Un cordelier défroqué, chef des calvinistes, les excite à s'emparer du Capitole, ce qui est exécuté, par surprise, dans la nuit du 11 au 12 mai.
Le parlement remplace les capitouls, demande des secours à Montluc et aux capitaines à proximité, fait sonner le tocsin, et, en robe rouge, il conduit le peuple à l'assaut de l'hôtel de ville, des librairies ou des maisons de réformés: celles-ci sont incendiées ou pillées.
Les protestants, retranchés dans un tiers de la ville, défendaient l'hôtel de ville avec du canon, en attendant les secours promis par Montauban et autres villes du parti.
Mais Montluc, à la tête d'un corps nombreux de cavalerie, donna de suite, du dehors, des ordres qui plus tard n'auraient pas été efficaces; il arrêta les secours de l'insurrection, fit sonner le tocsin, à huit lieues à la ronde, pour appeler aux armes les paysans catholiques; il introduisit successivement, et à propos, des renforts dans la ville, dont les principales portes étaient gardées.
En vain, pour réduire le Capitole, la populace mit le feu au quartier environnant, l'incendie fut arrêté. Les deux partis firent usage de mantelets roulants.
Le 17 mai, les protestants, affaiblis par la désertion, privés de munitions et de vivres, cernés de toutes parts dans l'hôtel de ville et les positions conservées par eux, furent heureux qu'on leur permît de se retirer sans armes ni bagages.
À huit heures du soir, après avoir célébré la Cène, ils sortirent par la porte Villeneuve; mais à peine éparpillés dans la campagne, le tocsin rassembla contre eux les paysans: 3,000 périrent.
Au long tems que j'ai porté les armes, disait à ce sujet le maréchal de Montluc, le 18, au parlement de Toulouse, j'ai appris qu'en telles affaires, il vaut mieux se tenir dehors, pour y faire acheminer les secours, sachant que cette canaille n'étoit pas pour forcer si tôt la ville; que, s'ils m'eussent attendu, jamais entrepreneurs n'eussent été mieux accommodés.
Ces paroles résument, il est vrai, d'une manière un peu rude, la théorie de la répression des émeutes dans une ville de province: elles ne doivent même pas être oubliées contre une capitale, dans certains cas. Il serait à désirer que les anarchistes les comprissent: ils y verraient quelle peut être leur impuissance contre un pouvoir habile, et renonceraient, sans doute, à leurs projets.
Quoi qu'il en soit, Montluc fit poursuivre les instigateurs de la révolte. Le parlement de Toulouse, refusant trois fois d'enregistrer l'amnistie accordée aux protestants par le roi, fit juger et exécuter 200 personnes; 440 furent condamnées par contumace. La guerre civile ne développe que les mauvais penchants.