Cependant l'irritation devint si vive qu'au mois de décembre 1563, les états généraux déclarèrent qu'ils suspendraient leurs délibérations si l'archevêque de Malines continuait à y prendre part. Mille voix s'élevaient autour de Marguerite pour accuser son ministre. Les uns, qu'enthousiasmaient les succès récents des huguenots en France, accordaient aux idées nouvelles l'appui d'une influence sans cesse croissante; d'autres, mécontents du passé, s'agitaient vers un but qu'ils ne connaissaient point. Enfin, il en était qui croyaient qu'ils succéderaient à l'autorité du cardinal de Granvelle s'ils réussissaient à persuader à la gouvernante des Pays-Bas qu'elle était trop sage et trop éclairée pour subir la tutelle d'un conseiller. Marguerite ne sut pas assez fermer l'oreille à ces perfides flatteries: elle se laissa persuader que pour elle, aussi bien que pour les Pays-Bas, le moment était venu de secouer un joug pesant et sévère.

Le cardinal de Granvelle cède à l'orage; il quitte Bruxelles le 10 mars 1563 (v. st.) et se retire à Besançon.

Thomas Armenteros remplace le cardinal de Granvelle dans la direction des affaires: à l'austérité et à la roideur qu'on blâmait chez le premier, succède un système de corruption et de vénalité. En vain le président du conseil privé, Viglius de Zuichem, refuse-t-il d'apposer le sceau sur des actes qu'il réprouve: Thomas Armenteros trouve le moyen de s'en passer.

Marguerite, persuadée qu'en supprimant toutes les causes de mécontentement elle avait assuré la consolidation de l'ordre et de la paix publique, se reposait avec confiance sur les protestations de zèle et de dévouement qu'on prodiguait à son autorité; mais les principaux seigneurs qui formaient le conseil d'État, ne songeaient qu'à y introduire leurs amis et à en exiler leurs adversaires. Ils ne tardèrent pas à demander la suppression du conseil secret et du conseil des finances, afin de centraliser toute l'autorité entre leurs mains, et déjà le comte d'Egmont, parlant en leur nom, avait profité de la mort de Claude Carondelet, prévôt de Bruges, pour demander l'abolition des juridictions ecclésiastiques. «L'on forge icy, écrit Viglius au cardinal de Granvelle, une nouvelle république et conseil d'estat, lequel aura la souveraine superintendance de toutes les affaires. Je ne scay comment cela pourra subsister avec le pouvoir et auctorité de madame la régente et si Sa Majesté mesme ne sera bridée par cela.»

L'autorité devient faible; nous ne tarderons point à voir se fortifier et s'accroître l'esprit de tumulte et de sédition. «Ce fut en 1564 que commencèrent les calamités intérieures, dit un historien contemporain; époque fatale par ses discordes, dont les causes et les commencements embrassaient toute la terre. Les prophéties des astronomes l'avaient assez annoncé, car le ciel ne nous offrait qu'un aspect menaçant. Trois planètes se rencontraient avec le soleil et Mercure dans le signe du Lion, astres qui ne nous présageaient que les malheurs, les ruines et le carnage.»

Il nous reste à examiner ce qu'allait devenir le gouvernement de Marguerite de Parme en présence du développement des réformes religieuses que les novateurs se préparaient à propager par la flamme et par le glaive.

En 1551, les doctrines luthériennes avaient déjà fait tant de progrès que Mélanchton espérait que leurs adeptes seraient assez nombreux pour imposer à Philippe, comme condition de son inauguration héréditaire dans les Pays-Bas, le libre enseignement du luthéranisme.

Ce n'est toutefois que dix ans après, au mois d'octobre 1561, que l'on voit deux ministres français prêcher publiquement à Tournay et à Valenciennes, où ils ont semé le germe de l'hérésie. Le 12 juin de l'année suivante, un obscur laboureur des environs de Poperinghe tint un prêche dans le cimetière de Boeschepe. Le seigneur de Mouscron, grand bailli de Flandre, ordonna de poursuivre ceux qui y avaient assisté, et le grand conseil de Flandre délégua deux de ses membres pour assister les magistrats d'Ypres dans leurs recherches. En vain usa-t-on d'une extrême rigueur. Les supplices furent impuissants; les nouvelles doctrines se répandirent de Boeschepe dans tout le pays, et à mesure qu'elles se développaient, la répression devint moins sévère. On vit même à Bruges les magistrats faire rendre la liberté à un prisonnier poursuivi pour crime d'hérésie.

Marguerite jugea utile d'envoyer dans ces circonstances vers le roi quelque ambassadeur important pour lui exposer la situation alarmante des Pays-Bas. Le comte d'Egmont, qui fut chargé de cette mission, fut reçu avec égards à Madrid et crut avoir obtenu tout ce qu'il désirait, parce qu'on ne lui avait rien refusé formellement. Philippe II s'était contenté de lui répondre qu'il espérait se rendre bientôt aux Pays-Bas pour alléger les charges qu'ils supportaient; qu'il était d'avis, quant aux discordes qui régnaient dans l'administration de la justice, que la duchesse consultât le conseil d'Etat, qui pourrait également conférer sur les moyens de raffermir les bonnes doctrines avec quelques évêques et quelques théologiens.

En effet, les évêques d'Ypres, de Namur, de Saint-Omer, et d'autres théologiens, se réunirent à Bruxelles le 1er juin 1565. Ils s'en référèrent aux décrets récents du concile de Trente sur ce qui concernait la règle à suivre pour les catholiques, et aux édits de Charles-Quint pour la punition des hérétiques, sauf à les adoucir selon l'âge des coupables et la nature de leurs erreurs, en frappant plus sévèrement les ministres des nouvelles sectes. Il est, dans cette réponse, fait mention de l'inquisition, mais dans son essence toute religieuse; ils laissent à l'autorité civile le soin d'appliquer les lois de Charles-Quint, et s'ils réclament «des visitateurs et inquisiteurs, c'est pour admonester le peuple, non par voie de rigueur judicielle, mais de bénignité et charité paternelle.»