Henri écrivit plus de cinquante lettres pour démontrer à ses villes et à ses capitaines les avantages de la paix et la nécessité de l'observer fidèlement. Il est vrai qu'il en écrivait en même temps pour se plaindre des nombreuses infractions relatives à ses «maisons, châteaux et villes», et d'abusives inhibitions concernant le libre exercice du culte; mais toute paix était querelleuse, en ce temps-là. Celle-ci fut bruyamment troublée par les catholiques. Le 26 juillet 1581, sous le commandement des capitaines d'Effieux et de Montardy, ils surprirent la ville de Périgueux. «La noblesse du Périgord et des environs, dit le président de Thou, fatiguée par les courses continuelles des garnisons protestantes, engagea les commandants des troupes du roi à se saisir de Périgueux. Ils surprirent cette ville, la nuit, et ils la traitèrent avec tant de barbarie, qu'ils semblaient vouloir venger celle que le baron de Langoiran y avait exercée, six ans auparavant, lorsqu'il se rendit maître de la ville. Le roi de Navarre ayant porté ses plaintes au roi, il n'en reçut que des excuses.»
On n'en usa pas aussi cavalièrement avec le roi de Navarre: il n'était pas homme à se contenter de si peu. Notons, en outre, que de Thou s'est trompé en accusant de «barbarie» les auteurs de la surprise de Périgueux. Sans doute, les catholiques, agissant sans l'agrément de Henri III, commirent de trop nombreux excès dans cette place; mais ils n'usèrent pas, dans le sens complet du mot, des représailles qu'il était en leur pouvoir d'exercer: en quoi ils montrèrent une modération relative; car les calvinistes, en 1575, avaient été sans pitié pour les vaincus. La vérité, sur l'affaire de Périgueux, n'est ni dans le jugement sommaire de de Thou, ni dans cette note comique de P. de L'Estoile: «En ce mois de juillet, les catholiques de la ville de Périgueux se remirent en la libre possession de leur ville, et en chassèrent les soldats huguenots qui despieça y étaient en garnison. Ceux de la religion n'en firent pas grand'clameur, et eut-on opinion que ce qui en avoit été fait étoit par intelligence du roi de Navarre et des habitants, qu'on disoit avoir donné cent mille francs pour être déchargés de cette garnison, qui leur faisoit mille maux. Quoi que c'en soit, il n'y en eut point de coups rués, et se passa doucement cette entreprise.»
Les témoignages incontestables ressortent de la correspondance du roi de Navarre. Le 10 août, il écrit à Brantôme, seigneur de Bourdeille, sénéchal de Périgord: «Mon cousin, j'ai été fort aise d'entendre la bonne affection et diligence que vous avez montrées depuis la prise de Périgueux, pour empêcher ou modérer les mauvais effets des preneurs contre ceux qui étaient dedans, dont je vous remercie; mais je suis fort marri d'avoir su que votre bonne intention n'a pu être effective selon votre dessein, d'autant que la plupart des maisons de ceux de la religion ont été pillées et saccagées, et plusieurs faits prisonniers, et il y en a encore auxquels on veut faire payer rançon, comme on a déjà fait faire aux autres, entre lesquels est le sieur Saulière, qu'on ne veut élargir sans cela, quelque grande perte qu'il ait faite de ses meubles et titres; qui serait son entière ruine et celle de ses enfants.
«Je ne puis croire que le roi mon seigneur ne réprouve grandement la prise de ladite ville, comme étant advenue par trop grand attentat, fait au préjudice de son service et de la paix et tranquillité publique.
«Je ne puis aussi, pour mon devoir et pour mon honneur, que je n'en poursuive la raison et réparation envers Sa Majesté.
«Je vous prie donc, mon cousin, considérer que ne puis autre chose là-dessus que d'attendre la volonté et intention de Sa Majesté, pour me ranger et conformer selon icelle. Cependant, puisqu'il y a encore dedans la ville des prisonniers, et plusieurs meubles pillés appartenant à ceux de ladite religion, je vous prie derechef faire le tout rendre, et mettre en liberté tous lesdits prisonniers, principalement ledit Saulière, de sorte qu'il n'en puisse être fait aucune plus grande plainte.»
Brantôme s'efforça de contenter Henri; mais l'affaire n'en resta pas là. Henri III chargea Matignon, le nouveau lieutenant de Guienne, et Bellièvre, un de ses négociateurs favoris, de régler ce grave différend. A vrai dire, le roi de Navarre ne reçut jamais que des demi-satisfactions. La cour lui avait fait offrir d'abord, à titre d'indemnité, une forte somme. En principe, il acceptait; mais il exigeait, de plus, une autre place. On finit par lui accorder Puymirol, après des contestations qui dépassèrent le terme de l'année 1581.
