Philippe, en partant pour l'Espagne, ne laissait, dans les tumultueuses provinces des Pays-Bas, qu'une femme en présence de ces hommes puissants à tant de titres. Mais il lui avait donné pour ministre l'évêque d'Arras, Perrenot de Granvelle, devenu depuis peu cardinal-archevêque de Malines et abbé d'Afflighem, et à ce titre primat de la Belgique et premier abbé du Brabant, conseiller prudent et habile qui devint bientôt l'objet d'une hostilité d'autant plus vive que son influence dans les actes du gouvernement paraissait plus considérable.
La première tentative de résistance qui avait été dirigée contre le séjour prolongé des troupes espagnoles, avait été un triomphe plein d'encouragements secrets. Philippe différait toutefois d'exécuter sa promesse; mais les plaintes devinrent si vives que Marguerite écrivit au roi qu'on ne pouvait ajourner plus longtemps la retraite des Espagnols, que les provinces avaient résolu de ne payer aucun subside avant le départ des milices étrangères, et qu'il fallait craindre le mécontentement du peuple et les discordes intérieures. Philippe, en ce même moment, avait un besoin urgent de ces soldats pour réparer ses revers sur les rivages de l'Afrique. Il céda.
En 1562, l'université de Douay fut fondée pour les jeunes gens qui désiraient poursuivre l'étude de la littérature française. On voulait éviter qu'ils ne se rendissent soit à Genève, centre des sciences hétérodoxes, soit à quelque université mal famée d'Allemagne, telle que celle de Wesel.
De plus, afin d'arrêter efficacement les efforts des luthériens, Philippe obtint du pape Paul IV que treize nouveaux évêchés seraient érigés dans les Pays-Bas. Ce furent ceux d'Anvers, de Bruges, de Gand, d'Ypres, de Saint-Omer, de Namur, de Bois-le-Duc, de Ruremonde, de Middelbourg, d'Harlem, de Leeuwaerden, de Groningue et de Deventer.
Corneille Jansénius fut élevé au siége de Gand, Pierre De Corte à celui de Bruges, Martin Rithove à celui d'Ypres et Gérard d'Haméricourt à celui de Saint-Omer.
Bien que la bulle du pape portât qu'on ne disposerait des nouveaux évêchés qu'en faveur de prêtres nés dans les Pays-Bas, leur érection souleva une opposition redoutable. Les abbés, dont les biens devaient fournir les dotations de ces évêchés, réclamaient avec force. Les états et les administrations municipales les secondaient et adressaient à la fois leurs vives remontrances à Rome et à Madrid. On vit même dans plusieurs villes les évêques repoussés par leurs ouailles.
Ce qui augmentait surtout l'irritation populaire, c'est qu'on voyait dans ces changements le prélude d'une mesure plus grave: l'introduction dans les Pays-Bas du tribunal de l'inquisition, tel qu'il était établi en Espagne.
L'inquisition, qui revendique saint Dominique pour fondateur, existait depuis fort longtemps dans les Pays-Bas, mais elle était restée une institution purement religieuse. Le prévôt des chanoines réguliers d'Ypres, celui du Val des Écoliers, à Mons, le doyen de Louvain, exerçaient les fonctions assez peu importantes d'inquisiteurs en Flandre, en Hainaut et en Brabant. L'inquisition ne tendit à se modifier que lorsque Luther, mêlant le premier la religion à la politique, prêcha l'insurrection comme le dernier mot de l'hérésie. En 1522, Charles-Quint avait chargé le président du grand conseil de Malines et un membre du conseil de Brabant de rechercher comme inquisiteurs tous les délits d'hérésie, mais le pape Clément VII s'était opposé à ce que ces fonctions fussent confiées à des laïques et cessassent ainsi d'être religieuses pour devenir politiques. L'autorité des anciens inquisiteurs d'Ypres, de Mons et de Louvain fut donc rétablie jusqu'à ce que le pape Paul III créât, en 1537, deux théologiens de Louvain inquisiteurs généraux des Pays-Bas. On prêtait à Philippe II le projet de persévérer dans l'essai tenté par son père et d'introduire au sein des communes flamandes l'inquisition espagnole, «pratiquée premièrement, dit Castelnau, contre les Mores, Sarrasins et esclaves, qui autrement ne se pouvoient dompter.»
Conférences entre les nobles du parti du prince d'Orange. Remontrances à Marguerite sur l'influence que possède le cardinal de Granville. Mission du baron de Montigny en Espagne. Réponse vague de Philippe II. Seconde remontrance adressée à Marguerite de Parme, le 11 mars 1562 (v. st.), par le prince d'Orange et les comtes d'Egmont et de Hornes.
Marguerite de Parme s'adresse de nouveau au roi d'Espagne; elle obtient pour réponse qu'il faut tout ajourner jusqu'à son retour dans les Pays-Bas; mais elle avoue elle-même à Viglius qu'elle ne croit pas qu'il y revienne jamais.