«Étudiez tous les détails d'une armée; j'en profiterai plus tard, vous aussi.»
En effet, l'expédition d'Égypte résolue, Bonaparte nomma Des Genettes médecin en chef de l'armée, et comme on l'a vu déjà, il n'eut point à le regretter. «Dès son entrée dans la contrée nouvelle, dit le docteur Pariset, qui lui-même visita l'Égypte, après avoir réparti ses collaborateurs sur les différents points que devaient occuper nos armes, son premier soin fut de les inviter, par une instruction, à l'étude des lieux, des hommes, des travaux, des aliments, etc. De là sont nées les curieuses topographies et les notes et les mémoires qu'il a publiés dans son ouvrage (Histoire médicale de l'armée d'Orient) sous les noms de leurs auteurs; car loin de tenir dans l'ombre les savants et courageux médecins de l'armée d'Égypte, il aimait à les parer de leurs talents, comme il aimait à reconnaître et à proclamer leurs services.»
Des Genettes, après le départ de Bonaparte, resta en Égypte avec Kléber, son ami, dont la statue occupa toujours une place d'honneur dans sa bibliothèque. De retour en France seulement vers 1801, il fut nommé médecin en chef de l'hôpital du Val-de-Grâce, puis inspecteur général du service de santé des armées. Envoyé en Espagne en 1805, pour étudier l'épidémie qui, l'année précédente, avait fait de cruels ravages à Cadix, Malaga et Alicante, il suivit les armées françaises en Prusse, en Pologne, en Autriche, «où il fit preuve du plus rare talent joint au plus sincère dévouement» dit Feller.
Dans cette désastreuse campagne de 1812, fait prisonnier pendant la retraite, il écrivit à l'empereur Alexandre pour demander sa liberté en invoquant la bienveillance que pourraient lui mériter les services rendus par lui aux blessés de toutes les nations. Alexandre effaça sur la demande le mot bienveillance qu'il remplaça par celui de reconnaissance, et Des Genettes, rendu à la liberté, fut reconduit aux avant-postes français avec une garde d'honneur.
Alexandre sans doute n'ignorait pas la fermeté dont Des Genettes avait fait preuve tout récemment dans l'intérêt de l'humanité vis-à-vis de l'empereur Napoléon.
Celui-ci, après l'entrée des Français dans Moscou, eut l'idée de transformer en caserne un hospice destiné aux Enfants-Trouvés. Des Genettes en est averti; aussitôt il se présente à l'empereur et réclame avec énergie contre la mesure projetée. Sous le coup de son émotion, à ce qu'on raconte, il termine en disant:
«Si les soldats prennent la place des malheureux orphelins, que deviendront ces derniers? Ne se trouveront-ils pas sans asile et ne vous exposez-vous pas, sire, à ce que la postérité plus tard parle de vous comme elle fait d'Hérode.
—Hérode! répond l'empereur non sans quelque étonnement! Qu'a-t-il à faire ici et à quoi cela pourrait-il ressembler?
—Au Massacre des Innocents! reprend hardiment le médecin en chef.
—Vous avez raison, dit l'empereur après un court silence. Je vais donner l'ordre que ce projet n'ait pas de suite.