Le 15 mars: «Je serai jeudi à Saint-Jean, d'où je vous manderai toutes nouvelles. L'on a trouvé sur le valet de chambre des perles et des diamants qui ont été reconnus.»
Le 17 mars: «... Les soupçons croissent du côté où les avez pu juger. Je verrai tout demain. J'appréhende fort la vue des fidèles serviteurs de la maison, car c'est, à la vérité, le plus extrême deuil qui se soit jamais vu. Les prêcheurs romains prêchent tout haut, par les villes d'ici autour, qu'il n'y en a plus qu'un à avoir, canonisent ce bel acte et celui qui l'a fait, admonestent tous bons catholiques de prendre exemple à une si chrétienne entreprise...»
Le 21 mars: «Pour le fait de la procédure de la mort de Monsieur le Prince, de plus en plus, l'on découvre la méchanceté, et tout du côté que vous pûtes juger par ma dernière...»
Cette procédure occupa longtemps le roi de Navarre. Il croyait évidemment à la culpabilité de la princesse de Condé; mais quoiqu'il eût sollicité les bons offices de la reine-mère pour faciliter l'arrestation de Belcastel, le page échappa à toutes les recherches.
La correspondance dont on vient de lire des extraits fait allusion aux nouveaux attentats dirigés contre le roi de Navarre. Dans une lettre adressée, le 20 mars, de Saint-Jean-d'Angély au maréchal de Matignon, il revient sur le fait indiqué en ces termes: «J'ai découvert un tueur pour moi». Il raconte que, pendant son dernier séjour à Nérac, un homme dépêché pour le tuer fut soupçonné et pris, et il ajoute: «Lequel, depuis mon partement, a confessé le fait et déposé pareillement comme et par qui il avait été employé pour ce faire. J'ai bien voulu vous faire la présente pour vous prier affectueusement me faire ce plaisir d'envoyer deux ou trois personnes qualifiées pour voir le personnage, sa déposition et comme tout s'est passé, afin que vous soyez mieux éclairé de la vérité du fait. J'envoie un passe-port pour ceux qui iront de votre part et une lettre adressante aux consuls de Nérac.» Le même jour, annonçant à La Roche-Chandieu, ministre calviniste, qu'il s'occupe du procès des assassins du prince de Condé, il l'entretient également du projet d'attentat de Nérac, et donne d'autres détails: «En même temps, il y avait vingt quatre hommes dépêchés pour me tuer; il y en a un qui est Lorrain et se disait Frison, à qui le cœur faiblit en me présentant une requête à Nérac.» L'histoire ne donne pas le dernier mot de cette affaire.
Tout en surveillant l'action de la justice, le roi de Navarre guerroyait çà et là. Vers la fin de mars, Lavardin ayant occupé Marans, Henri reprit sur-le-champ un des forts de cette place et se donna beaucoup de peine pour la ressaisir; mais elle ne retomba en son pouvoir qu'au mois de juillet. Dans une de ses expéditions antérieures en Languedoc, il avait pris deux bourgs fortifiés, Monbéqui et Dieupentale. Pendant qu'il investissait Marans, il apprit que les garnisons laissées dans ces deux places les avaient abandonnées après les avoir pillées. «J'entends, écrivait-il à M. de Scorbiac, gouverneur de Castres, que punition exemplaire soit faite de ceux qui ont quitté et pillé Monbéqui et Dieupentale, que j'avais conquis au danger de ma vie.»
