Mahmoud était proclamé sultan (28 juillet 1808).
Mais le drame devait s'allonger d'un autre épisode non moins sensationnel. Le bruit s'étant répandu que Baïraktar méditait de restaurer le Nizam-i-Djedid, il indisposa contre lui la population et les Janissaires. Sous divers prétextes on dispersa ses soldats, on l'isola de ses amis, puis, quand on le vit à peu près sans défense, une nouvelle émeute soulevait la ville entière. En un instant son conak était assailli, criblé de pierres et livré aux flammes. Il se réfugia avec une odalisque dans une tour attenante à la maison. Le lendemain, on y découvrait leurs cadavres. Celui de Baïraktar, traîné jusqu'à l'atmeïdan, était exposé sur un pal. Loin de s'apaiser, la rébellion gagnait les quartiers, et l'on n'entendait de toutes parts que des cris de mort contre Mahmoud l'usurpateur. Celui-ci se voyant en grand danger réfléchit que le seul moyen d'y échapper était de faire subir à Moustafa le sort que celui-ci avait infligé à son frère Selim. Encore une fois le fatal lacet remplissait son office. Après cette exécution il ne restait que lui seul prince survivant de la famille. Cette considération arrêta instantanément la sédition. Les fureurs se calmèrent. Ulemas et dignitaires allèrent se jeter à ses pieds, confondant leurs hommages. Le règne de Mahmoud fut un des plus longs et des plus dramatiques de l'histoire ottomane. Il devait réaliser tous les projets que Selim ne put exécuter. Ses réformes et l'audacieuse diplomatie de la pléiade de réformateurs qu'il sut susciter devaient galvaniser la Turquie et la faire vivre jusqu'à l'aurore du XXe siècle.
On sera peut-être curieux de savoir ce que Sebastiani pensait de tout cela. Son opinion il n'ose trop l'exprimer de peur d'indisposer l'empereur dont les desseins lui paraissent aussi impénétrables que cette Turquie énigmatique et inquiétante, où il se sent décidément de plus en plus dépaysé. Il s'était rendu à Constantinople confiant dans l'étoile de son maître qui alors rayonnait d'un éclat dont le monde était ébloui. Il avait cru aux protestations amicales de Selim III, aux promesses de son ambassadeur. D'un caractère loyal et simple, il avait apporté dans l'accomplissement de sa tâche l'intrépide dévouement du soldat docile aux ordres de son chef, et cette ingénue confiance du Français qui s'imagine que le monde entier est taillé à son image. Ses intentions étaient trop pures pour qu'on ne lui sût pas gré des efforts qu'il allait déployer pour se rendre utile. Sans le vouloir il allait ouvrir les écluses du fanatisme qui devaient emporter dans un flot de sang les combinaisons napoléoniennes.
A son premier voyage il avait subi la fascination de ce milieu tout confit de sucreries et de propos aimables, où l'accueil cérémonieux se pimente de l'orgueil le plus farouche (ce qui en relève la saveur); où les résistances irréductibles se drapent de manières conciliantes et prometteuses jusqu'au moment attendu où elles peuvent s'étaler hardiment. Sebastiani avait connu, tour à tour, la douceur et l'amertume des fluctuations de ce régime local; mais de cette brutale chute dans la réalité, il ne se releva jamais plus.
Ce général n'a plus qu'une idée: fuir Constantinople dont le séjour lui est insupportable jusque-là qu'il en tombe malade. Il est prêt à aller n'importe où pourvu qu'on le tire de là. Cela lui est un prétexte pour demander son rappel. En attendant, comme Charles XII à Bender, il passe sa vie dans le lit. Il n'en sortira que le jour de son embarquement, et à peine aura-t-il mis le pied sur le sol français qu'il se trouvera subitement guéri.
Si la déposition de Selim III rassurait les Turcs au sujet de la possibilité d'une conspiration française, en revanche la révolution de Stamboul fournissait à l'Empereur un prétexte excellent pour orienter sa politique, sinon dans une voie nouvelle, du moins dans celle d'un sage opportunisme. Il n'avait été informé des événements que nous venons de résumer en quelques traits que dans les derniers jours du mois de juin. De Tilsitt, Talleyrand écrivait à Sebastiani qu'un armistice venait de mettre fin aux hostilités entre la France et la Russie et il l'autorisait à aviser le Divan que l'on tiendrait compte des intérêts de la Turquie, mais il laissait entendre en même temps que la France n'était tenue à rien envers elle. Tel n'était pas l'avis des ministres turcs qui, par l'organe de Vazfi effendi, protestèrent contre tout traité de paix séparé. Ils prétendaient que, conclu dans ces conditions, il constituait une violation aux engagements pris par la France. C'était assurément d'une belle audace. Le Divan oubliait les serments qu'il avait faits lui-même plus d'une fois et tous successivement oubliés. Il feignait notamment d'oublier le fait tout récent que Vazfi effendi s'était refusé de signer à Fikenstein le traité d'alliance avec Napoléon. A la vérité, le Divan n'avait rien oublié, mais il pensait qu'en faisant un peu de bruit il amoindrirait ses torts et qu'il arriverait par cet artifice à se faire donner plus qu'il ne lui était dû.
S'avisant de l'inutilité de plus longues récriminations, le Divan envoyait à Mouhib effendi les pouvoirs nécessaires pour discuter les conditions, et le 23 août Sebastiani pouvait annoncer l'adhésion du Divan à toutes les clauses du traité de Tilsitt. Engagés dans cette voie de la réconciliation les Turcs allèrent très loin, suivant leur coutume, dans l'expression de leurs sympathies. Moustafa IV alla jusqu'à déclarer «qu'il s'en remettait aveuglément à la sagesse de l'empereur qui peut faire de son empire ce qu'il voudra; qu'il est à sa merci.» Il ne faut voir là sans doute qu'une hyperbole orientale, mais aussi le souci d'amadouer celui qu'on avait assez berné pour qu'il pût se croire autorisé à prendre en l'occurrence telle attitude qu'il lui plairait. C'était trop peu que d'avoir écarté son ingérence dans leurs affaires privées; il fallait obtenir de lui tout ce qu'aurait pu lui donner une politique plus loyale. L'intérêt qu'il y avait à ménager celui qui allait disposer du sort de l'Empire était trop évident pour qu'on n'essayât pas de le gagner au prix de quelques flatteries. Les Turcs s'en tirèrent assez bien, car le traité qui consacrait l'armistice, prévoyait l'évacuation de la principauté par les troupes russes.
Cependant, malgré les clauses de l'armistice de Slobodzié, le Tzar refusait d'évacuer les principautés. Napoléon, instruit par l'expérience, ferma les yeux. Était-il dans son intention de donner une leçon aux Turcs? Quoi qu'il en soit, plus que jamais ces derniers se tinrent sur leurs gardes. C'est ainsi qu'ils lui refusèrent le passage à travers leur territoire de quelques milliers d'hommes destinés à Corfou.