Le 20 décembre 1581, à Béziers, s'ouvrit une assemblée des Eglises réformées de Languedoc, où Henri III avait envoyé Bellièvre, et le roi de Navarre, Clervaux, afin de hâter la pacification de la province. La mission fut longue et difficile, mais elle réussit dans une assez large mesure. Le roi de France, lui aussi, voulait la paix, et il est probable qu'elle se fût bientôt et solidement établie entre lui et le roi de Navarre sans l'existence de la Ligue, qui, déjà, soufflait discrètement le feu qu'elle mit, plus tard, aux quatre coins de la France. Mézeray résume dans une page pittoresque les vues et les velléités pacifiques de Henri III: «Les conseillers du parlement de Paris que le roi envoya en Guienne (à la suite du traité de Fleix), pour mettre d'accord ceux de la chambre mi-partie de cette province, y furent reçus avec l'applaudissement général des peuples, et les maintinrent en paix trois ans durant. La froideur de Matignon s'accommodait fort bien avec le feu des Gascons, et savait bien conserver l'autorité du roi, sans blesser le respect qui se doit aux princes du sang; les courtoisies du duc de Mayenne avaient adouci les courages les plus farouches dans le Dauphiné; et le maréchal de Montmorency, ennuyé de la guerre, contenait le Languedoc dans un doux repos. Le roi aussi était fermement persuadé, par trop d'expériences, que la force des armes n'était point propre à ramener les dévoyés au sein de l'Eglise, et que la saignée ni les remèdes violents ne valaient rien à cette maladie. Partant il se résolut de la traiter avec un certain régime de vivre qui corrigeât peu à peu la malignité des humeurs, et rétablit le tempérament des viscères qu'on avait trop échauffés. Sa Majesté fit connaître aux religionnaires qu'ils ne devaient point craindre aucun mal de sa part, mais aussi qu'ils n'en devaient espérer aucun bien... Avec cela il tâchait de les fléchir tout doucement par les instructions et par les exemples, exerçant souvent en public des œuvres de piété, ayant près de lui des religieux qui pratiquaient des dévotions très austères, faisant imprimer toutes sortes de livres bien catholiques, et défendant la lecture et l'impression de ceux qui ne l'étaient pas.
«Ces moyens convertirent plus de huguenots en trois ou quatre ans, que les bourreaux ni les armées n'en avaient converti en quarante; et s'ils eussent continué, cette opinion de conscience se fût sans doute dissipée dans peu de temps par une opinion d'honneur, et toutes les factions se fussent amorties durant ce calme, comme elles s'irritaient par l'émotion. Mais ce roi, au lieu de se fortifier pendant ce temps-là, s'affaiblissait davantage; et, comme un homme à qui on aurait coupé les veines dans un bain chaud, il perdait avec plaisir ce qui lui restait de vigueur et d'autorité; puis cette défaillance le mettait dans le mépris; et l'orgueil et l'avarice des favoris, choquant les grands et vexant les peuples, excitaient contre lui la haine des uns et irritaient la patience des autres...»
Les relations cordiales qui tendaient à rapprocher les deux rois n'auraient pas plus résisté aux boute-feux de la Ligue qu'aux intrigues de cour des mignons et de leur coterie; mais il n'en fallut pas tant pour provoquer une nouvelle rupture. Un séjour de la reine de Navarre à la cour de Henri III ressuscita les hostilités. Marguerite annonça l'intention d'aller à Paris, vers la fin de l'hiver 1582. L'histoire n'a pu trouver un but politique précis à ce voyage, qui peut-être n'en avait pas, quoique l'empressement du roi de Navarre à favoriser l'exécution du projet de sa femme permette de supposer qu'elle emportait avec elle quelque plan concerté entre eux. On s'égaie vraiment à voir le vainqueur de Cahors s'occuper, pendant deux mois, des préparatifs assez compliqués du voyage de la reine. Il écrit lettres sur lettres, tantôt pour convoquer des gentilshommes de haut rang, chargés d'accompagner la reine jusqu'en Saintonge, tantôt pour régler l'itinéraire et annoncer le passage, de ville en ville, du cortège royal, tantôt enfin pour faciliter, par tous les moyens, les chevauchées de la royale voyageuse. Il pousse la sollicitude jusqu'à des détails amusants: dans une lettre à M. de Scorbiac, il demande «huit mulets de bât», pour renforcer l'équipage de transport du «bagage» de la reine. Et les indiscrétions de l'histoire nous donnent, à peu près, la composition de ce bagage. Marguerite, la plus élégante princesse de son temps, voyageait toujours avec une garde-robe au grand complet, comme nous l'apprend Brantôme. Catherine de Médicis, en laissant Marguerite en Gascogne, lui avait dit: «Ma fille, c'est vous qui inventez et produisez les belles façons de s'habiller, et, en quelque part que vous alliez, la cour les prendra de vous, et non vous, de la cour». Brantôme ajoute: «Comme de vrai, par après qu'elle y retourna, on ne trouva rien qui ne fût encore plus que de la cour».