Mais on touchait au moment où les violences de la Ligue allaient bouleverser la scène politique, et rejeter à l'arrière-plan tous les petits faits de guerre semblables à ceux dont nous venons de parler. Les Seize, enhardis par l'impunité que leur assuraient l'ascendant des Guises et la faiblesse de Henri III, formaient, chaque jour, quelque nouveau complot contre l'autorité royale, et dépassaient même dans leur zèle les vues des chefs supérieurs de la Ligue. Ils avaient provoqué, vers la fin de l'année 1587, une déclaration des docteurs de Sorbonne portant qu'on peut ôter le gouvernement aux princes qu'on ne trouve pas tels qu'il faut, comme l'administration au tuteur qu'on tient pour suspect. Le roi s'était borné à leur adresser des réprimandes et des menaces. Deux fois, un projet d'enlèvement de Henri III fut déjoué, grâce aux avis secrets que lui fit tenir Nicolas Poulain, lieutenant de la prévôté. Au mois d'avril 1588, cependant, le roi perdit patience. Il fit venir en sa présence quelques-uns des Seize, entre autres le président de Neuilly, leur parla sur un ton très irrité, leur dit qu'il connaissait leurs menées factieuses, et leur déclara qu'il en ferait, au besoin, prompte et sévère justice. Aussitôt les Seize mandèrent au duc de Guise de venir à leur aide. Prévenu de cette démarche, le roi interdit au duc l'accès de Paris; mais Guise, n'ayant pas reçu ou feignant de n'avoir pas reçu à temps les ordres du roi, passa outre, et le 9 mai, il entrait dans Paris, où il descendait au palais de la reine-mère. Henri III fut obligé de recevoir ce sujet révolté et triomphant, et n'osa pas châtier son insolence; mais comme il ne voulut pas lui accorder tout ce qu'il demandait, la Ligue organisa une insurrection, et, le 12 avril, à la suite de la célèbre journée des Barricades, Henri III quitta Paris en fugitif, pendant que, pour comble d'humiliation, la reine-mère affectait de négocier avec le duc de Guise pour lui dissimuler le projet de fuite du roi. Le duc et la Ligue furent bientôt effrayés de leur victoire: elle arrivait trop tôt, et faisait d'eux manifestement des rebelles. Henri III, retiré à Chartres, sembla d'abord résolu à traiter Guise et les ligueurs en criminels de lèse-majesté; mais peu à peu, effrayé, à son tour, de la puissance de ces ennemis, il consentit à traiter avec eux, et signa à Rouen l'édit d'union, qui fut enregistré à Paris, le 21 juillet. Les prétentions formulées, l'année précédente, par l'assemblée de Nancy, formèrent les articles du nouvel édit. Le roi promettait de combattre les huguenots jusqu'à leur entière destruction, et de ne laisser le trône qu'à un prince catholique. Il était stipulé que nul ne pourrait être nommé à un office public, sans prêter un serment «de catholicité». Des articles secrets amnistiaient tous les actes de la Ligue, maintenaient ses troupes, lui accordaient de nouvelles places de sûreté. Quinze jours après, le duc de Guise était nommé généralissime des armées royales, et les autres chefs ligueurs recevaient des commandements. Mayenne était mis à la tête d'une armée qui devait aller combattre Lesdiguières dans le Dauphiné, et le duc de Nevers en devait mener une autre contre les huguenots du Poitou. Enfin Henri III reconnut pour héritier présomptif de la couronne ce cardinal de Bourbon dont il avait raillé, quelques années auparavant, les ridicules prétentions. A la nouvelle de ces victoires inespérées, la Ligue poussa des cris de joie dans la France entière, et, à Paris, elle fit chanter un Te Deum pour célébrer la forclusion du roi de Navarre.
Quand on étudie ce traité d'union, où l'abdication s'étale en articles, il est bien difficile de conserver le moindre doute sur l'existence d'une arrière-pensée dans l'esprit de Henri III. Un roi qui met tant d'armes dans les mains de son ennemi rêve le suicide ou la vengeance, et Henri III montra bientôt, par de tragiques résolutions, qu'il n'avait pas entendu se précipiter lui-même du trône. Ce qu'il cédait au duc de Guise fait revenir à la mémoire ce qu'autrefois Charles IX avait cédé à Coligny. Il faut nécessairement résoudre ce dilemme: ou Henri III n'avait ni intelligence, ni amour-propre, et alors on conçoit qu'il ait tout livré à la Maison de Lorraine; ou, profondément irrité, mais dissimulant pour mieux préparer sa revanche, il était capable de dresser le piège solennel des Etats de Blois, pour y détruire politiquement, par la sentence de ces assises, ou y supprimer par la force un homme qui en était arrivé à chasser le roi de sa capitale. Si les Etats de Blois n'eussent pas été, en majorité, sous le joug de la Ligue, Henri III eût obtenu d'eux la condamnation de la Ligue et des Guises, et les poignards des Quarante-Cinq fussent restés au fourreau. Mais les Etats et le duc, mis face à face, ne firent qu'un, et ce fut alors que Henri III, malgré ses pauvres finesses, qui consistaient à débaptiser la Ligue et à faire la part de ses excès et celle de ses actes légitimes, fut amené à choisir entre l'abdication réelle et le pouvoir conservé par un crime.