments et en le menaçant de son ressentiment; en effet, quelques jours s'étaient à peine écoulés lorsque le sire de Rasseghem fut attaqué, un soir qu'il se rendait à son château, près du moulin de Merlebeke, par des hommes d'armes qui le frappèrent en criant: «A mort! à mort!» Le lendemain, Philippe de Clèves adressa aux échevins de Gand une lettre où il se déclarait seul responsable de la mort d'Adrien Vilain; les mœurs du moyen-âge semblaient excuser ces vengeances, et l'on en avait vu au quatorzième siècle un mémorable exemple, lorsque Geoffroi de Charny fit périr le capitaine de Calais, Aimery de Pavie.
Le duc Philippe répondit à l'attentat du sire de Ravestein en défendant toute alliance avec lui. A ce manifeste succédèrent des lettres du comte de Nassau, qui menaçaient la commune de Bruges de l'extermination, du pillage et de l'incendie, si elle ne se soumettait sans retard; bien qu'un grand nombre d'habitants eussent pris la fuite, les vivres y devenaient de plus en plus rares, et l'on jugea bientôt utile de reprendre les négociations en envoyant à Alost, vers le comte de Nassau, Jacques Despars et d'autres députés. Le comte de Nassau promit une réponse dans le délai de dix jours; avant qu'il se fût écoulé, il était entré à Damme avec de nombreux renforts arrivés de Brabant, et ce fut de là qu'il fit connaître qu'aucune modification ne pouvait être apportée au traité de Tours. Les Brugeois s'indignèrent, et, dans leur premier mouvement, ils jurèrent de mourir plutôt que de céder: vain serment prononcé en présence de la famine.
C'était peu que les dépenses qu'occasionnait aux bourgeois de Bruges la continuation de la guerre se fussent élevées, du 1er août au 27 octobre, à dix mille six cents livres de gros; la détresse qui résultait des mesures prises par le comte de Nassau pour intercepter toutes les communications des Brugeois et tous les convois de vivres qu'ils attendaient s'accroissait avec une rapidité effrayante. Les garnisons de Damme et d'Oudenbourg, composées d'aventuriers allemands, anglais et espagnols, dévastaient tout le pays. Dans leur ardeur de pillage, ils avaient même mis le feu au célèbre château de Male, et chaque jour les sinistres lueurs de quelque incendie s'élevaient vers le ciel. Toutes les rues de Bruges étaient remplies d'enfants à qui la faim arrachait des cris poignants, et parmi les pauvres qui assiégeaient les portes des boulangeries, il en était plusieurs qui étaient tombés sur le pavé pour ne plus se relever. Il fallut bien se résoudre à envoyer d'autres députés au comte de Nassau; mais celui-ci exigeait avant tout que les Brugeois renonçassent à l'alliance de Philippe de Clèves, que les Allemands haïssaient d'autant plus qu'il avait constamment refusé d'abandonner le parti de la Flandre. Cependant, quelles que fussent les souffrances des Brugeois, ils jugèrent ces conditions inacceptables. Ils ne pouvaient oublier combien Philippe de Clèves avait montré à leur égard de générosité et de dévouement.
Philippe de Clèves était digne de ce témoignage de zèle et de gratitude. Dès qu'il apprit qu'il était le seul obstacle au rétablissement de la paix, il écrivit aux Brugeois qu'il les dégageait de son alliance et les autorisait à traiter sans lui. Le 16 novembre 1490, les Brugeois élisent de nouveaux députés, notamment le sire de Lembeke et les prieurs des carmes et des frères prêcheurs. Ils se rendent près du comte de Nassau et déclarent se soumettre au traité de Tours, sauf à déférer au parlement de Paris toutes les difficultés auxquelles il donnerait lieu; mais le comte de Nassau repousse cette réserve et ajoute: «Il faut de plus que vous payiez trois cent mille couronnes d'or et que vous me remettiez trois cents personnes pour que j'en puisse disposer à ma volonté.»